Többszörös örökletes exostosis génmutációi és ortopédiai tünetei: többközpontú projekt

Tantárgy toborzás:

A British Columbia Children's Hospital Ortopédiai Osztályának irodáin és klinikáin keresztül azonosítják a HME-vel jelentkező új betegeket. Minden potenciális résztvevőt kioktatnak a vizsgálat indoklásáról, céljáról és eljárásairól, és tájékozott beleegyezést kapnak.

Demográfiai adatok:

Valamennyi proband (érintett beteg), elsőfokú családtagjaik és tágabb családtagjaik, akik hajlandóak részt venni a vizsgálatban, meghallgatásra kerülnek. Az életkor, a nem, az etnikai származás, a családi előzmények, a tünetek, a szövődmények és a korábbi műtéti információk is tisztázódnak.

Fenotípus:

Az érintett betegek osteochondromájukat feltérképezik a lokalizáció, a méret, a morfológia és a tünetek alapján. Összesen hetvenöt fenotípusos paramétert gyűjtenek négy fő adatkategóriára osztva. Az első két kategória a fizikális vizsgálatokból van összegyűjtve, és magában foglalja a testmagasságot és a végtagszakasz hosszát (15 (x2 bal és jobb). A másik két kategória, a lézió minősége (19 paraméter) és a végtagegyenesedés és deformitás (26 paraméter) a páciens jelenlegi ellátásának részét képező radiográfiai vizsgálatokból kerül kiválasztásra. Az összes rendelkezésre álló röntgenfelvételt felülvizsgálják, és az exosztózisokat radiográfiailag jellemezik. Ez meghatározza a beteg genotípusát.

Genotípus:

Minden ismeretlen genotípusú résztvevő 10 cc-t kap. vérmintát vettek a BC Gyermekkórházban. Ezt a mintát a BC Gyermekkórház Klinikai Molekuláris Diagnosztikai Laboratóriumában mutációs elemzés céljából dolgozzák fel (DNS kivonás vérmintákból, mutációs elemzés). A kísérleti tanulmányban használt technikákat azzal az eltéréssel hajtják végre, hogy a mikroműholdas markereket költségmegtakarítás céljából nem használják.

Az EXT 1 és EXT 2 primerek felhasználásával (1. függelék) egy DNS szegmens mindkét szálát szekvenálják az ABI Big Dye chemistry Version 2 segítségével. A kapott szekvenálási reakciótermékeket ezután egy ABI 3100 Avant genetikai analizátoron futtatják. Ha egy szekvenciát megkaptunk, azt a SeqScape 2. verziójú szoftverrel elemzik, amely lehetővé teszi a referenciaszekvenciával való összehasonlítást.

Adatelemzés:

Az ebből a kutatásból származó minden információt szigorúan bizalmasan kezelünk. Minden dokumentumot azonosító számmal azonosítanak, és zárt iratszekrényekben tárolják. A résztvevőket nem azonosítják név szerint a befejezett vizsgálatról szóló jelentésekben. Az adatbázisokat a projektnek szánt laptopon tároljuk, amely zárolva van a kutatóirodában.

Az összegyűjtött fenotípusos adatokat a családi fokozatok (cirill betűs szoftverrel tervezték), az érintett egyedek fenotípusai és az érdeklődésre számot tartó exostos gének mutációi (a mutáció helye és típusa) leírására fogják használni. Az alanyok magasságát és szegmenshosszát százalékos értékekké alakítjuk át, hogy standardizáljuk az életkor és a nem szerint, hogy lehetővé váljon a csoportok közötti összehasonlítás.

A vérminták mutációs elemzéséből származó genotípusos adatok magukban foglalják a mutáció helyét (a gén korai szakaszában, illetve a gén késői szakaszában), a mutáció típusát (a gén megváltozása, mint missense, frameshift, nonszensz vagy splice hely) és az aminosav változást. ezt a mutáció okozta. Az adatok elemzése a következőképpen történik:

Előzetes elemzés

1. EXT 1 versus EXT 2
2. Férfiak kontra nőstények

3. EXT 1 férfiak versus EXT 1 nőstények versus EXT 2 hímek kontra EXT 2 nőstények

   Másodlagos elemzés

4. A mutációk típusai (Missense versus nonsense versus Splice site versus Frameshift)
5. Korai vagy késői mutáció (kevesebb mint 1700 bázispár versus több mint 1700 bázispár)

Kétutas analízis esetén egy páratlan t-próba kerül kiszámításra, kétutasnál nagyobb analízis esetén pedig egy ANOVA. A minta méretének hatalmas eltérése miatt minden összehasonlításhoz a teljesítményt kiszámítjuk. A statisztikai szignifikancia prioritása 0,05, a hatvány pedig 0,8.