Helicobacter i Gambia (del 2)

Denne foreløpige beskrivende studien er rettet mot å gi de første dataene som vil evaluere forskjeller og likheter i genotype mellom isolater av H. pylori fra barn og voksne som bor i Gambia, Vest-Afrika, og for å vurdere den sannsynlige størrelsen på disse forskjellene. Denne protokollen beskriver anvendelsen av minimalt invasive teknikker for H. pylori-isolering (utviklet i første del av dette prosjektet og beskrevet i en egen protokoll, DMID-protokoll 06-0053) i en populasjonsstudie. Studieemner vil være innbyggere i Gambia, Vest-Afrika. Nitti barn, under 2 år, som trenger terapeutisk nasogastrisk intubasjon og 30 friske mødre til disse barna vil bli studert. Emner vil bli studert ved Medical Research Council (MRC) of Great Britain Research Laboratories and Clinical Facility i Fajara, Gambia, Vest-Afrika. Etterforskere foreslår at overgangen fra barndomskolonisering til voksen sykdomstilstand påvirkes av flere faktorer, inkludert utvikling av genotyper av koloniserende H. pylori-stammer selv, delvis drevet av vertens respons på infeksjon. Forskere antar at H. pylori-stammer fra gambiske barn vil avvike genetisk fra stammene til kronisk koloniserte voksne fra samme samfunn. Etterforskernes genetiske og fenotypiske karakterisering av pediatriske og voksne isolater vil teste for grunnleggende forskjeller mellom stammer som sirkulerer i disse 2 aldersgruppene, noe som kan bidra til å evaluere viktigheten av stammeseleksjon og/eller genomevolusjon i slike høyrisikosamfunn. Det spesifikke målet med denne studien er å vurdere sammenhengen mellom barnestammer og de fra nære voksne slektninger. Studieprosedyrer vil inkludere aspirering av magesaft gjennom en nasogastrisk sonde som brukes til spedbarnsmating hos barn som gjennomgår intensiv gjenernæring på sykehus, og dyrking av H. pylori fra disse aspiratene, og også fra foreldre som aksepterer invitasjonen til å donere en prøve. magesaft for dyrking gjennom en nasogastrisk sonde satt inn midlertidig for dette formålet. Mest genotyping vil innebære vilkårlig primet polymerasekjedereaksjon DNA-fingeravtrykk, begrenset (fokusert) DNA-sekvensering, spesielt i tilfeller av isolater med nært beslektede, men ikke-identiske fingeravtrykk, og metronidazol-følsomhetstester. Genetisk og fenotypisk karakterisering av pediatriske og voksne isolater vil teste for grunnleggende forskjeller mellom stammer som sirkulerer i disse to aldersgruppene, og dermed bidra til å evaluere viktigheten av stammeseleksjon og/eller genomevolusjon i slike høyrisikosamfunn. Emner vil kun bli studert én gang i løpet av dette 2-årige prosjektet. Hvis H. pylori isoleres fra gastrisk aspirater, vil moren til det barnet bli spurt om de vil gå med på å få en nasogastrisk sonde ved en anledning for å få et aspirat av magesaft for H. pylori-kultur. De oppnådde isolatene vil bli gjenstand for DNA-analyse og genotyping. Spesifikke punkter som skal tas opp i disse komparative studiene vil inkludere direkte sammenligning av stammer isolert fra barn og voksne fra samme familie eller landsby. Dette vil være den første studien som blir utført i et samfunn med høy tidlig forekomst av naturlig ervervet H. pylori-kolonisering, og vil tillate direkte sammenligning mellom isolater fra barn og voksne fra samme familie eller landsbymiljø, som vil gi informasjon om intra-familiær og intra-fellesskap overføring av infeksjon. Hovedresultatmålet er graden av slektskap mellom bakterieisolatene. Dette vil bli vurdert ved visuell sammenligning mellom tilfeldig amplifikasjon av polymorf DNA (RAPD) resultater, ved sammenligning av genotype for alleler av interesse, og definitivt ved sekvensering av husholdningsgener for å konstruere fylogenetiske trær av slektskap ved bruk av STAR-programmet og multiple locus-sekvenstyping ( MLST) database. Det finnes ingen utfallsmål for mennesker.