Хеликобактер в Гамбии (Часть 2)

Это предварительное описательное исследование направлено на предоставление первых данных, которые позволят оценить различия и сходства в генотипе между изолятами H. pylori, полученными от детей и взрослых, проживающих в Гамбии, Западная Африка, и оценить вероятную величину этих различий. Этот протокол описывает применение минимально инвазивных методов выделения H. pylori (разработанных в первой части этого проекта и описанных в отдельном протоколе, протокол DMID 06-0053) в популяционном исследовании. Субъектами исследования станут жители Гамбии, Западная Африка. Будут обследованы 90 детей в возрасте до 2 лет, нуждающихся в лечебном назогастральном зондировании, и 30 здоровых матерей этих детей. Субъекты будут изучаться в Совете по медицинским исследованиям (MRC) исследовательских лабораторий и клинического центра Великобритании в Фахаре, Гамбия, Западная Африка. Исследователи предполагают, что на переход от детской колонизации к взрослому болезненному состоянию влияет множество факторов, включая эволюцию генотипов самих колонизирующих штаммов H. pylori, частично обусловленную реакцией хозяина на инфекцию. Исследователи предполагают, что штаммы H. pylori от гамбийских детей будут генетически отличаться от штаммов хронически колонизированных взрослых из того же сообщества. Генетическая и фенотипическая характеристика изолятов детей и взрослых, проведенная исследователями, проверит фундаментальные различия между штаммами, циркулирующими в этих двух возрастных группах, что может помочь оценить важность отбора штаммов и/или эволюции генома в обществах с таким высоким риском. Конкретной целью этого исследования является оценка родства детских штаммов и штаммов от близких взрослых родственников. Процедуры исследования будут включать аспирацию желудочного сока через назогастральный зонд, используемый для кормления младенцев у детей, находящихся на интенсивном стационарном повторном питании, и культивирование H. pylori из этих аспиратов, а также у родителей, принявших приглашение сдать образец. желудочного сока для посева через назогастральный зонд, временно введенный для этой цели. В большинстве случаев генотипирование предполагает произвольное снятие отпечатков пальцев ДНК с помощью полимеразной цепной реакции, ограниченное (целевое) секвенирование ДНК, особенно в случаях изолятов с близкородственными, но неидентичными отпечатками пальцев, и тесты на чувствительность к метронидазолу. Генетическая и фенотипическая характеристика детских и взрослых изолятов проверит фундаментальные различия между штаммами, циркулирующими в этих двух возрастных группах, и, таким образом, поможет оценить важность отбора штаммов и/или эволюции генома в обществах с таким высоким риском. Предметы будут изучаться только один раз в течение этого 2-летнего проекта. Если H. pylori выделяют из желудочного аспирата, мать этого ребенка спросят, согласится ли она на однократное введение назогастрального зонда для получения аспирата желудочного сока для посева H. pylori. Полученные изоляты будут подвергнуты анализу ДНК и генотипированию. Конкретные вопросы, которые должны быть рассмотрены в этих сравнительных исследованиях, будут включать прямое сравнение штаммов, выделенных у детей и взрослых из одной семьи или деревни. Это будет первое исследование, проведенное в обществе с высокой ранней заболеваемостью колонизацией H. pylori естественным путем, и оно позволит провести прямое сравнение изолятов от детей и взрослых из одной семьи или сельской местности, что даст информацию о Внутрисемейная и внутриобщинная передача инфекции. Основным показателем результата является степень родства между бактериальными изолятами. Это будет оцениваться визуальным сравнением результатов случайной амплификации полиморфной ДНК (RAPD), сравнением генотипа интересующих аллелей и окончательного секвенирования генов домашнего хозяйства для построения филогенетических деревьев родства с использованием программы STAR и типирования последовательности множественных локусов ( МЛСТ) базы данных. Для людей не существует критериев исхода.