Mutacje genów i korelacja objawów ortopedycznych wielu dziedzicznych egzostoz: projekt wieloośrodkowy

Rekrutacja przedmiotu:

Nowi pacjenci zgłaszający się z HME będą identyfikowani w biurach i klinikach Oddziału Ortopedii Szpitala Dziecięcego Kolumbii Brytyjskiej. Wszyscy potencjalni uczestnicy zostaną poinformowani o przesłankach, celu i procedurach badania oraz uzyskana zostanie świadoma zgoda.

Dane demograficzne:

Wszyscy probanci (pacjent dotknięty chorobą), członkowie ich rodzin pierwszego stopnia i członkowie dalszej rodziny, którzy chcą wziąć udział w badaniu, zostaną przesłuchani. Zostaną wyjaśnione informacje, w tym wiek, płeć, pochodzenie etniczne, wywiad rodzinny, objawy, powikłania i poprzednia operacja.

Fenotyp:

U pacjentów dotkniętych chorobą zostaną zmapowane osteochondroma (kostniakochrzęstniaki) pod kątem lokalizacji, wielkości, morfologii i objawów. W sumie zostanie zebranych siedemdziesiąt pięć parametrów fenotypowych podzielonych na cztery główne kategorie danych. Pierwsze dwie kategorie są sumowane z badań fizykalnych i obejmują wzrost i długość segmentów kończyn (15 (x2 dla lewej i prawej). Pozostałe dwie kategorie, jakość zmiany chorobowej (19 parametrów) oraz wyrównanie i deformacja kończyn (26 parametrów) zostaną wybrane na podstawie badań radiograficznych, które są częścią bieżącej opieki nad pacjentem. Wszystkie dostępne zdjęcia rentgenowskie zostaną przejrzane, a egzostozy scharakteryzowane radiologicznie. Pozwoli to ustalić genotyp pacjenta.

Genotyp:

Każdy uczestnik, którego genotyp jest nieznany, otrzyma 10 cc. próbka krwi pobrana w Szpitalu Dziecięcym BC. Ta próbka zostanie przetworzona do analizy mutacji (ekstrakcja DNA z próbek krwi, analiza mutacji) w Klinicznym Laboratorium Diagnostyki Molekularnej w Szpitalu Dziecięcym BC. Techniki zastosowane w badaniu pilotażowym zostaną wdrożone z wyjątkiem tego, że markery mikrosatelitarne nie będą używane w celu obniżenia kosztów.

Przy użyciu starterów EXT 1 i EXT 2 (Dodatek 1) obie nici segmentu DNA są sekwencjonowane przy użyciu chemii ABI Big Dye wersja 2. Otrzymane produkty reakcji sekwencjonowania są następnie analizowane na analizatorze genetycznym ABI 3100 Avant. Po uzyskaniu sekwencji jest ona analizowana za pomocą oprogramowania SeqScape w wersji 2, które umożliwia porównanie z sekwencją referencyjną.

Analiza danych:

Wszystkie informacje wynikające z tego badania będą ściśle poufne. Wszystkie dokumenty będą identyfikowane za pomocą numeru identyfikacyjnego i przechowywane w zamykanych na klucz szafach aktowych. Uczestnicy nie zostaną zidentyfikowani z imienia i nazwiska w żadnych raportach z zakończonego badania. Bazy danych będą przechowywane na dedykowanym dla projektu komputerze przenośnym, który jest zamknięty w biurze badawczym.

Zebrane dane fenotypowe zostaną wykorzystane do opisania stopni rodzinnych (opracowanych przy użyciu oprogramowania cyrylicy), fenotypów osób dotkniętych chorobą i mutacji w genach egzostoz będących przedmiotem zainteresowania (miejsce i rodzaj mutacji). Wzrosty badanych i długości segmentów zostaną przeliczone na wartości procentowe w celu ujednolicenia wieku i płci, aby umożliwić porównanie między grupami.

Dane genotypowe z analizy mutacji próbek krwi będą obejmować lokalizację mutacji (wczesna w genie w porównaniu z późną w genie), rodzaj mutacji (zmiana genu jako zmiana sensu, zmiana ramki odczytu, nonsens lub miejsce składania) oraz zmiana aminokwasu co było spowodowane mutacją. Dane będą analizowane w następujący sposób:

Analiza wstępna

1. ZEWN 1 kontra ZEWN 2
2. Mężczyźni kontra kobiety

3. EXT 1 mężczyźni kontra EXT 1 kobiety kontra EXT 2 mężczyźni kontra EXT 2 kobiety

   Analiza wtórna

4. Rodzaje mutacji (Missense versus Nonsens versus Splice site versus Frameshift)
5. Wczesna lub późna mutacja (mniej niż 1700 par zasad w porównaniu z większą niż 1700 par zasad)

W przypadku analiz dwukierunkowych zostanie obliczony niesparowany test t, a w przypadku analiz większych niż dwukierunkowych obliczona zostanie ANOVA. Moc zostanie obliczona dla każdego porównania ze względu na ogromne zróżnicowanie wielkości próby. Istotność statystyczna zostanie ustawiona na wcześniejszą wartość 0,05 i moc 0,8.