Endringer i resistom etter tannekstraksjon og amoxicillin.

Prøvedesign Dette er en prospektiv, longitudinell, observasjons-, kohortstudie som undersøker unge voksne som gjennomgår kirurgisk ekstraksjon av en visdomstann med og uten antibiotika postoperativt. Forskrivning av antibiotika vil være basert på klinisk skjønn basert på sakskompleksitet, traumer og prosedyrelengde. Ingen randomisering vil bli utført. Fire observasjonstidspunkter vil bli utført for innsamling av 3 bakterieprøver (tungebelegg, spytt og avføringsprøve ved: baseline, 1 uke, 1 måned og 6 måneder.

Å kartlegge omfanget og utholdenheten til en rekke bakterielle resistensgener i den orale og tarmmikrobiotaen til en kohort av systemisk friske unge voksne før og etter kirurgisk ekstraksjon av tredje molarer som mottar og ikke mottar amoxicillin.

Hypotese Det forventes at en enkelt kur med amoxicillin (250 mg tre ganger daglig i fem dager) foreskrevet etter en kirurgisk tanntrekking, for eksempel en påvirket tredje molar, endrer kortsiktig og langsiktig antibiotikaresistensprofil og forårsaker en betydelig endring i sammensetningen av det orale og tarmresistomet i en sunn kohort.

Fra analyse av bakteriell resistens vil sammenligning fra baselinedata over tid gi innsikt i virkningen av økt antibakteriell resistens. Forståelse av dette bør bidra til å bane vei for å fastsette retningslinjer for rasjonell forskrivning av antibiotika for tannkirurgiske kliniske prosedyrer og på den måten danne et grunnlag for antibiotikaforvaltning samt bestemme en potensiell risiko for nyttebevissthet ved forskrivning av antibiotika.

Disse grunnlinjedataene kan følges opp i en lengre tidsramme for å undersøke persistensen av resistensgener over tid i en senere studie. Det forventes at et betydelig antall pasienter vil være fra studentkull ved HKU, noe som vil gjøre senere tilbakekalling enkel. Pasienter vil bli bedt om å føre en journal over antibiotikaforbruket etter den første studien som kan informere senere forskning.

Personer som er planlagt for kirurgiske ekstraksjoner som gir skriftlig samtykke til å være en del av studien, vil bli rekruttert. En erfaren klinisk operatør med spesialistutdanning i kjevekirurgi (ML Co-A) vil være ansvarlig for å utføre klinisk behandling. Forskrivning av antibiotika vil være basert på tilfellets kompleksitet, vanskelighetsgraden ved det operative kirurgiske inngrepet og tiden det tar. Pasienter vil derfor ikke randomiseres, men basert på å få 10 pasienter i hver gruppe. Tre sett med prøver (spytt, tungeryggskrap og avføringsprøver) vil bli samlet inn på de følgende fire tidspunktene.

Forsøkspersonene vil bli bedt om å avstå fra å pusse tennene kvelden før prøvetaking skal utføres, og på samme måte bedt om å ikke bruke munnvann. Bortsett fra innsamlingstidspunkter, vil forsøkspersonene bli bedt om å opprettholde sine "normale" rutinemessige munnhygieneprosedyrer så lenge studien varer.

Etter innsamling av basislinjeprøvene vil kirurgisk ekstraksjon av den tredje molartannen bli utført. Pasienten vil bli gitt instruksjoner etter ekstraksjon og smertestillende midler for smertelindring for alle forsøkspersonene og Amoxicillin for de som trenger antibiotika. Overholdelse vil bli sjekket ved å spørre pasienten og sjekke amoxicillin-strimlene på tablettinnpakningen ved tilbakekallingsavtalene. Pasienten vil bli bedt om å avstå fra å bruke munnskylling i løpet av den seks måneder lange studieperioden (hvis de ikke allerede har gjort det), og en tannkrem uten antibakterielt innhold vil bli gitt for bruk.

Tungebelegg-, spytt- og avføringsprøver for DNA-ekstraksjon vil bli samlet inn på alle de angitte tidspunktene som beskrevet nedenfor.

Baseline- antibiotikagruppe På operasjonsdagen Baseline- ingen antibiotika På operasjonsdagen

1 uke

1 uke

1 måned 6 måneder

Prøver fra munnhulen vil bli tatt om morgenen minst to timer etter måltider. Forsøkspersoner vil bli bedt om å samle avføringsprøvene innen 24 timer etter den planlagte avtalen.

En steril mikrobørste vil bli brukt til å samle opp tungebeleggene. Prøven på tungebelegget vil bli tatt etter å ha strøket overflaten av tungen tre ganger fra baksiden til forsiden på den ene halvdelen av de fremre to tredjedeler av tungen for hver tidspunkt for prøvetaking. Etter prøvesamlingen vil spissen av mikrobørsten kuttes og plasseres inne i et Eppendorf-ampulle. Prøvene vil bli lagret ved -800C inntil DNA-ekstraksjon er utført.

For spyttprøvene vil forsøkspersonen bli bedt om å spytte ut i en steril beholder som umiddelbart overføres til is og deretter lagres ved -800C. Innsamling av avføringsprøvene vil bli utført basert på retningslinjene for innsamling av avføringsprøver gitt for humant mikrobiomprosjekt (16). DNA-ekstraksjon vil bli utført fra prøvene ved hjelp av DNA-ekstraksjonssettet levert av (Qiagen, USA).

Metagenomisk haglesekvensering For metagenomisk sekvensering vil ekstrahert genomisk DNA skjæres fysisk til en gjennomsnittlig fragmentstørrelse på 250 bp. Det fragmenterte gDNA vil bli sekvensert toveis (100 bp hver retning) på en bane av en Illumina HighSeq. Kvalitetsfiltrering vil bli utført med Trimmomatic (17), hvoretter de sammenkoblede og uparrede foroveravlesningene vil bli kombinert og avlesninger med mer enn 10 % tvetydige baser vil bli fjernet. Deretter vil avlesningene bli screenet for menneskelige sekvenser med Best Match Tagger v3.101 (18), hvoretter menneskelige avlesninger og dupliserte avlesninger vil bli fjernet.

Relativ overflod av resistente gener BlaTEM-primeren som brukes vil være som beskrevet av Kim et al (22). Primere for å analysere tilstedeværelsen av erm (G), erm (B) og erm (F) resistensgener vil være som beskrevet av Jansonn et al (23). Primere for Tet (M) og Tet (W) gener vil som beskrevet av Diaz-Torez et al (24). 16S universelle primere vil bli brukt for den relative kvantifiseringen som standard.

12 Den relative genforekomsten vil bli vurdert ved bruk av sanntids PCR. Konvensjonelle PCR-reaksjoner vil bli brukt til å generere genspesifikke amplikoner brukt som templat-DNA-standarder for qPCR. Amplikoner vil bli renset ved hjelp av et gel/PCR-ekstraksjonssett QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen, USA) og kvantifisert fluorometrisk ved bruk av et Quant-iTTM PicoGreen® dsDNA-analysesett (Invitrogen). Antallet DNA-molekyler vil bli beregnet basert på størrelsen og massen til amplikonene. Ti ganger serielle fortynninger av amplikonene vil bli tilberedt og brukt etter prosedyren av Yu et al. (25).

Utvelgelse og tilbaketrekning av emner Pasienter vil bli rekruttert fra ventelisten fra Prince Philip Dental Hospital, University of Hong Kong som har blitt klinisk screenet og ønsker å få fjernet sine påvirkede visdomstennene.

Prøvestørrelse Vi vil presentere resultatet i log 10-skala sammenlignet med dag 0 i fellesskaps-DNA ekstrahert fra fekale prøver. Fra forrige studie (15) regner vi med standardavviket til 1,25 enheter. Ved å bestemme prøvestørrelsen med bruk av programvaren G*Power versjon 3.1.9.2 (Franz Faul, Universitat Kiel, Tyskland), ville vi trenge minst 8 per gruppe for å ha en potens på 0,8 for å oppdage 1,25 enhetsforskjellen ved 0,05 Signifikansnivå. Derfor, i denne forskningen, samler vi den totale prøvestørrelsen som 16 (8 per gruppe) i den innledende fasen.

Behandling av forsøkspersoner Dette er en prospektiv, longitudinell, observasjons-, kohortstudie som undersøker unge voksne som gjennomgår kirurgisk ekstraksjon av en visdomstann med og uten antibiotika postoperativt. Antibiotika og analgetika vil bli gitt postoperativt.

Amoxicillin Intra oralt, tre ganger daglig 250 mg i 5 dager Analgetika - Arcoxia 120 mg i tre dager og Paracetamol 500 mg QID PRN i 3 dager eller Paracetamol 1 g Pluss 16 mg Kodeinfosfat. Forskrivning av antibiotika vil være basert på klinisk skjønn basert på sakskompleksitet, traumer og prosedyrelengde. Ingen 14 randomisering vil bli utført. Fire observasjonstidspunkter vil bli utført for innsamling av 3 bakterieprøver (tungebelegg, munnskylling og avføringsprøve ved: baseline, 1 uke, 1 måned og 6 måneder.

Dersom pasientene må ta ytterligere antibiotika i løpet av gjennomgangsperioden på seks måneder, vil de bli bedt om å informere utrederen.

Overholdelse vil bli sjekket ved å spørre pasienten og sjekke amoxicillin-strimlene på tablettinnpakningen ved tilbakekallingsavtalene.

Vurdering av effekt Studien ser ikke på effekten av et nytt medikament. Behandlingsprosedyrene som utføres er i henhold til den konvensjonelle behandlingsprotokollen.

Vurdering av sikkerhet Studien ser ikke på sikkerheten til et nytt medikament. Behandlingsprosedyrene som utføres er i henhold til den konvensjonelle behandlingsprotokollen.