Změny rezistomu po extrakci zubů a amoxicilinu.

Design studie Toto je prospektivní, longitudinální, observační, kohortová studie zkoumající mladé dospělé, kteří po operaci podstoupili chirurgickou extrakci zubu moudrosti s antibiotiky a bez nich. Předepisování antibiotik bude založeno na klinickém úsudku založeném na složitosti případu, traumatu a délce procedury. Nebude prováděna žádná randomizace. Pro odběr 3 bakteriálních vzorků budou provedeny čtyři časové body pozorování (potah jazyka, vzorek slin a stolice: výchozí stav, 1 týden, 1 měsíc a 6 měsíců.

Zkoumat rozsah a perzistenci řady genů bakteriální rezistence v ústní a střevní mikrobiotě kohorty systémově zdravých mladých dospělých před a po chirurgické extrakci třetích molárů, kteří dostávají a nedostávají amoxicilin.

Hypotéza Předpokládá se, že jediná kúra amoxicilinu (250 mg třikrát denně po dobu pěti dnů) předepsaná po chirurgické extrakci zubu, jako je impaktovaný třetí molár, změní krátkodobý a dlouhodobý profil antibiotické rezistence a způsobí významnou posun ve složení orálního a střevního rezistomu u zdravé kohorty.

Z analýzy bakteriální rezistence poskytne srovnání se základními daty v průběhu času pohled na dopad zvýšené antibakteriální rezistence. Pochopení tohoto by mělo pomoci připravit cestu pro stanovení směrnic pro racionální předepisování antibiotik pro stomatologické chirurgické klinické výkony, a tak vytvořit základ pro antibiotickou péči a také určit potenciální riziko pro uvědomění přínosů při předepisování antibiotik.

Tato základní data mohou být sledována v delším časovém rámci, aby se v pozdější studii prozkoumala perzistence genů rezistence v průběhu času. Očekává se, že významný počet pacientů bude ze studentských kohort na HKU, což usnadní pozdější odvolání. Pacienti budou požádáni, aby si po úvodní studii vedli záznam o spotřebě antibiotik, který může sloužit jako podklad pro pozdější výzkum.

Budou přijati jedinci, u nichž je plánována chirurgická extrakce, kteří dají písemný souhlas s účastí ve studii. Za provádění klinické léčby bude odpovědný zkušený klinický operátor s odborným školením v oblasti maxilofaciální chirurgie (ML Co-A). Předepisování antibiotik se bude odvíjet od složitosti případu, náročnosti operačního výkonu a času. Pacienti proto nebudou randomizováni, ale na základě získání 10 pacientů v každé skupině. V následujících čtyřech časových bodech budou odebrány tři sady vzorků (sliny, seškrábnutí dorza jazyka a vzorky stolice).

Subjekty budou požádány, aby si noc před odběrem vzorků nečistily zuby, a podobně budou požádány, aby nepoužívaly zubní ústní vody. Kromě časových bodů odběru budou subjekty po dobu trvání studie požádány, aby dodržovaly své „normální“, rutinní postupy ústní hygieny.

Po odběru základních vzorků bude provedena chirurgická extrakce třetího moláru. Subjekt dostane instrukce po extrakci a analgetika pro úlevu od bolesti pro všechny subjekty a Amoxicilin pro ty, kteří vyžadují antibiotika. Compliance bude kontrolována dotazem pacienta a kontrolou obalových proužků tablet amoxicilinu při schůzkách s odvoláním. Subjekt bude požádán, aby se během šestiměsíčního období studie zdržel používání jakékoli ústní vody (pokud tak již neučinil) a k použití bude poskytnuta zubní pasta bez antibakteriálního obsahu.

Vzorky povlaku jazyka, slin a stolice pro extrakci DNA budou odebírány ve všech specifikovaných časových bodech, jak je popsáno níže.

Výchozí stav – skupina antibiotik V den operace Výchozí stav – žádná antibiotika V den operace

1 týden

1 týden

1 měsíc 6 měsíců

Vzorky z dutiny ústní budou odebírány ráno nejméně dvě hodiny po jídle. Subjektům bude doporučeno odebrat vzorky stolice do 24 hodin od plánovaného termínu.

K odběru povlaku jazyka bude použit sterilní mikrokartáček Vzorek povlaku jazyka bude odebrán po trojnásobném pohlazení povrchu jazyka zezadu na přední stranu na jednu polovinu předních dvou třetin jazyka u každého časový bod odběru vzorků. Po odběru vzorku se odřízne hrot mikroštětečku a umístí se do lahvičky Eppendorf. Vzorky budou skladovány při -80 °C, dokud nebude provedena extrakce DNA.

U vzorků slin bude subjekt požádán, aby vyplivl do sterilní nádoby, která se okamžitě přenese do ledu a poté se uloží při -80 °C. Odběr vzorků stolice bude proveden na základě pokynů pro odběr vzorků stolice uvedených pro projekt lidského mikrobiomu (16). Extrakce DNA ze vzorků bude provedena pomocí soupravy pro extrakci DNA poskytnuté (Qiagen, USA).

Metagenomické sekvenování pomocí brokovnice Pro metagenomické sekvenování bude extrahovaná genomická DNA fyzicky nastříhána na průměrnou velikost fragmentu 250 bp. Fragmentovaná gDNA bude sekvenována obousměrně (100 bp v každém směru) na dráze Illumina HighSeq. Kvalitní filtrování bude provedeno pomocí Trimmomatic (17), po kterém budou spárovaná a nepárová dopředná čtení spojena a budou odstraněna čtení s více než 10 % nejednoznačných bází. Dále budou čtení testována na lidské sekvence pomocí Best Match Tagger v3.101 (18), načež budou lidská čtení a duplicitní čtení odstraněna.

Relativní množství rezistentních genů Použitý primer blaTEM bude takový, jaký popsal Kim et al (22). Primery pro analýzu přítomnosti genů rezistence na erm (G), erm (B) a erm (F) budou takové, jaké popsal Jansonn et al (23). Primery pro geny Tet (M) a Tet (W) budou popsány v Diaz-Torez et al (24). Pro relativní kvantifikaci budou jako standard použity univerzální primery 16S.

12 Relativní množství genu bude hodnoceno pomocí PCR v reálném čase. Konvenční PCR reakce budou použity pro vytvoření genově specifických amplikonů používaných jako templátové DNA standardy pro qPCR. Amplikony budou purifikovány pomocí gelové/PCR extrakční soupravy QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen, USA) a kvantifikovány fluorometricky pomocí Quant-iTTM PicoGreen® dsDNA Assay Kit (Invitrogen). Počet molekul DNA bude vypočítán na základě velikosti a hmotnosti amplikonů. Desetinásobná sériová ředění amplikonů budou připravena a použita podle postupu Yu et al. (25).

Výběr a stažení subjektů Pacienti budou rekrutováni z čekací listiny z Prince Philip Dental Hospital, The University of Hong Kong, kteří byli klinicky vyšetřeni a chtějí si nechat odstranit zasažené zuby moudrosti.

Velikost vzorku Výsledek bychom prezentovali v log 10 škále ve srovnání se dnem 0 v komunitní DNA extrahované ze vzorků stolice. Z předchozí studie (15) předpokládáme směrodatnou odchylku 1,25 jednotek. Při určení velikosti vzorku pomocí softwaru G*Power verze 3.1.9.2 (Franz Faul, Universitat Kiel, Německo) bychom potřebovali alespoň 8 na skupinu, abychom měli sílu 0,8 k detekci rozdílu 1,25 jednotek na 0,05. úroveň významnosti. Proto v tomto výzkumu shromažďujeme celkovou velikost vzorku 16 (8 na skupinu) v počáteční fázi.

Léčba subjektů Toto je prospektivní, longitudinální, observační, kohortová studie zkoumající mladé dospělé podstupující pooperačně chirurgickou extrakci zubu moudrosti s antibiotiky a bez nich. Antibiotika a analgetika budou podávána po operaci.

Amoxicilin Intra perorálně, třikrát denně 250 mg po dobu 5 dnů Analgetika - Arcoxia 120 mg po dobu tří dnů a Paracetamol 500 mg QID PRN po dobu 3 dnů nebo Paracetamol 1 g Plus 16 mg kodeinfosfát. Předepisování antibiotik bude založeno na klinickém úsudku založeném na složitosti případu, traumatu a délce procedury. Žádná randomizace nebude provedena. Pro odběr 3 bakteriálních vzorků budou provedeny čtyři časové body pozorování (potah jazyka, ústní voda a vzorek stolice: výchozí stav, 1 týden, 1 měsíc a 6 měsíců.

Pokud budou pacienti muset v kontrolním období šesti měsíců užívat další antibiotika, budou požádáni, aby informovali zkoušejícího.

Compliance bude kontrolována dotazem pacienta a kontrolou obalových proužků tablet amoxicilinu při schůzkách s odvoláním.

Hodnocení účinnosti Studie nezkoumá účinnost nového léku. Prováděné léčebné postupy jsou v souladu s konvenčním léčebným protokolem.

Hodnocení bezpečnosti Studie se nezabývá bezpečností nového léku. Prováděné léčebné postupy jsou v souladu s konvenčním léčebným protokolem.