Genové mutace a ortopedické příznaky Korelace mnohočetných dědičných exostóz: Multicentrický projekt

Nábor předmětu:

Noví pacienti s HME budou identifikováni prostřednictvím kanceláří a klinik Ortopedického oddělení Dětské nemocnice v Britské Kolumbii. Všichni potenciální účastníci budou poučeni o zdůvodnění studie, účelu a postupech a bude získán informovaný souhlas.

Demografické údaje:

Dotazováni budou všichni probandi (postižený pacient), jejich rodinní příslušníci prvního stupně a širší rodinní příslušníci ochotní se studie zúčastnit. Budou objasněny informace včetně věku, pohlaví, etnického původu, rodinné anamnézy, symptomů, komplikací a předchozí operace.

Fenotyp:

U postižených pacientů bude zmapován jejich osteochondrom(y) z hlediska umístění, velikosti, morfologie a symptomů. Celkem bude shromážděno sedmdesát pět fenotypových parametrů rozdělených do čtyř hlavních kategorií dat. První dvě kategorie jsou nashromážděny z fyzikálních vyšetření a zahrnují postavu a délky segmentů končetin (15 (x2 pro levou a pravou). Další dvě kategorie, kvalita léze (19 parametrů) a postavení končetiny a deformita (26 parametrů), budou čerpány z radiografických vyšetření, která jsou součástí současné péče o pacienta. Všechny dostupné rentgenové snímky budou přezkoumány a exostózy rentgenologicky charakterizovány. Tím se stanoví genotyp pacienta.

Genotyp:

Každý účastník, jehož genotyp není znám, bude mít 10 ccm. vzorek krve odebraný v BC Children's Hospital. Tento vzorek bude zpracován pro mutační analýzu (extrakce DNA z krevních vzorků, mutační analýza) v Laboratoři klinické molekulární diagnostiky v BC Children's Hospital. Techniky použité v pilotní studii budou implementovány s tou výjimkou, že z důvodu úspory nákladů nebudou použity mikrosatelitní markery.

S použitím primerů EXT 1 a EXT 2 (Příloha 1) jsou oba řetězce segmentu DNA sekvenovány pomocí ABI Big Dye chemistry Version 2. Výsledné produkty sekvenační reakce jsou poté analyzovány na genetickém analyzátoru ABI 3100 Avant. Jakmile je sekvence získána, je analyzována pomocí softwaru SeqScape verze 2, který umožňuje srovnání s referenční sekvencí.

Analýza dat:

Veškeré informace vyplývající z této výzkumné studie budou přísně důvěrné. Všechny dokumenty budou identifikovány identifikačním číslem a uloženy v uzamčených kartotékách. Účastníci nebudou uvedeni jménem v žádné zprávě o dokončené studii. Databáze budou uloženy na přenosném počítači vyhrazeném pro projekt, který je uzamčen ve výzkumné kanceláři.

Shromážděná fenotypová data budou použita k popisu rodinných stupňů (navržených pomocí softwaru v cyrilici), fenotypů postižených jedinců a mutací v zájmových genech exostóz (místo a typ mutace). Výšky subjektů a délky segmentů budou převedeny na percentilová čísla za účelem standardizace pro věk a pohlaví, aby bylo možné porovnávat mezi skupinami.

Genotypová data z mutační analýzy vzorků krve budou zahrnovat umístění mutace (rané v genu versus pozdní v genu), typ mutace (změna genu jako missense, posun čtecího rámce, nesmyslné nebo sestřihové místo) a změnu aminokyseliny což bylo způsobeno mutací. Data budou analyzována následovně:

Předběžná analýza

1. EXT 1 versus EXT 2
2. Muži versus ženy

3. EXT 1 muži versus EXT 1 ženy versus EXT 2 muži versus EXT 2 ženy

   Sekundární analýza

4. Typy mutací (chyba versus nesmysl versus místo sestřihu versus posun rámce)
5. Časná nebo pozdní mutace (méně než 1700 párů bází versus více než 1700 párů bází)

U dvoucestných analýz se vypočítá nepárový t-test au větších než dvoucestných analýz se vypočte ANOVA. Síla bude vypočítána pro každé srovnání kvůli velkým rozdílům ve velikosti vzorku. Statistická významnost bude nastavena jako předchozí na 0,05 a mocnina na 0,8.