Genmutaties en orthopedische symptomen Correlatie van meerdere erfelijke exostosen: multicenterproject

Onderwerp Werving:

Nieuwe patiënten met HME zullen worden geïdentificeerd via de kantoren en klinieken van de orthopedische afdeling van het British Columbia Children's Hospital. Alle potentiële deelnemers zullen worden geïnformeerd over de grondgedachte, het doel en de procedures van het onderzoek en er zal geïnformeerde toestemming worden verkregen.

demografie:

Alle probands (getroffen patiënt), hun eerstegraads familieleden en uitgebreide familieleden die bereid zijn deel te nemen aan het onderzoek zullen worden geïnterviewd. Informatie zoals leeftijd, geslacht, etnische afkomst, familiegeschiedenis, symptomen, complicaties en eerdere operaties zullen worden opgehelderd.

fenotype:

Getroffen patiënten zullen hun osteochondroom (en) in kaart laten brengen voor locatie, grootte, morfologie en symptomen. Er zullen in totaal vijfenzeventig fenotypische parameters worden verzameld, verdeeld in vier grote gegevenscategorieën. De eerste twee categorieën zijn verzameld op basis van lichamelijk onderzoek en omvatten lengtes van lengte en ledematen (15 (x2 voor links en rechts). De andere twee categorieën, laesiekwaliteit (19 parameters) en uitlijning en misvorming van ledematen (26 parameters) zullen worden ontleend aan radiografische onderzoeken die deel uitmaken van de huidige zorg van de patiënt. Alle beschikbare röntgenfoto's worden beoordeeld en de exostosen worden radiografisch gekarakteriseerd. Dit zal het genotype van de patiënt vaststellen.

Genotype:

Elke deelnemer wiens genotype onbekend is, krijgt een 10 cc. bloedmonster afgenomen in het BC Children's Hospital. Dit monster zal worden verwerkt voor mutatieanalyse (DNA-extractie uit bloedmonsters, mutatieanalyse) in het Clinical Molecular Diagnostic Laboratory van het BC Children's Hospital. De technieken die in de pilootstudie worden gebruikt, zullen worden geïmplementeerd, met de uitzondering dat microsatellietmarkers niet zullen worden gebruikt om kosten te besparen.

Met behulp van EXT 1- en EXT 2-primers (bijlage 1) worden beide strengen van een DNA-segment gesequenced met behulp van ABI Big Dye-chemie versie 2. De resulterende sequencing-reactieproducten worden vervolgens uitgevoerd op een ABI 3100 Avant genetische analysator. Zodra een sequentie is verkregen, wordt deze geanalyseerd met SeqScape versie 2-software die vergelijking met referentiesequentie mogelijk maakt.

Gegevensanalyse:

Alle informatie die voortvloeit uit dit onderzoek zal strikt vertrouwelijk worden behandeld. Alle documenten worden geïdentificeerd door een ID-nummer en bewaard in afgesloten archiefkasten. Deelnemers zullen niet bij naam worden genoemd in rapporten over het voltooide onderzoek. Databases worden opgeslagen op een projectspecifieke laptopcomputer die opgesloten zit in het onderzoeksbureau.

De verzamelde fenotypische gegevens zullen worden gebruikt om familiegraden te beschrijven (ontworpen met behulp van Cyrillische software), fenotypes van getroffen individuen en mutaties in de exostoses-genen van belang (plaats en type mutatie). Onderwerphoogtes en segmentlengtes worden omgezet in percentielcijfers om te standaardiseren voor leeftijd en geslacht, zodat vergelijking tussen groepen mogelijk is.

Genotypische gegevens van de mutatie-analyse van bloedmonsters omvatten de locatie van de mutatie (vroeg in het gen versus laat in het gen), type mutatie (verandering van gen als missense, frameshift, nonsense of splice-plaats) en de aminozuurverandering dat kwam door de mutatie. De gegevens worden als volgt geanalyseerd:

Voorlopige analyse

1. EXT 1 versus EXT 2
2. Mannetjes versus vrouwtjes

3. EXT 1 mannen versus EXT 1 vrouwen versus EXT 2 mannen versus EXT 2 vrouwen

   Secundaire analyse

4. Soorten mutaties (Missense versus Nonsense versus Splice site versus Frameshift)
5. Vroege of late mutatie (minder dan 1700 basenparen versus meer dan 1700 basenparen)

Bij 2-weg analyses wordt een ongepaarde t-toets berekend en bij meer dan 2-weg analyses wordt een ANOVA berekend. Voor elke vergelijking wordt power berekend vanwege de enorme variatie in steekproefomvang. De statistische significantie wordt vastgesteld op prior op 0,05 en een macht van 0,8.