Geenimutaatiot ja ortopediset oireet useiden perinnöllisten eksostoosien korrelaatio: monikeskusprojekti

Aiheen rekrytointi:

Uudet HME-potilaat tunnistetaan British Columbia Children's Hospitalin ortopedian osaston toimistojen ja klinikoiden kautta. Kaikille mahdollisille osallistujille tiedotetaan tutkimuksen perusteista, tarkoituksesta ja menettelyistä, ja heille hankitaan tietoinen suostumus.

Väestötiedot:

Haastatellaan kaikkia tutkimukseen osallistuvia probandeja (sairauspotilaita), heidän ensimmäisen asteen perheenjäseniään ja lähisukulaisia. Tiedot, kuten ikä, sukupuoli, etninen alkuperä, sukuhistoria, oireet, komplikaatiot ja aiempi leikkaus, selvitetään.

Fenotyyppi:

Sairastuneiden potilaiden osteokondrooma(t) kartoitetaan sijainnin, koon, morfologian ja oireiden perusteella. Yhteensä kerätään 75 fenotyyppiparametria jaettuna neljään suureen tietoluokkaan. Kaksi ensimmäistä luokkaa kerätään fyysisistä tarkastuksista ja sisältävät pituuden ja raajan segmenttien pituudet (15 (x2 vasemmalle ja oikealle). Kaksi muuta luokkaa, leesion laatu (19 parametria) ja raajojen kohdistus ja epämuodostumat (26 parametria) valitaan radiografisista tutkimuksista, jotka ovat osa potilaan nykyistä hoitoa. Kaikki saatavilla olevat röntgenkuvat tarkastellaan ja eksostoosit karakterisoidaan radiografisesti. Tämä määrittää potilaan genotyypin.

Genotyyppi:

Jokainen osallistuja, jonka genotyyppiä ei tunneta, saa 10 cc. BC:n lastensairaalassa otettu verinäyte. Tämä näyte käsitellään mutaatioanalyysiä varten (DNA:n erottaminen verinäytteistä, mutaatioanalyysi) BC:n lastensairaalan kliinisen molekyylidiagnostiikan laboratoriossa. Pilottitutkimuksessa käytetyt tekniikat otetaan käyttöön sillä poikkeuksella, että mikrosatelliittimarkkereita ei käytetä kustannusten säästämiseksi.

Käyttämällä EXT 1- ja EXT 2 -alukkeita (Liite 1) DNA-segmentin molemmat juosteet sekvensoidaan käyttämällä ABI Big Dye Chemistry Version 2 -versiota. Tuloksena saadut sekvensointireaktiotuotteet ajetaan sitten ABI 3100 Avant -geenianalysaattorilla. Kun sekvenssi on saatu, se analysoidaan SeqScape version 2 ohjelmistolla, joka mahdollistaa vertailun vertailusekvenssiin.

Tietojen analysointi:

Kaikki tämän tutkimuksen tuloksena saadut tiedot pidetään ehdottoman luottamuksellisina. Kaikki asiakirjat tunnistetaan tunnusnumerolla ja niitä säilytetään lukituissa arkistokaapeissa. Osallistujia ei tunnisteta nimellä missään valmistuneen tutkimuksen raporteissa. Tietokannat tallennetaan projektikohtaiseen kannettavaan tietokoneeseen, joka on lukittu tutkimustoimistoon.

Kerättyjä fenotyyppitietoja käytetään kuvaamaan perhetutkintoja (suunniteltu kyrillisillä ohjelmistoilla), sairastuneiden yksilöiden fenotyyppejä ja kiinnostavien eksostoosgeenien mutaatioita (mutaatiopaikka ja -tyyppi). Aiheiden korkeudet ja segmenttien pituudet muunnetaan prosenttipisteiksi iän ja sukupuolen standardoimiseksi ryhmien välisen vertailun mahdollistamiseksi.

Verinäytteiden mutaatioanalyysistä saatu genotyyppitieto sisältää mutaation sijainnin (geenin varhainen vs. myöhäinen geeni), mutaation tyypin (geenin muutos missense-, kehyssiirtymä-, nonsense- tai silmukoitumiskohtana) ja aminohappomuutoksen. joka johtui mutaatiosta. Tiedot analysoidaan seuraavasti:

Alustava analyysi

1. EXT 1 vs. EXT 2
2. Miehet vs naaraat

3. EXT 1 urokset vs. EXT 1 naiset vs. EXT 2 urokset vs. EXT 2 naaraat

   Toissijainen analyysi

4. Mutaatiotyypit (Missense vs Nonsense vs. Splice site vs Frameshift)
5. Varhainen tai myöhäinen mutaatio (alle 1700 emäsparia vs. yli 1700 emäsparia)

Kaksisuuntaisissa analyyseissä lasketaan pariton t-testi ja suuremmalla kuin kaksisuuntaisella analyysillä lasketaan ANOVA. Teho lasketaan jokaiselle vertailulle otoskoon valtavan vaihtelun vuoksi. Tilastollinen merkitsevyys asetetaan prioriksi 0,05:ksi ja potenssiksi 0,8.