Médecine de précision périnatale (NSIGHT2)

Les nourrissons hospitalisés souffrant d'une maladie non diagnostiquée et leurs familles seront éligibles pour participer à l'étude. Les enquêteurs recruteront jusqu'à 1 000 nourrissons. Localement, la population à l'étude sera recrutée parmi la population de patients hospitalisés du Rady Children's Hospital (RCH), principalement l'unité de soins intensifs néonatals (USIN), l'unité de soins intensifs pédiatriques (USIP) et l'unité de soins intensifs cardiovasculaires (CVICU), avec une population plus petite présentant à d'autres services hospitaliers. Le recrutement sera ciblé sur le campus principal du RCH, mais il peut inclure des références provenant d'emplacements satellites du réseau RCH (en particulier le réseau RCH NICU dans tout le comté de San Diego). Tous les patients continueront de recevoir des soins de routine selon les indications cliniques, y compris le dépistage néonatal de l'État et d'autres tests génétiques déterminés par leurs prestataires traitants. La moitié des participants à l'étude concernés seront randomisés pour recevoir un séquençage rapide du génome entier (WGS) et l'autre moitié recevra un séquençage rapide de l'exome entier (WES). Chaque bras sera initialement analysé en utilisant uniquement l'échantillon du patient (proband). Si une analyse uniquement probante ne parvient pas à établir un diagnostic, les données génomiques des membres de la famille biologique (généralement les parents), lorsqu'elles sont disponibles, seront utilisées pour compléter l'analyse (analyse en trio). Parfois, un deuxième frère ou sœur atteint peut être disponible pour l'analyse de la famille. Il n'est pas rare que le père ne soit pas disponible pour étudier. De même, les enquêteurs prévoient la nécessité d'une analyse génétique ciblée des parents biologiques, et éventuellement d'autres membres de la famille, pour confirmer les résultats du diagnostic et/ou fournir des informations supplémentaires concernant l'héritage.

Les enquêteurs prévoient que dans de rares cas, un nouveau-né peut être si malade que l'équipe manque d'équilibre pour que l'enfant puisse attendre le délai d'exécution estimé à dix jours de notre test d'exome d'envoi. Dans ces rares cas, le PI, ou son délégué, décidera si l'enfant n'est pas éligible pour la randomisation. Ces enfants resteront dans l'étude de recherche pendant toute la durée de l'étude, mais recevront un séquençage interne ultra-rapide du génome entier par le laboratoire du Rady Children's Institute for Genomic Medicine (RCIGM, également appelé RadyPGSMI) au lieu d'un séquençage rapide du génome ou un exome rapide (tous deux prévus en 10 jours d'exécution).

L'inscription sera demandée dans les 96 premières heures suivant l'admission au RCH ou à une USI du réseau RCH ou dans les 96 heures suivant la satisfaction des critères de l'étude si le nourrisson n'était pas éligible auparavant. Les patients et les membres de leur famille qui consentent à participer subiront une prise de sang et seront randomisés pour recevoir soit un WGS rapide, soit un WES rapide. L'analyse initiale basée sur les symptômes sera effectuée sur l'échantillon du patient uniquement (analyse singleton). Si un diagnostic n'est pas trouvé rapidement (dans les 24 heures) via une analyse singleton, la famille (ou toute combinaison de parents et/ou d'autres membres de la famille) sera analysée en utilisant la même technologie que celle pour laquelle le patient a été randomisé. Les variantes pathogènes et probablement pathogènes (telles que déterminées par les directives de l'American College of Medical Genetics (ACMG)) liées en partie ou en totalité au phénotype actuel du patient seront cliniquement confirmées et consignées dans le dossier médical du patient. Bien que l'intention de l'étude soit de renvoyer les résultats basés sur les symptômes au dossier médical, le rapport clinique pour la confirmation des résultats basés sur les symptômes peut inclure des résultats négatifs des tests. Dans le cas où notre analyse trouverait par hasard une variante pathogène pour laquelle un traitement ou une intervention existe pour améliorer la morbidité et/ou la mortalité, les familles peuvent choisir de ne pas recevoir ces informations supplémentaires.