Генные мутации и корреляция ортопедических симптомов множественных наследственных экзостозов: многоцентровый проект

Вербовка субъекта:

Новые пациенты с HME будут выявляться в отделениях и клиниках ортопедического отделения детской больницы Британской Колумбии. Все потенциальные участники будут проинформированы об обосновании, цели и процедурах исследования, и будет получено информированное согласие.

Демография:

Все пробанды (пораженные пациенты), члены их семей первой линии и расширенные члены семьи, желающие принять участие в исследовании, будут опрошены. Будет разъяснена информация, включая возраст, пол, этническое происхождение, семейный анамнез, симптомы, осложнения и предыдущую операцию.

Фенотип:

У пострадавших пациентов будет картирована их остеохондрома(ы) на предмет местоположения, размера, морфологии и симптомов. Всего будет собрано семьдесят пять фенотипических параметров, разделенных на четыре основные категории данных. Первые две категории формируются на основе физических осмотров и включают рост и длину сегментов конечностей (15 (x2 для левой и правой). Две другие категории, качество поражения (19 параметров) и выравнивание и деформация конечностей (26 параметров), будут взяты из рентгенографических исследований, которые являются частью текущего ухода за пациентом. Все доступные рентгеновские снимки будут рассмотрены, а экзостозы охарактеризованы рентгенографически. Это позволит установить генотип пациента.

Генотип:

Каждый участник, чей генотип неизвестен, получит 10 куб.см. образец крови, собранный в детской больнице Британской Колумбии. Этот образец будет обработан для анализа мутаций (извлечение ДНК из образцов крови, анализ мутаций) в лаборатории клинической молекулярной диагностики Детской больницы Британской Колумбии. Методы, использованные в пилотном исследовании, будут реализованы за исключением того, что микроспутниковые маркеры не будут использоваться в целях экономии средств.

Используя праймеры EXT 1 и EXT 2 (Приложение 1), обе нити сегмента ДНК секвенируют с использованием ABI Big Dye chemistry Version 2. Полученные продукты реакции секвенирования затем обрабатывают на генетическом анализаторе ABI 3100 Avant. После получения последовательности ее анализируют с помощью программного обеспечения SeqScape версии 2, что позволяет проводить сравнение с эталонной последовательностью.

Анализ данных:

Вся информация, полученная в результате этого исследования, будет строго конфиденциальной. Все документы будут идентифицированы идентификационным номером и храниться в закрытых шкафах для документов. Участники не будут идентифицированы по имени в каких-либо отчетах о завершенном исследовании. Базы данных будут храниться на портативном компьютере, предназначенном для проекта, который заперт в исследовательском офисе.

Собранные фенотипические данные будут использоваться для описания семейных степеней (разработанных с использованием кириллического программного обеспечения), фенотипов пораженных лиц и мутаций в представляющих интерес генах экзостоза (сайт и тип мутации). Рост субъектов и длина сегментов будут преобразованы в значения процентилей для стандартизации по возрасту и полу, чтобы обеспечить возможность сравнения между группами.

Генотипические данные анализа мутаций в образцах крови будут включать расположение мутации (раннее в гене по сравнению с поздним в гене), тип мутации (изменение гена как миссенс, сдвиг рамки считывания, нонсенс или сайт сплайсинга) и аминокислотное изменение. что было вызвано мутацией. Данные будут анализироваться следующим образом:

Предварительный анализ

1. EXT 1 против EXT 2
2. Мужчины против женщин

3. Мужчины EXT 1 по сравнению с женщинами EXT 1 по сравнению с мужчинами EXT 2 по сравнению с женщинами EXT 2

   Вторичный анализ

4. Типы мутаций (Миссенс против Бессмыслицы против сайта сплайсинга против сдвига рамки считывания)
5. Ранняя или поздняя мутация (менее 1700 пар оснований против более 1700 пар оснований)

При двустороннем анализе будет рассчитываться непарный t-критерий, а при более чем двустороннем анализе будет рассчитываться ANOVA. Мощность будет рассчитываться для каждого сравнения из-за огромных различий в размере выборки. Статистическая значимость будет установлена ​​на уровне 0,05 и степени 0,8.