Perinatální precizní medicína (NSIGHT2)

Akutně nemocní kojenci, kteří mají nediagnostikované onemocnění, a jejich rodiny se budou moci zúčastnit studie. Vyšetřovatelé zaregistrují až 1000 kojenců. Lokálně se bude studovaná populace rekrutovat z lůžkové populace Rady dětské nemocnice (RCH), především z neonatální jednotky intenzivní péče (NICU), dětské jednotky intenzivní péče (PICU) a kardiovaskulární jednotky intenzivní péče (CVICU), přičemž menší populace bude představovat na další lůžkové služby v nemocnici. Nábor bude zaměřen na hlavní kampus RCH, ale může zahrnovat doporučení ze satelitních míst v síti RCH (zejména síť RCH NICU v celém okrese San Diego). Všichni pacienti budou nadále dostávat rutinní péči, jak je klinicky indikováno, včetně státního novorozeneckého screeningu a dalších genetických testů, které určí jejich ošetřující poskytovatelé. Polovina dotčených účastníků studie bude randomizována k rychlému sekvenování celého genomu (WGS) a druhé polovině bude k dispozici rychlé sekvenování celého exomu (WES). Každé rameno bude zpočátku analyzováno pouze pomocí vzorku pacienta (probanda). Pokud analýza pouze probanda nedokáže stanovit diagnózu, použijí se k doplnění analýzy genomická data od členů biologické rodiny (obvykle rodičů), pokud jsou k dispozici (trioanalýza). Příležitostně může být k dispozici druhý postižený sourozenec pro analýzu rodiny. Nezřídka není otec k dispozici ke studiu. Podobně vyšetřovatelé předpokládají potřebu cílené genetické analýzy biologických rodičů a případně dalších členů rodiny, aby se potvrdily diagnostické výsledky a/nebo poskytly další informace týkající se dědičnosti.

Vyšetřovatelé předpokládají, že ve vzácných případech může být novorozenec tak nemocný, že tým postrádá rovnováhu, aby dítě mohlo čekat na odhadovanou dobu deseti dnů odeslaných exomových testů. V těchto vzácných případech rozhodne PI nebo jeho zástupce, zda dítě není způsobilé pro randomizaci. Tyto děti zůstanou ve výzkumné studii po celou dobu studie, ale místo rychlého genomu dostanou vlastní ultrarychlé sekvenování celého genomu v laboratoři Rady dětského institutu pro genomickou medicínu (RCIGM, také nazývané RadyPGSMI). nebo rychlý exom (obě se očekává, že obrat bude 10 dní).

O zařazení se bude usilovat během prvních 96 hodin po přijetí na RCH nebo síť RCH JIP nebo do 96 hodin od splnění kritérií pro studii, pokud dítě nebylo dříve způsobilé. Pacientům a jejich rodinným příslušníkům, kteří souhlasí s účastí, bude odebrána krev a budou randomizováni do skupiny s rychlým WGS nebo rychlým WES. Počáteční analýza řízená symptomy bude provedena pouze na pacientově vzorku (singletonová analýza). Není-li diagnóza nalezena okamžitě (do 24 hodin) pomocí jednočetné analýzy, bude rodina (nebo jakákoli kombinace rodičů a/nebo jiných rodinných příslušníků) analyzována pomocí stejné technologie, pro kterou byl pacient randomizován. Patogenní a pravděpodobné patogenní varianty (jak je stanoveno směrnicemi American College of Medical Genetics (ACMG)), které se částečně nebo zcela vztahují k aktuálnímu fenotypu pacienta, budou klinicky potvrzeny a zaznamenány do lékařského záznamu pacienta. Přestože záměrem studie je vrátit výsledky řízené symptomy do lékařského záznamu, klinická zpráva pro potvrzení nálezů řízených symptomy může obsahovat negativní výsledky testování. V případě, že naše analýza náhodně najde patogenní variantu, pro kterou existuje léčba nebo intervence ke zlepšení morbidity a/nebo úmrtnosti, rodiny se mohou rozhodnout, že tyto dodatečné informace nebudou dostávat.