Helicobacter in Gambia (Parte 2)

Questo studio descrittivo preliminare ha lo scopo di fornire i primi dati che valuteranno le differenze e le somiglianze nel genotipo tra gli isolati di H. pylori ottenuti da bambini e adulti che vivono in Gambia, Africa occidentale, e per valutare la probabile entità di queste differenze. Questo protocollo descrive l'applicazione di tecniche minimamente invasive per l'isolamento di H. pylori (sviluppate nella prima parte di questo progetto e descritte in un protocollo separato, protocollo DMID 06-0053) in uno studio di popolazione. I soggetti di studio saranno residenti in Gambia, Africa occidentale. Saranno studiati novanta bambini, di età inferiore a 2 anni, che necessitano di intubazione nasogastrica terapeutica e 30 madri sane di questi bambini. I soggetti saranno studiati presso il Medical Research Council (MRC) dei laboratori di ricerca e struttura clinica della Gran Bretagna a Fajara, Gambia, Africa occidentale. I ricercatori propongono che la transizione dalla colonizzazione infantile allo stato di malattia dell'adulto sia influenzata da molteplici fattori, tra cui l'evoluzione dei genotipi degli stessi ceppi colonizzanti di H. pylori, guidati in parte dalla risposta dell'ospite all'infezione. I ricercatori ipotizzano che i ceppi di H. pylori dei bambini gambiani differiranno geneticamente dai ceppi di adulti cronicamente colonizzati della stessa comunità. La caratterizzazione genetica e fenotipica dei ricercatori degli isolati pediatrici e adulti testerà le differenze fondamentali tra i ceppi circolanti in questi 2 gruppi di età, che possono aiutare a valutare l'importanza della selezione del ceppo e/o dell'evoluzione del genoma in società ad alto rischio. Lo scopo specifico di questo studio è valutare la parentela dei ceppi infantili e quelli di parenti adulti stretti. Le procedure dello studio includeranno l'aspirazione del succo gastrico attraverso un sondino nasogastrico utilizzato per l'alimentazione infantile nei bambini sottoposti a rinutrizione intensiva in ricovero e la coltura di H. pylori da questi aspirati, e anche da genitori che accettano l'invito a donare un campione di succo gastrico per coltura attraverso un sondino nasogastrico inserito temporaneamente a tale scopo. La maggior parte della genotipizzazione comporterà l'impronta digitale del DNA della reazione a catena della polimerasi innescata arbitrariamente, il sequenziamento del DNA limitato (focalizzato), specialmente nei casi di isolati con impronte digitali strettamente correlate ma non identiche e test di sensibilità al metronidazolo. La caratterizzazione genetica e fenotipica degli isolati pediatrici e adulti testerà le differenze fondamentali tra i ceppi circolanti in questi due gruppi di età, e quindi aiuterà a valutare l'importanza della selezione del ceppo e/o dell'evoluzione del genoma in tali società ad alto rischio. Le materie saranno studiate solo una volta durante questo progetto di 2 anni. Se H. pylori viene isolato da aspirati gastrici, alla madre di quel bambino verrà chiesto se acconsente a far passare un sondino nasogastrico in un'occasione per ottenere un aspirato di succo gastrico per la coltura di H. pylori. Gli isolati ottenuti saranno sottoposti ad analisi del DNA e genotipizzazione. I punti specifici che saranno affrontati da questi studi comparativi includeranno il confronto diretto di ceppi isolati da bambini e adulti all'interno della stessa famiglia o villaggio. Questo sarà il primo studio da eseguire in una società con un'alta incidenza precoce di colonizzazione da H. pylori acquisita naturalmente e consentirà un confronto diretto tra isolati da bambini e adulti all'interno delle stesse famiglie o ambiente del villaggio, che fornirà informazioni su trasmissione intrafamiliare e intracomunitaria dell'infezione. La principale misura di esito è il grado di parentela tra gli isolati batterici. Ciò sarà valutato mediante confronto visivo tra i risultati dell'amplificazione casuale del DNA polimorfico (RAPD), mediante confronto del genotipo per gli alleli di interesse, e definitivamente mediante sequenziamento dei geni housekeeping per costruire alberi filogenetici di parentela utilizzando il programma STAR e la tipizzazione di sequenza di locus multipli ( banca dati MLST). Non ci sono misure di esito per i soggetti umani.