Mutazioni geniche e correlazione di sintomi ortopedici di esostosi multiple ereditarie: progetto multicentrico

Reclutamento del soggetto:

I nuovi pazienti che presentano HME saranno identificati attraverso gli uffici e le cliniche del dipartimento ortopedico del British Columbia Children's Hospital. Tutti i potenziali partecipanti saranno istruiti sulla logica, lo scopo e le procedure dello studio e sarà ottenuto il consenso informato.

Dati demografici:

Verranno intervistati tutti i probandi (paziente affetto), i loro familiari di primo grado e i membri della famiglia allargata che desiderano partecipare allo studio. Saranno chiarite le informazioni tra cui età, sesso, origine etnica, storia familiare, sintomi, complicanze e precedenti interventi chirurgici.

fenotipo:

I pazienti affetti avranno il loro osteocondroma (i) mappato per posizione, dimensione, morfologia e sintomi. Verranno raccolti un totale di settantacinque parametri fenotipici suddivisi in quattro principali categorie di dati. Le prime due categorie sono accumulate dagli esami fisici e comprendono la statura e la lunghezza dei segmenti degli arti (15 (x2 per sinistra e destra). Le altre due categorie, qualità della lesione (19 parametri) e allineamento e deformità dell'arto (26 parametri) saranno ricavate da esami radiografici che fanno parte dell'attuale cura del paziente. Verranno esaminate tutte le radiografie disponibili e le esostosi saranno caratterizzate radiograficamente. Questo stabilirà il genotipo del paziente.

Genotipo:

Ogni partecipante il cui genotipo è sconosciuto avrà un 10 cc. campione di sangue prelevato presso il BC Children's Hospital. Questo campione verrà elaborato per l'analisi delle mutazioni (estrazione del DNA da campioni di sangue, analisi delle mutazioni) presso il laboratorio diagnostico molecolare clinico del BC Children's Hospital. Le tecniche utilizzate nello studio pilota saranno implementate con l'eccezione che non verranno utilizzati marcatori microsatelliti per risparmiare sui costi.

Utilizzando i primer EXT 1 e EXT 2 (Appendice 1), entrambi i filamenti di un segmento di DNA vengono sequenziati utilizzando la chimica ABI Big Dye versione 2. I prodotti della reazione di sequenziamento risultanti vengono quindi analizzati su un analizzatore genetico ABI 3100 Avant. Una volta ottenuta una sequenza, questa viene analizzata con il software SeqScape versione 2 che consente il confronto con la sequenza di riferimento.

Analisi dei dati:

Tutte le informazioni risultanti da questo studio di ricerca saranno mantenute strettamente riservate. Tutti i documenti saranno identificati da un numero identificativo e conservati in schedari chiusi a chiave. I partecipanti non saranno identificati per nome in nessun rapporto dello studio completato. I database saranno archiviati su un computer portatile dedicato al progetto, chiuso a chiave nell'ufficio di ricerca.

I dati fenotipici raccolti saranno utilizzati per descrivere i gradi di famiglia (disegnati utilizzando il software cirillico), i fenotipi degli individui affetti e le mutazioni nei geni di interesse per l'esostosi (sede e tipo di mutazione). Le altezze dei soggetti e le lunghezze dei segmenti saranno convertite in cifre percentili per standardizzare l'età e il sesso per consentire il confronto tra i gruppi.

I dati genotipici dall'analisi della mutazione dei campioni di sangue includeranno la posizione della mutazione (precoce nel gene rispetto a quella tardiva nel gene), il tipo di mutazione (alterazione del gene come missenso, frameshift, non senso o sito di giunzione) e il cambiamento dell'amminoacido che è stato causato dalla mutazione. I dati saranno analizzati come segue:

Analisi preliminare

1. EST 1 contro EST 2
2. Maschi contro femmine

3. Maschi EXT 1 contro femmine EXT 1 contro maschi EXT 2 contro femmine EXT 2

   Analisi secondaria

4. Tipi di mutazioni (Missenso contro Nonsense contro sito di giunzione contro Frameshift)
5. Mutazione precoce o tardiva (meno di 1700 paia di basi rispetto a più di 1700 paia di basi)

Con analisi a 2 vie, verrà calcolato un test t non accoppiato e con analisi superiori a 2 vie, verrà calcolato un ANOVA. La potenza verrà calcolata per ogni confronto a causa dell'enorme variazione nella dimensione del campione. La significatività statistica sarà impostata su prior a 0,05 e potenza a 0,8.