Stanovení tropismu koreceptoru HIV-1 podtypu A šíření v Ruské federaci pomocí nástrojů genotypizace založených na V3 (CoTrAST)

Tato studie je multicentrická, jednostupňová; s odhadem prevalence R5, X4 a R5X4-tropních variant HIV v populaci Rusů infikovaných HIV dosud naivní antiretrovirovou (ARV) terapii antagonisty CCR5. Doplňkovým cílem studie je identifikovat závislost vztahů R5- a X4-tropních variant HIV na délce infekce, stádiu infekce HIV, hodnotách CD4-lymfocytů; a porovnat prevalenci R5- a X4-tropních variant HIV v kohortách naivních pacientů a pacientů již dříve léčených ARVT. Studie sestává z jedné návštěvy všech pacientů, během které budou provedeny následující postupy: získání informovaného souhlasu, vstupní zhodnocení možnosti zařazení pacientů do studie, stratifikace pacienta, a pokud bude kvóta pro tuto kohortu dosud nebylo dosaženo, zařazení pacienta do studie. Dále budou shromážděny podrobné informace o datu narození, místě bydliště (kraj, město), datu 1. HIV+ imunitního blotu, cestě infekce, odhadovaném roce (měsíci) infekce, stadiu infekce HIV, všem známé výsledky měření počtu CD4 buněk a virové zátěže, stejně jako všechna známá schémata ARV terapie. Kromě toho studie poskytuje jeden odběr krve (o objemu 6,4 ml) do zkumavky za účelem studia tropismu HIV pomocí sekvenování. Očekává se, že zařazení do studie bude dokončeno přibližně do 3 měsíců, tato doba se však může prodloužit v závislosti na skutečném zařazení pacientů do každého ze studijních center. Koordinačním centrem studie je Ústřední výzkumný ústav epidemiologický (dále jen Koordinační centrum). Výběr pacientů bude probíhat ve 13 zúčastněných centrech:

• Federální výzkumné a metodologické centrum pro AIDS, Moskva
• AIDS centrum severozápadního okresu, St. Petersburg
• St. Petersburg City AIDS Center, St. Petersburg
• Republikánská klinická nemocnice infekčních nemocí, St. Petersburg
• Volžské okresní AIDS centrum, Nižnij Novgorod
• Republikové centrum AIDS Republiky Tatarstán, Kazaň
• AIDS centrum jižního okresu, Rostov na Donu
• AIDS centrum Ural District, Jekatěrinburg
• AIDS centrum Sverdlovsk Oblast, Jekatěrinburg
• Centrum AIDS autonomní oblasti Jamalo-Něnec, Noyabrsk
• AIDS centrum Sibiřského federálního okruhu, Omsk
• Krasnojarské regionální AIDS centrum, Krasnojarsk

Studie bude zahrnovat přibližně 900 pacientů infikovaných HIV obou pohlaví ve věku 18 let nebo starších, občanů Ruska. Pacient bude vybrán z AIDS center a Republikánské klinické nemocnice pro infekční nemoci, které jsou účastníky studie. Seznam účastníků studie zahrnuje 12 AIDS center a jednu Republikánskou klinickou infekční nemocnici, takže předpokládaný počet pacientů bude 70 osob na účastníka. Minimální počet pacientů zahrnutých do studie musí být alespoň 40 osob na každého účastníka, ale skutečný počet bude záviset na úspěchu náboru pacientů v každém ze studijních center. Počínaje 4. měsícem studia bude umožněn konkurenční výběr pacientů, který bude ukončen, jakmile celkový počet zapsaných pacientů dosáhne 900 osob. Podle cílů studie bude analyzován tropismus HIV u pacientů, kteří nedostávali ART s odlišným imunitním stavem a mají zkušenosti s ART, takže zařazení pacientů do studie by mělo probíhat podle následujících kvót:

1. Naivní pacienti

   1. Hladina CD4-lymfocytů >500 (optimum je 16 (12-18 pacientů))
   2. Hladina CD4-lymfocytů je 350-500 (optimum je 16 (12-18 pacientů))
   3. Hladina CD4-lymfocytů <350 (optimum je 16 (12-18 pacientů))

2. Pacienti se zkušenostmi s ARV

   1. Získává léčbu ART po dobu <6 měsíců (optimum je 8 (4-12 pacientů))
   2. Získává ARV terapii od 6 měsíců do 3 let (optimum je 8 (4-12 pacientů))
   3. Získává léčbu ART po dobu > 3 let (optimum je 8 (4–12 pacientů)) Pokud do 3 měsíců po zahájení výběru pacientů ve studii nebude možné dokončit kohortu, mohou být kvóty revidovány.

Schéma studijních postupů. Studijní postupy

• Získání informovaného souhlasu
• Hodnocení vstupních/vylučovacích kritérií
• Zkontrolujte, zda pacient patří do kohorty, pro kterou není dosaženo kvóty
• Vyplnění formuláře Case Report pro účastníka studie
• Odběr krve Laboratorní postupy
• Stanovení tropismu HIV sekvenováním
• Stanovení virové zátěže HIV†
• Stanovení množství CD4-lymfocytů† † Provádí se pouze v případě nutnosti rutinní analýzy Seznam odhadovaných parametrů. Ke studiu tropismu HIV sekvenováním, k provedení standardních laboratorních testů a ke stanovení podtypu HIV (které Koordinační centrum provádí selektivně u 10 % pacientů) bude proveden odběr krve u všech pacientů.

Stanovení tropismu HIV sekvenováním.

Postup stanovení tropismu HIV ve vzorku zahrnuje důsledné provádění následujících fází: extrakce nukleových kyselin ze vzorku krve, amplifikace genu env genomu HIV, stanovení nukleotidové sekvence výsledného specifického produktu DNA a jeho analýza pomocí internetového zdroje geno2pheno, který se nachází na adrese http://coreceptor.bioinf.mpi-inf.mpg.de/index.php. Podle pokynů k sadě činidel pro studium tropismu existují dva možné výsledky:

1. klinický vzorek obsahuje R5-tropní virus,
2. klinický vzorek obsahuje non-R5-tropní virus. Důležitým dodatečným výsledkem je hodnota FPR (false positive rate), která odráží míru spolehlivosti HIV tropismu ve vzorku. Proto je hodnota FPR uvedena také ve zprávě obsahující výsledky analýzy.

Standardní laboratorní testy. Standardní laboratorní testy znamenají měření virové zátěže ve vzorku plazmy a také počtu CD4 buněk. Tyto studie se provádějí pouze v případě, že jsou běžně potřeba. Když jsou provedeny, výsledky jsou uvedeny ve formuláři případové zprávy účastníka studie.

Stanovení podtypu HIV. Stanovení subtypu HIV provádí Koordinační centrum selektivně u 10 % pacientů po obdržení klinických vzorků od všech účastníků studie (studijních center) Koordinačním centrem. Určení subtypu zahrnuje následující fáze: extrakce nukleových kyselin ze vzorku plazmy, amplifikace fragmentu pol oblasti genomu HIV, stanovení nukleotidové sekvence získaných specifických produktů DNA a jejich bioinformatická analýza pomocí internetových aplikací REGA Subtyping tool a Kometa.

Obecné informace o metodách statistické analýzy. Parametry deskriptivní statistiky budou vypočteny pro indexy pro pacienty a virus lidské imunodeficience výpočtem podílu pacientů vykazujících některé známky odpovídajících kategoriálních proměnných a výpočtem středních hodnot, směrodatných odchylek, mediánů, 25 a 75 percentilů, minima a maxima. hodnoty rozdělení všech spojitých proměnných od všech pacientů s výsledky jejich vyhodnocení.

Rovněž budou vypočteny podíly pacientů z různých oblastí v různých stádiích onemocnění a infikovaných variantami HIV s různým tropismem. Hodnocení spolehlivosti rozdílů kategoriálních proměnných (např. při rozdílech v distribuci variant HIV s různým tropismem v různých regionech) bude provedeno pomocí chí-kvadrát testu. Odhad spolehlivosti rozdílů spojitých proměnných (např. úrovně virové nálože HIV) bude proveden pomocí parametrických (např. t test, ANOVA) nebo neparametrických (např. Wilcoxonův rank-sum test) metod.

Jednorozměrné a vícerozměrné logistické (když je závislá proměnná binární) a lineární regrese (když je závislá proměnná spojitá) analýzy budou použity k posouzení souvislostí mezi průzkumnými (např. CXCR4-tropní varianty) a závislými (např. hladinou viru HIV). zatížení) proměnné.

Všechny statistické testy budou oboustranné s 5% hladinou významnosti.