Genmutationer og ortopædiske symptomer Korrelation af multiple arvelige eksostoser: multicenterprojekt

Emnerekruttering:

Nye patienter med HME vil blive identificeret gennem kontorer og klinikker på British Columbia Children's Hospital Orthopedic Department. Alle potentielle deltagere vil blive informeret om undersøgelsens rationale, formål og procedurer, og informeret samtykke vil blive indhentet.

Demografi:

Alle probands (ramt patient), deres første grads familiemedlemmer og udvidede familiemedlemmer, der er villige til at deltage i undersøgelsen, vil blive interviewet. Oplysninger, herunder alder, køn, etnisk oprindelse, familiehistorie, symptomer, komplikationer og tidligere operationer vil blive belyst.

Fænotype:

Berørte patienter vil få kortlagt deres osteochondrom(er) for placering, størrelse, morfologi og symptomer. I alt femoghalvfjerds fænotypiske parametre opdelt i fire hoveddatakategorier vil blive indsamlet. De første to kategorier er akkumuleret fra fysiske undersøgelser og inkluderer statur og lemsegmentlængder (15 (x2 for venstre og højre). De to andre kategorier, læsionskvalitet (19 parametre) og lemmertilpasning og deformitet (26 parametre) vil blive trukket fra røntgenundersøgelser, som er en del af patientens nuværende pleje. Alle tilgængelige røntgenbilleder vil blive gennemgået og eksostoserne karakteriseret radiografisk. Dette vil etablere patientens genotype.

Genotype:

Hver deltager, hvis genotype er ukendt, vil have en 10 cc. blodprøve indsamlet på BC Children's Hospital. Denne prøve vil blive behandlet til mutationsanalyse (DNA-ekstraktion fra blodprøver, mutationsanalyse) på det kliniske molekylære diagnostiske laboratorium på BC Children's Hospital. Teknikkerne anvendt i pilotundersøgelsen vil blive implementeret med den undtagelse, at mikrosatellitmarkører ikke vil blive brugt for at spare omkostninger.

Ved at bruge EXT 1- og EXT 2-primere (tillæg 1) sekventeres begge strenge af et DNA-segment ved hjælp af ABI Big Dye kemi version 2. De resulterende sekventeringsreaktionsprodukter køres derefter på en ABI 3100 Avant genetisk analysator. Når først en sekvens er opnået, analyseres den med SeqScape version 2-software, som tillader sammenligning med referencesekvens.

Dataanalyse:

Alle oplysninger fra denne undersøgelse vil blive holdt strengt fortrolige. Alle dokumenter vil blive identificeret med et ID-nummer og opbevaret i aflåste arkivskabe. Deltagerne vil ikke blive identificeret ved navn i nogen rapporter om den afsluttede undersøgelse. Databaser vil blive gemt på projektdedikeret bærbar computer, som er aflåst på forskningskontoret.

De indsamlede fænotypiske data vil blive brugt til at beskrive familiegrader (designet ved hjælp af kyrillisk software), fænotyper af berørte individer og mutationer i eksostosegener af interesse (sted og type af mutation). Emnehøjder og segmentlængder vil blive konverteret til percentiltal for at standardisere for alder og køn for at give mulighed for sammenligning mellem grupper.

Genotypiske data fra mutationsanalysen af ​​blodprøver vil omfatte placeringen af ​​mutationen (tidligt i genet versus sent i genet), type mutation (ændring af gen som missense, frameshift, nonsens eller splejsningssted) og aminosyreændringen der var forårsaget af mutationen. Dataene vil blive analyseret som følger:

Foreløbig Analyse

1. EXT 1 versus EXT 2
2. Hanner kontra hunner

3. EXT 1 hanner versus EXT 1 hunner versus EXT 2 hanner versus EXT 2 hunner

   Sekundær Analyse

4. Typer af mutationer (Missense versus Nonsense versus Splejsningssted versus Frameshift)
5. Tidlig eller sen mutation (mindre end 1700 basepar versus mere end 1700 basepar)

Ved 2-vejs analyser beregnes en uparret t-test og ved større end 2-vejs analyser beregnes en ANOVA. Effekten vil blive beregnet for hver sammenligning på grund af den enorme variation i stikprøvestørrelsen. Statistisk signifikans vil blive sat til prior ved 0,05 og potens på 0,8.