Genmutationer och ortopediska symtom Korrelation av multipla ärftliga exostoser: multicenterprojekt

Ämnesrekrytering:

Nya patienter med HME kommer att identifieras genom kontoren och klinikerna på British Columbia Children's Hospital Orthopedic Department. Alla potentiella deltagare kommer att utbildas om studiens logik, syfte och förfaranden och informerat samtycke kommer att erhållas.

Demografi:

Alla probands (berörd patient), deras första gradens familjemedlemmar och utökade familjemedlemmar som är villiga att delta i studien kommer att intervjuas. Information inklusive ålder, kön, etniskt ursprung, familjehistoria, symtom, komplikationer och tidigare operationer kommer att belysas.

Fenotyp:

Drabbade patienter kommer att få sina osteokondrom kartlagda för läge, storlek, morfologi och symtom. Totalt sjuttiofem fenotypiska parametrar uppdelade i fyra huvuddatakategorier kommer att samlas in. De två första kategorierna ackumuleras från fysiska undersökningar och inkluderar längder på statur och lemsegment (15 (x2 för vänster och höger). De andra två kategorierna, lesionskvalitet (19 parametrar) och extremitetsuppriktning och deformitet (26 parametrar) kommer att hämtas från röntgenundersökningar som ingår i patientens nuvarande vård. Alla tillgängliga röntgenbilder kommer att granskas och exostoserna karakteriseras radiografiskt. Detta kommer att fastställa patientens genotyp.

Genotyp:

Varje deltagare vars genotyp är okänd kommer att ha en 10 cc. blodprov som tagits på BC Children's Hospital. Detta prov kommer att bearbetas för mutationsanalys (DNA-extraktion från blodprover, mutationsanalys) vid Clinical Molecular Diagnostic Laboratory vid BC Children's Hospital. Teknikerna som används i pilotstudien kommer att implementeras med undantag för att mikrosatellitmarkörer inte kommer att användas för att spara kostnader.

Med hjälp av EXT 1- och EXT 2-primrar (bilaga 1) sekvenseras båda strängarna i ett DNA-segment med hjälp av ABI Big Dye kemi version 2. De resulterande sekvenseringsreaktionsprodukterna körs sedan på en ABI 3100 Avant genetisk analysator. När en sekvens väl har erhållits analyseras den med SeqScape version 2 mjukvara som möjliggör jämförelse med referenssekvens.

Dataanalys:

All information som härrör från denna forskningsstudie kommer att hållas strikt konfidentiell. Alla handlingar kommer att identifieras med ett ID-nummer och förvaras i låsta arkivskåp. Deltagarna kommer inte att identifieras med namn i några rapporter om den genomförda studien. Databaser kommer att lagras på projektdedikerad bärbar dator som är inlåst på forskningskontoret.

Den insamlade fenotypiska data kommer att användas för att beskriva familjegrader (designad med kyrillisk programvara), fenotyper av drabbade individer och mutationer i exostosgener av intresse (plats och typ av mutation). Ämneshöjder och segmentlängder kommer att omvandlas till percentilsiffror för att standardisera för ålder och kön för att möjliggöra jämförelse mellan grupper.

Genotypiska data från mutationsanalysen av blodprover kommer att inkludera platsen för mutationen (tidigt i genen kontra sent i genen), typ av mutation (ändring av genen som missense, ramförskjutning, nonsens eller splitsningsställe) och aminosyraförändringen som orsakades av mutationen. Data kommer att analyseras enligt följande:

Preliminär analys

1. EXT 1 mot EXT 2
2. Hanar kontra honor

3. EXT 1 hanar mot EXT 1 honor mot EXT 2 hanar mot EXT 2 honor

   Sekundär analys

4. Typer av mutationer (Missense kontra nonsens kontra Splitsplats kontra Frameshift)
5. Tidig eller sen mutation (mindre än 1700 baspar mot fler än 1700 baspar)

Med 2-vägsanalyser kommer ett oparat t-test att beräknas och med större än 2-vägsanalyser kommer en ANOVA att beräknas. Effekt kommer att beräknas för varje jämförelse på grund av den enorma variationen i urvalsstorlek. Statistisk signifikans kommer att sättas till tidigare vid 0,05 och potensen 0,8.