Cambiamenti nel resistoma dopo l'estrazione dentale e l'amoxicillina.

Trial Design Questo è uno studio prospettico, longitudinale, osservazionale, di coorte che indaga su giovani adulti sottoposti a estrazione chirurgica di un dente del giudizio con e senza antibiotici nel post-operatorio. La prescrizione di antibiotici si baserà sul giudizio clinico basato sulla complessità del caso, sul trauma e sulla durata della procedura. Non verrà eseguita alcuna randomizzazione. Saranno intrapresi quattro tempi di osservazione per la raccolta di 3 campioni batterici (rivestimento della lingua, saliva e campione di feci a: basale, 1 settimana, 1 mese e 6 mesi.

Esaminare l'estensione e la persistenza di una serie di geni di resistenza batterica all'interno del microbiota orale e intestinale di una coorte di giovani adulti sistemicamente sani prima e dopo l'estrazione chirurgica dei terzi molari che ricevono e non ricevono amoxicillina.

Ipotesi Si prevede che un singolo ciclo di amoxicillina (250 mg tre volte al giorno per cinque giorni) prescritto dopo un'estrazione chirurgica di un dente, come un terzo molare incluso, alteri il profilo di resistenza agli antibiotici a breve e lungo termine e provochi un significativo cambiamento nella composizione del resistoma orale e intestinale in una coorte sana.

Dall'analisi della resistenza batterica, il confronto dei dati di riferimento nel tempo fornirà informazioni sull'impatto dell'aumento della resistenza antibatterica. La comprensione di ciò dovrebbe aiutare a spianare la strada per determinare le linee guida per la prescrizione razionale di antibiotici per le procedure cliniche di chirurgia dentale e quindi costituire una base per la gestione degli antibiotici, nonché determinare un potenziale rischio per la consapevolezza dei benefici quando si prescrivono antibiotici.

Questi dati di riferimento possono essere seguiti in un lasso di tempo più lungo per esaminare la persistenza dei geni di resistenza nel tempo in uno studio successivo. Si prevede che un numero significativo di pazienti provenga da coorti di studenti dell'HKU, il che renderà semplice il successivo richiamo. Ai pazienti verrà chiesto di tenere un registro del consumo di antibiotici dopo lo studio iniziale che potrebbe informare la ricerca successiva.

Verranno reclutati soggetti programmati per estrazioni chirurgiche che danno un consenso scritto a far parte dello studio. Un operatore clinico esperto con formazione specialistica in chirurgia maxillofacciale (ML Co-A) sarà responsabile dell'esecuzione del trattamento clinico. La prescrizione di antibiotici sarà basata sulla complessità del caso, sulla difficoltà della procedura chirurgica operativa e sul tempo impiegato. Pertanto i pazienti non saranno randomizzati ma basati sull'ottenimento di 10 pazienti in ciascun gruppo. Verranno raccolte tre serie di campioni (saliva, raschiati del dorso della lingua e campioni di feci) nei seguenti quattro punti temporali.

Ai soggetti verrà chiesto di astenersi dal lavarsi i denti la notte prima che venga eseguita la raccolta del campione e allo stesso modo verrà chiesto di non usare collutori dentali. A parte i tempi di raccolta, ai soggetti verrà chiesto di mantenere le loro "normali" procedure di igiene orale di routine per tutta la durata dello studio.

Dopo la raccolta dei campioni basali verrà eseguita l'estrazione chirurgica del terzo dente molare. Al soggetto verranno fornite istruzioni post estrazione e analgesici per alleviare il dolore per tutti i soggetti e Amoxicillina per coloro che richiedono antibiotici. La conformità verrà verificata chiedendo al paziente e controllando le strisce di involucro della compressa di amoxicillina agli appuntamenti di richiamo. Al soggetto verrà chiesto di astenersi dall'utilizzare qualsiasi collutorio durante il periodo di studio di sei mesi (se non lo ha già fatto) e verrà fornito un dentifricio senza contenuto antibatterico per l'uso.

I campioni di rivestimento della lingua, saliva e feci per l'estrazione del DNA verranno raccolti in tutti i punti temporali specificati come descritto di seguito.

Basale - gruppo antibiotico Il giorno dell'intervento Basale - nessun antibiotico Il giorno dell'intervento

1 settimana

1 settimana

1 mese 6 mesi

I campioni dal cavo orale verranno prelevati al mattino almeno due ore dopo i pasti. Ai soggetti verrà consigliato di raccogliere i campioni di feci entro 24 ore dall'appuntamento programmato.

Verrà utilizzato un micro pennello sterile per raccogliere i rivestimenti della lingua Il campione del rivestimento della lingua verrà prelevato dopo aver accarezzato la superficie della lingua per tre volte dalla parte posteriore a quella anteriore su una metà dei due terzi anteriori della lingua per ciascuna momento del campionamento. Dopo la raccolta del campione, la punta del micro pennello verrà tagliata e posizionata all'interno di una fiala Eppendorf. I campioni saranno conservati a -80°C fino all'estrazione del DNA.

Per i campioni di saliva, al soggetto verrà chiesto di sputare in un contenitore sterile che verrà immediatamente trasferito in ghiaccio e poi conservato a -800C. La raccolta dei campioni di feci sarà eseguita sulla base delle linee guida per la raccolta di campioni di feci fornite per il progetto sul microbioma umano (16). L'estrazione del DNA verrà eseguita dai campioni utilizzando il kit di estrazione del DNA fornito da (Qiagen, USA).

Sequenziamento metagenomico shotgun Per il sequenziamento metagenomico il DNA genomico estratto sarà fisicamente tagliato a una dimensione media del frammento di 250 bp. Il gDNA frammentato sarà sequenziato bidirezionalmente (100 bp per direzione) su una corsia di un Illumina HighSeq. Il filtraggio della qualità verrà eseguito con Trimmomatic (17), dopodiché le letture in avanti accoppiate e non accoppiate verranno combinate e le letture con più del 10% di basi ambigue verranno rimosse. Successivamente, le letture verranno vagliate per le sequenze umane con Best Match Tagger v3.101 (18), dopodiché le letture umane e le letture duplicate verranno rimosse.

Abbondanza relativa di geni resistenti Il primer blaTEM utilizzato sarà come descritto da Kim et al (22). I primer per analizzare la presenza dei geni di resistenza erm (G), erm (B) e erm (F) saranno quelli descritti da Jansonn et al (23). I primer per i geni Tet (M) e Tet (W) saranno descritti da Diaz-Torez et al (24). I primer universali 16S saranno utilizzati per la relativa quantificazione come standard.

12 L'abbondanza genica relativa sarà valutata mediante PCR in tempo reale. Verranno utilizzate reazioni PCR convenzionali per generare ampliconi gene-specifici utilizzati come standard di DNA stampo per qPCR. Gli ampliconi saranno purificati utilizzando un kit di estrazione gel/PCR QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen, USA) e quantificati fluorometricamente utilizzando un Quant-iTTM PicoGreen® dsDNA Assay Kit (Invitrogen). Il numero di molecole di DNA sarà calcolato in base alla dimensione e alla massa degli ampliconi. Saranno preparate e utilizzate diluizioni seriali dieci volte degli ampliconi seguendo la procedura di Yu et al. (25).

Selezione e ritiro dei soggetti I pazienti saranno reclutati dalla lista d'attesa del Prince Philip Dental Hospital, l'Università di Hong Kong che è stata sottoposta a screening clinico e desidera rimuovere i denti del giudizio inclusi.

Dimensione del campione Presenteremo il risultato in scala log 10 rispetto al giorno 0 nel DNA della comunità estratto da campioni fecali. Dallo studio precedente (15), anticipiamo la deviazione standard di 1,25 unità. Mediante la determinazione della dimensione del campione con l'uso del software G*Power versione 3.1.9.2 (Franz Faul, Universitat Kiel, Germania), avremmo bisogno di almeno 8 per gruppo per avere una potenza di 0,8 per rilevare la differenza di 1,25 unità a 0,05 livello di significatività. Pertanto, in questa ricerca, raccogliamo la dimensione totale del campione come 16 (8 per gruppo) nella fase iniziale.

Trattamento dei soggetti Questo è uno studio prospettico, longitudinale, osservazionale, di coorte che indaga su giovani adulti sottoposti a estrazione chirurgica di un dente del giudizio con e senza antibiotici nel post-operatorio. Gli antibiotici e gli analgesici saranno somministrati dopo l'intervento.

Amoxicillina Per via orale, tre volte al giorno 250 mg per 5 giorni Analgesici - Arcoxia 120 mg per tre giorni e Paracetamolo 500 mg QID PRN per 3 giorni o Paracetamolo 1 g Plus 16 mg Codeina Fosfato. La prescrizione di antibiotici si baserà sul giudizio clinico basato sulla complessità del caso, sul trauma e sulla durata della procedura. Non verrà eseguita alcuna randomizzazione 14. Saranno intrapresi quattro tempi di osservazione per la raccolta di 3 campioni batterici (rivestimento della lingua, risciacquo della bocca e campione di feci a: basale, 1 settimana, 1 mese e 6 mesi.

Se i pazienti devono assumere ulteriori antibiotici nel periodo di revisione di sei mesi, verrà chiesto loro di informare lo sperimentatore.

La conformità verrà verificata chiedendo al paziente e controllando le strisce di involucro della compressa di amoxicillina agli appuntamenti di richiamo.

Valutazione dell'efficacia Lo studio non esamina l'efficacia di un nuovo farmaco. Le procedure di trattamento in corso sono secondo il protocollo di trattamento convenzionale.

Valutazione della sicurezza Lo studio non esamina la sicurezza di un nuovo farmaco. Le procedure di trattamento in corso sono secondo il protocollo di trattamento convenzionale.