Genmutasjoner og ortopediske symptomer Korrelasjon av multiple arvelige eksostoser: multisenterprosjekt

Fagrekruttering:

Nye pasienter som presenterer HME vil bli identifisert gjennom kontorene og klinikkene til British Columbia Children's Hospital Orthopedic Department. Alle potensielle deltakere vil bli informert om studiens begrunnelse, formål og prosedyrer, og informert samtykke vil bli innhentet.

Demografi:

Alle probands (berørt pasient), deres førstegrads familiemedlemmer og utvidede familiemedlemmer som er villige til å delta i studien, vil bli intervjuet. Informasjon inkludert alder, kjønn, etnisk opprinnelse, familiehistorie, symptomer, komplikasjoner og tidligere operasjoner vil bli belyst.

Fenotype:

Berørte pasienter vil få kartlagt osteokondrom(er) for plassering, størrelse, morfologi og symptomer. Totalt syttifem fenotypiske parametere delt inn i fire hoveddatakategorier vil bli samlet inn. De to første kategoriene er akkumulert fra fysiske undersøkelser og inkluderer lengder på statur og lemsegmenter (15 (x2 for venstre og høyre). De to andre kategoriene, lesjonskvalitet (19 parametere) og lemjustering og deformitet (26 parametere) vil bli hentet fra røntgenundersøkelser som er en del av pasientens nåværende omsorg. Alle tilgjengelige røntgenbilder vil bli gjennomgått og eksostosene karakterisert radiografisk. Dette vil etablere pasientens genotype.

Genotype:

Hver deltaker hvis genotype er ukjent vil ha en 10 cc. blodprøve tatt på BC Children's Hospital. Denne prøven vil bli behandlet for mutasjonsanalyse (DNA-ekstraksjon fra blodprøver, mutasjonsanalyse) ved Clinical Molecular Diagnostic Laboratory ved BC Children's Hospital. Teknikkene brukt i pilotstudien vil bli implementert med unntak av at mikrosatellittmarkører ikke vil bli brukt for å spare kostnader.

Ved å bruke EXT 1 og EXT 2 primere (vedlegg 1) sekvenseres begge trådene i et DNA-segment ved å bruke ABI Big Dye kjemi versjon 2. De resulterende sekvenseringsreaksjonsproduktene kjøres deretter på en ABI 3100 Avant genetisk analysator. Når en sekvens er oppnådd, analyseres den med SeqScape versjon 2 programvare som tillater sammenligning med referansesekvens.

Dataanalyse:

All informasjon som kommer fra denne forskningsstudien vil bli holdt strengt konfidensiell. Alle dokumenter vil bli identifisert med et ID-nummer og oppbevares i låste arkivskap. Deltakerne vil ikke bli identifisert med navn i noen rapporter om den fullførte studien. Databaser vil bli lagret på prosjektdedikert bærbar datamaskin som er låst på forskningskontoret.

De innsamlede fenotypiske dataene vil bli brukt til å beskrive familiegrader (designet ved hjelp av kyrillisk programvare), fenotyper av berørte individer og mutasjoner i eksostosegenene av interesse (sted og type mutasjon). Emnehøyder og segmentlengder vil bli konvertert til persentiltall for å standardisere for alder og kjønn for å muliggjøre sammenligning mellom grupper.

Genotypiske data fra mutasjonsanalysen av blodprøver vil inkludere lokalisering av mutasjonen (tidlig i genet versus sent i genet), type mutasjon (endring av gen som missense, rammeskift, nonsens eller spleisested), og aminosyreendringen som var forårsaket av mutasjonen. Dataene vil bli analysert som følger:

Foreløpig analyse

1. EXT 1 versus EXT 2
2. Hanner mot kvinner

3. EXT 1 hanner versus EXT 1 hunner versus EXT 2 hanner versus EXT 2 hunner

   Sekundær analyse

4. Typer av mutasjoner (Missense versus nonsens versus spleisested versus Frameshift)
5. Tidlig eller sen mutasjon (mindre enn 1700 basepar mot mer enn 1700 basepar)

Med 2-veis analyser vil det beregnes en uparet t-test og ved større enn 2-veis analyser beregnes en ANOVA. Strøm vil bli beregnet for hver sammenligning på grunn av den store variasjonen i utvalgsstørrelse. Statistisk signifikans vil bli satt til prior ved 0,05 og potens på 0,8.