Modifications du Resistome après extraction dentaire et amoxicilline.

Conception de l'essai Il s'agit d'une étude de cohorte prospective, longitudinale, observationnelle portant sur de jeunes adultes subissant une extraction chirurgicale d'une dent de sagesse avec et sans antibiotiques après l'opération. La prescription d'antibiotiques sera basée sur un jugement clinique basé sur la complexité du cas, le traumatisme et la durée de la procédure. Aucune randomisation ne sera effectuée. Quatre points de temps d'observation seront entrepris pour collecter 3 échantillons bactériens (revêtement de la langue, échantillon de salive et de selles à : la ligne de base, 1 semaine, 1 mois et 6 mois.

Étudier l'étendue et la persistance d'une gamme de gènes de résistance bactérienne dans le microbiote oral et intestinal d'une cohorte de jeunes adultes en bonne santé systémique avant et après l'extraction chirurgicale des troisièmes molaires qui reçoivent et ne reçoivent pas d'amoxicilline.

Hypothèse On anticipe qu'une seule cure d'amoxicilline (250 mg trois fois par jour pendant cinq jours) prescrite après une extraction dentaire chirurgicale, telle qu'une troisième molaire incluse, modifie le profil de résistance aux antibiotiques à court et à long terme et provoque une changement dans la composition du résistome oral et intestinal dans une cohorte saine.

À partir de l'analyse de la résistance bactérienne, la comparaison avec les données de base au fil du temps donnera un aperçu de l'impact de l'augmentation de la résistance antibactérienne. La compréhension de cela devrait aider à ouvrir la voie à la détermination de lignes directrices pour la prescription rationnelle d'antibiotiques pour les procédures cliniques de chirurgie dentaire et ainsi former une base pour la gestion des antibiotiques ainsi qu'à déterminer un risque potentiel pour bénéficier de la sensibilisation lors de la prescription d'antibiotiques.

Ces données de base peuvent être suivies sur une période plus longue pour examiner la persistance des gènes de résistance au fil du temps dans une étude ultérieure. On s'attend à ce qu'un nombre important de patients provienne de cohortes d'étudiants à HKU, ce qui facilitera le rappel ultérieur. Les patients seront invités à tenir un registre de la consommation d'antibiotiques après l'étude initiale qui pourra éclairer les recherches ultérieures.

Les sujets programmés pour des extractions chirurgicales qui donnent un consentement écrit pour faire partie de l'étude seront recrutés. Un opérateur clinique expérimenté avec une formation spécialisée en chirurgie maxillo-faciale (ML Co-A) sera responsable de la réalisation du traitement clinique. La prescription d'antibiotiques sera basée sur la complexité du cas, la difficulté de la procédure chirurgicale opératoire et le temps nécessaire. Par conséquent, les patients ne seront pas randomisés mais basés sur l'obtention de 10 patients dans chaque groupe. Trois ensembles d'échantillons (salive, grattages du dos de la langue et échantillons de selles) seront prélevés aux quatre moments suivants.

Il sera demandé aux sujets de s'abstenir de se brosser les dents la veille du prélèvement d'échantillons et de même de ne pas utiliser de bains de bouche dentaires. Outre les moments de collecte, les sujets seront invités à maintenir leurs procédures d'hygiène bucco-dentaire de routine « normales » pendant toute la durée de l'étude.

Après la collecte des échantillons de base, l'extraction chirurgicale de la troisième molaire sera effectuée. Le sujet recevra des instructions post-extraction et des analgésiques pour soulager la douleur pour tous les sujets et de l'amoxicilline pour ceux nécessitant des antibiotiques. L'observance sera vérifiée en interrogeant le patient et en vérifiant les bandelettes d'emballage des comprimés d'amoxicilline lors des rendez-vous de rappel. Il sera demandé au sujet de s'abstenir d'utiliser tout bain de bouche pendant la période d'étude de six mois (s'il ne l'a pas déjà fait) et un dentifrice sans contenu antibactérien sera fourni pour utilisation.

Des échantillons de revêtement de langue, de salive et de selles pour l'extraction d'ADN seront prélevés à tous les moments spécifiés, comme décrit ci-dessous.

Ligne de base - groupe d'antibiotiques Le jour de la chirurgie Ligne de base - aucun antibiotique Le jour de la chirurgie

1 semaine

1 semaine

1 mois 6 mois

Des échantillons de la cavité buccale seront prélevés le matin au moins deux heures après les repas. Les sujets seront invités à collecter les échantillons de selles dans les 24 heures suivant le rendez-vous prévu.

Une microbrosse stérile sera utilisée pour recueillir les enduits de la langue L'échantillon d'enduit de la langue sera prélevé après avoir caressé la surface de la langue trois fois de l'arrière vers l'avant sur la moitié des deux tiers antérieurs de la langue pour chaque moment de l'échantillonnage. Après le prélèvement de l'échantillon, la pointe de la microbrosse sera coupée et placée à l'intérieur d'un flacon Eppendorf. Les échantillons seront stockés à -80°C jusqu'à ce que l'extraction de l'ADN soit effectuée.

Pour les prélèvements de salive, il sera demandé au sujet de recracher dans un récipient stérile qui sera immédiatement transféré dans de la glace puis stocké à - 80°C. La collecte des échantillons de selles sera effectuée sur la base des directives pour la collecte d'échantillons de selles données pour le projet de microbiome humain (16). L'extraction d'ADN sera effectuée à partir des échantillons à l'aide du kit d'extraction d'ADN fourni par (Qiagen, USA).

Séquençage shotgun métagénomique Pour le séquençage métagénomique, l'ADN génomique extrait sera physiquement cisaillé à une taille moyenne de fragment de 250 bp. L'ADNg fragmenté sera séquencé de manière bidirectionnelle (100 bp dans chaque direction) sur une voie d'un Illumina HighSeq. Un filtrage de qualité sera effectué avec Trimmomatic (17), après quoi les lectures directes appariées et non appariées seront combinées et les lectures avec plus de 10 % de bases ambiguës seront supprimées. Ensuite, les lectures seront examinées pour les séquences humaines avec Best Match Tagger v3.101 (18), après quoi les lectures humaines et les lectures en double seront supprimées.

Abondance relative des gènes résistants L'amorce blaTEM utilisée sera telle que décrite par Kim et al (22). Les amorces pour analyser la présence des gènes de résistance erm (G), erm (B) et erm (F) seront telles que décrites par Jansonn et al (23). Les amorces pour les gènes Tet (M) et Tet (W) seront telles que décrites par Diaz-Torez et al (24). Des amorces universelles 16S seront utilisées pour la quantification relative comme standard.

12 L'abondance relative des gènes sera évaluée par PCR en temps réel. Des réactions de PCR conventionnelles seront utilisées pour générer des amplicons spécifiques à un gène utilisés comme étalons d'ADN modèles pour la qPCR. Les amplicons seront purifiés à l'aide d'un kit d'extraction sur gel/PCR QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen, États-Unis) et quantifiés par fluorimétrie à l'aide d'un kit de test d'ADNdb Quant-iTTM PicoGreen® (Invitrogen). Le nombre de molécules d'ADN sera calculé en fonction de la taille et de la masse des amplicons. Des dilutions en série décuplées des amplicons seront préparées et utilisées selon la procédure de Yu et al. (25).

Sélection et retrait des sujets Les patients seront recrutés à partir de la liste d'attente de l'hôpital dentaire Prince Philip, Université de Hong Kong, qui ont fait l'objet d'un dépistage clinique et souhaitent faire retirer leurs dents de sagesse incluses.

Taille de l'échantillon Nous présenterions le résultat sur une échelle log 10 par rapport au jour 0 dans l'ADN communautaire extrait d'échantillons fécaux. D'après l'étude précédente (15), nous anticipons un écart type de 1,25 unités. Par la détermination de la taille de l'échantillon avec l'utilisation du logiciel G*Power version 3.1.9.2 (Franz Faul, Universitat Kiel, Allemagne), nous aurions besoin d'au moins 8 par groupe pour avoir une puissance de 0,8 pour détecter la différence de 1,25 unité à 0,05 niveau de signification. Par conséquent, dans cette recherche, nous recueillons la taille totale de l'échantillon à 16 (8 par groupe) au stade initial.

Traitement des sujets Il s'agit d'une étude de cohorte prospective, longitudinale, observationnelle portant sur de jeunes adultes subissant une extraction chirurgicale d'une dent de sagesse avec et sans antibiotiques après l'opération. Des antibiotiques et des analgésiques seront administrés en postopératoire.

Amoxicilline Intra orale, trois fois par jour 250 mg pendant 5 jours Analgésiques - Arcoxia 120 mg pendant trois jours et Paracétamol 500 mg QID PRN pendant 3 jours ou Paracétamol 1 g Plus 16 mg de phosphate de codéine. La prescription d'antibiotiques sera basée sur un jugement clinique basé sur la complexité du cas, le traumatisme et la durée de la procédure. Aucune randomisation 14 ne sera effectuée. Quatre points de temps d'observation seront entrepris pour collecter 3 échantillons bactériens (revêtement de la langue, rince-bouche et échantillon de selles à : la ligne de base, 1 semaine, 1 mois et 6 mois.

Si les patients doivent prendre des antibiotiques supplémentaires au cours de la période d'examen de six mois, il leur sera demandé d'en informer l'investigateur.

L'observance sera vérifiée en interrogeant le patient et en vérifiant les bandelettes d'emballage des comprimés d'amoxicilline lors des rendez-vous de rappel.

Évaluation de l'efficacité L'étude ne porte pas sur l'efficacité d'un nouveau médicament. Les procédures de traitement effectuées sont conformes au protocole de traitement conventionnel.

Évaluation de l'innocuité L'étude ne porte pas sur l'innocuité d'un nouveau médicament. Les procédures de traitement effectuées sont conformes au protocole de traitement conventionnel.