Genmutationen und orthopädische Symptome Korrelation multipler hereditärer Exostosen: Multizentrisches Projekt

Thema Rekrutierung:

Neue Patienten, die sich mit HME vorstellen, werden über die Büros und Kliniken der orthopädischen Abteilung des British Columbia Children's Hospital identifiziert. Alle potenziellen Teilnehmer werden über die Begründung, den Zweck und die Verfahren der Studie aufgeklärt, und es wird eine Einverständniserklärung eingeholt.

Demografie:

Alle Probanden (betroffene Patienten), ihre erstgradigen Familienangehörigen und erweiterten Familienangehörigen, die bereit sind, an der Studie teilzunehmen, werden befragt. Informationen wie Alter, Geschlecht, ethnische Herkunft, Familienanamnese, Symptome, Komplikationen und frühere Operationen werden aufgeklärt.

Phänotyp:

Bei betroffenen Patienten werden die Osteochondrome hinsichtlich Lage, Größe, Morphologie und Symptome kartiert. Insgesamt werden fünfundsiebzig phänotypische Parameter gesammelt, die in vier Hauptdatenkategorien unterteilt sind. Die ersten beiden Kategorien werden aus körperlichen Untersuchungen zusammengestellt und umfassen Statur und Gliedmaßensegmentlängen (15 (x2 für links und rechts). Die anderen beiden Kategorien, Läsionsqualität (19 Parameter) und Gliedmaßenausrichtung und -deformität (26 Parameter), werden aus Röntgenuntersuchungen entnommen, die Teil der aktuellen Behandlung des Patienten sind. Alle verfügbaren Röntgenbilder werden überprüft und die Exostosen radiologisch charakterisiert. Dadurch wird der Genotyp des Patienten festgestellt.

Genotyp:

Jeder Teilnehmer, dessen Genotyp unbekannt ist, erhält 10 cc. Blutprobe, die im BC Children's Hospital gesammelt wurde. Diese Probe wird für die Mutationsanalyse (DNA-Extraktion aus Blutproben, Mutationsanalyse) im Clinical Molecular Diagnostic Laboratory des BC Children's Hospital verarbeitet. Die in der Pilotstudie verwendeten Techniken werden implementiert, mit der Ausnahme, dass aus Kostengründen keine Mikrosatellitenmarker verwendet werden.

Unter Verwendung von EXT 1- und EXT 2-Primern (Anhang 1) werden beide Stränge eines DNA-Segments unter Verwendung von ABI Big Dye Chemistry Version 2 sequenziert. Die resultierenden Sequenzierungsreaktionsprodukte werden dann auf einem ABI 3100 Avant-Genanalysegerät laufen gelassen. Sobald eine Sequenz erhalten wurde, wird sie mit der Software SeqScape Version 2 analysiert, die einen Vergleich mit Referenzsequenzen ermöglicht.

Datenanalyse:

Alle Informationen aus dieser Forschungsstudie werden streng vertraulich behandelt. Alle Dokumente werden mit einer ID-Nummer gekennzeichnet und in verschlossenen Aktenschränken aufbewahrt. Die Teilnehmer werden in keinem Bericht über die abgeschlossene Studie namentlich genannt. Datenbanken werden auf projektspezifischen Laptops gespeichert, die im Forschungsbüro verschlossen sind.

Die gesammelten phänotypischen Daten werden verwendet, um Familiengrade (entworfen mit kyrillischer Software), Phänotypen betroffener Personen und Mutationen in den interessierenden Exostosengenen (Ort und Art der Mutation) zu beschreiben. Probandengrößen und Segmentlängen werden in Perzentilzahlen umgewandelt, um Alter und Geschlecht zu standardisieren und Vergleiche zwischen Gruppen zu ermöglichen.

Genotypische Daten aus der Mutationsanalyse von Blutproben umfassen den Ort der Mutation (früh im Gen versus spät im Gen), die Art der Mutation (Änderung des Gens als Missense-, Frameshift-, Nonsense- oder Spleißstelle) und die Aminosäureänderung das wurde durch die Mutation verursacht. Die Daten werden wie folgt analysiert:

Voruntersuchung

1. EXT 1 gegen EXT 2
2. Männchen gegen Weibchen

3. EXT 1 Männer versus EXT 1 Frauen versus EXT 2 Männer versus EXT 2 Frauen

   Sekundäranalyse

4. Arten von Mutationen (Missense versus Nonsense versus Spleißstelle versus Frameshift)
5. Frühe oder späte Mutation (weniger als 1700 Basenpaare gegenüber mehr als 1700 Basenpaaren)

Bei 2-Weg-Analysen wird ein ungepaarter t-Test berechnet und bei mehr als 2-Weg-Analysen wird eine ANOVA berechnet. Aufgrund der großen Schwankungen in der Stichprobengröße wird die Trennschärfe für jeden Vergleich berechnet. Die statistische Signifikanz wird auf 0,05 und eine Potenz von 0,8 festgelegt.