Perinatal præcisionsmedicin (NSIGHT2)

Akut syge spædbørn, der har en udiagnosticeret sygdom, og deres familier vil være berettiget til at deltage i undersøgelsen. Efterforskerne vil tilmelde op til 1.000 spædbørn. Lokalt vil undersøgelsespopulationen blive rekrutteret fra Rady Children's Hospital (RCH) indlagte patienter, primært neonatal intensiv afdeling (NICU), pædiatrisk intensiv afdeling (PICU) og kardiovaskulær intensiv afdeling (CVICU), med en mindre population, der præsenterer til andre hospitalsindlæggelser. Rekruttering vil blive målrettet mod RCH's hovedcampus, men den kan omfatte henvisninger fra satellitplaceringer i RCH-netværket (især RCH NICU-netværket i hele San Diego County). Alle patienter vil fortsætte med at modtage rutinemæssig pleje som klinisk indiceret, inklusive den statslige nyfødtscreening og andre genetiske tests som bestemt af deres behandlende udbydere. Halvdelen af ​​de berørte undersøgelsesdeltagere vil blive randomiseret til at modtage hurtig helgenom-sekventering (WGS), og den anden halvdel vil modtage hurtig hel exome-sekventering (WES). Hver arm vil indledningsvis kun blive analyseret ved hjælp af patientens (probands) prøve. Hvis en proband-only-analyse ikke giver en diagnose, vil genomiske data fra de biologiske familiemedlemmer (typisk forældre), når de er tilgængelige, blive brugt til at supplere analysen (trioanalyse). Lejlighedsvis kan en anden berørt søskende være tilgængelig til familieanalyse. Ikke sjældent står faderen ikke til at studere. Tilsvarende forudser efterforskerne behovet for målrettet genetisk analyse af biologiske forældre og muligvis andre familiemedlemmer for at bekræfte diagnostiske resultater og/eller give yderligere information vedrørende arv.

Efterforskerne forudser, at en nyfødt i sjældne tilfælde kan være så syg, at teamet mangler ligevægt, at barnet kan vente på den estimerede 10-dages behandlingstid for vores udsendte exome-test. I disse sjældne tilfælde vil PI, eller hans delegerede, beslutte, om barnet ikke er berettiget til randomisering. Disse børn vil forblive i forskningsstudiet gennem hele undersøgelsen, men vil modtage intern ultrahurtig helgenomsekventering af Rady Children's Institute for Genomic Medicine (RCIGM, også kaldet RadyPGSMI) i stedet for enten et hurtigt genom eller hurtig exome (begge forventes at være 10 dages turn-arounds).

Tilmelding vil blive søgt inden for de første 96 timer efter indlæggelse på RCH eller en RCH netværk ICU eller inden for 96 timer efter opfyldelse af kriterierne for undersøgelsen, hvis spædbarnet ikke tidligere var kvalificeret. Patienter og deres familiemedlemmer, der giver samtykke til at deltage, vil få deres blod udtaget og vil blive randomiseret til at modtage enten hurtig WGS eller hurtig WES. Den indledende symptom-drevne analyse vil kun blive udført på patientens prøve (singleton-analyse). Hvis en diagnose ikke findes hurtigt (inden for 24 timer) via en singleton-analyse, vil familien (eller en kombination af forældre og/eller andre familiemedlemmer) blive analyseret ved hjælp af den samme teknologi, som patienten blev randomiseret til at modtage. Patogene og sandsynlige patogene varianter (som bestemt af American College of Medical Genetics (ACMG) retningslinjer), der helt eller delvist relaterer sig til patientens aktuelle fænotype, vil blive klinisk bekræftet og rapporteret i patientens journal. Selvom intentionen med undersøgelsen er at returnere symptom-drevne resultater til journalen, kan den kliniske rapport til bekræftelse af symptom-drevne fund indeholde negative fund af test. I tilfælde af, at vores analyse tilfældigt finder en patogen variant, for hvilken der findes en behandling eller intervention for at forbedre morbiditet og/eller dødelighed, kan familier vælge ikke at modtage denne yderligere information.