Perinatalna medycyna precyzyjna (NSIGHT2)

W badaniu będą mogły wziąć udział ciężko chore noworodki hospitalizowane z niezdiagnozowaną chorobą oraz ich rodziny. Badacze zarejestrują do 1000 niemowląt. Lokalnie badana populacja będzie rekrutowana z populacji szpitalnej Rady Children's Hospital (RCH), głównie z oddziału intensywnej terapii noworodków (NICU), oddziału intensywnej opieki pediatrycznej (PICU) i oddziału intensywnej terapii układu sercowo-naczyniowego (CVICU), z mniejszą populacją prezentującą do innych szpitalnych usług dla pacjentów. Rekrutacja będzie skierowana do głównego kampusu RCH, ale może obejmować skierowania z lokalizacji satelitarnych w sieci RCH (szczególnie sieć RCH NICU w całym hrabstwie San Diego). Wszyscy pacjenci będą nadal otrzymywać rutynową opiekę zgodnie ze wskazaniami klinicznymi, w tym stanowe badanie przesiewowe noworodków i inne badania genetyczne określone przez ich świadczeniodawców. Połowa uczestników badania, których to dotyczy, zostanie losowo przydzielona do szybkiego sekwencjonowania całego genomu (WGS), a druga połowa otrzyma szybkie sekwencjonowanie całego egzomu (WES). Każde ramię będzie początkowo analizowane wyłącznie przy użyciu próbki pacjenta (probanda). Jeśli analiza tylko probandu nie przyniesie diagnozy, dane genomowe od członków rodziny biologicznej (zwykle rodziców), jeśli są dostępne, zostaną wykorzystane do analizy uzupełniającej (analiza trio). Czasami drugie dotknięte rodzeństwo może być dostępne do analizy rodziny. Nierzadko ojciec nie może się uczyć. Podobnie badacze przewidują potrzebę ukierunkowanej analizy genetycznej rodziców biologicznych i ewentualnie innych członków rodziny, aby potwierdzić wyniki diagnostyczne i/lub dostarczyć dodatkowych informacji dotyczących dziedziczenia.

Badacze przewidują, że w rzadkich przypadkach noworodek może być tak chory, że zespołowi brakuje równowagi, że dziecko może czekać przez szacowany dziesięciodniowy czas realizacji naszych wysyłanych testów egzomicznych. W tych rzadkich przypadkach PI lub osoba przez niego upoważniona zdecyduje, czy dziecko nie kwalifikuje się do randomizacji. Dzieci te pozostaną w badaniu naukowym przez cały czas badania, ale otrzymają wewnętrzne ultraszybkie sekwencjonowanie całego genomu przez laboratorium Rady Children's Institute for Genomic Medicine (RCIGM, zwane także RadyPGSMI) zamiast szybkiego genomu lub szybki exome (oba przewidywane są na 10 dni).

Rejestracja zostanie dokonana w ciągu pierwszych 96 godzin po przyjęciu do RCH lub OIOM sieci RCH lub w ciągu 96 godzin od spełnienia kryteriów badania, jeśli niemowlę nie kwalifikowało się wcześniej. Pacjenci i członkowie ich rodzin, którzy wyrażą zgodę na udział, zostaną pobrani z krwi i zostaną losowo przydzieleni do grupy otrzymującej szybki WGS lub szybki WES. Wstępna analiza oparta na objawach zostanie przeprowadzona wyłącznie na próbce pacjenta (analiza pojedyncza). Jeśli diagnoza nie zostanie postawiona szybko (w ciągu 24 godzin) za pomocą analizy pojedynczej, rodzina (lub dowolna kombinacja rodziców i/lub innych członków rodziny) zostanie przeanalizowana przy użyciu tej samej technologii, do której otrzymywania pacjent został losowo przydzielony. Patogenne i prawdopodobne warianty patogenne (zgodnie z wytycznymi American College of Medical Genetics (ACMG)), które odnoszą się częściowo lub w całości do aktualnego fenotypu pacjenta, zostaną potwierdzone klinicznie i odnotowane w dokumentacji medycznej pacjenta. Chociaż celem badania jest przywrócenie wyników opartych na objawach do dokumentacji medycznej, raport kliniczny mający na celu potwierdzenie wyników opartych na objawach może zawierać negatywne wyniki testów. W przypadku, gdy nasza analiza przypadkowo wykryje wariant patogenny, dla którego istnieje leczenie lub interwencja w celu poprawy zachorowalności i / lub śmiertelności, rodziny mogą zdecydować, że nie otrzymają tych dodatkowych informacji.