Perinataalinen tarkkuuslääketiede (NSIGHT2)
Prenataalinen tarkkuuslääketiede (NSIGHT2): satunnaistettu, sokkoutettu, tulevaisuuden tutkimus nopean genomisen sekvensoinnin kliinisestä hyödystä vauvoille akuuttihoidon ympäristössä
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Yksityiskohtainen kuvaus
Tutkimukseen voivat osallistua akuutisti sairaat vauvapotilaat, joilla on diagnosoimaton sairaus, perheineen. Tutkijat rekisteröivät enintään 1 000 vauvaa. Paikallisesti tutkimuspopulaatio rekrytoidaan Radyn lastensairaalan (RCH) laitospotilasväestöstä, ensisijaisesti vastasyntyneiden tehohoitoyksiköstä (NICU), lasten tehohoitoyksiköstä (PICU) ja kardiovaskulaarista tehohoitoyksikköä (CVICU), jossa on pienempi väestö. muihin sairaalan osastopalveluihin. Rekrytointi kohdistetaan RCH:n pääkampukselle, mutta se voi sisältää viittauksia RCH-verkon satelliittipaikoista (erityisesti RCH NICU -verkosta koko San Diegon piirikunnassa). Kaikki potilaat saavat jatkossakin rutiinihoitoa kliinisen tarpeen mukaan, mukaan lukien valtion vastasyntyneen seulonta ja muut geenitestit, jotka heidän hoitavan palveluntarjoajansa määräävät. Puolet sairastuneista tutkimukseen osallistujista satunnaistetaan saamaan nopean koko genomin sekvensoinnin (WGS) ja toinen puoli saa nopean koko genomin sekvensoinnin (WES). Kukin käsivarsi analysoidaan aluksi käyttämällä vain potilaan (koettimen) näytettä. Jos pelkkä koetusaineanalyysi ei tuota diagnoosia, biologisten perheenjäsenten (tyypillisesti vanhempien) genomitietoja käytetään täydentämään analyysiä (trio-analyysi). Toisinaan toinen sairastunut sisarus voi olla käytettävissä perheanalyysiä varten. Usein isä ei ole käytettävissä opiskeluun. Samoin tutkijat ennakoivat, että biologisten vanhempien ja mahdollisesti muiden perheenjäsenten kohdennettu geneettinen analyysi on tarpeen diagnostisten tulosten vahvistamiseksi ja/tai lisätietojen antamiseksi perinnöllisyydestä.
Tutkijat arvioivat, että vastasyntynyt voi harvoissa tapauksissa olla niin sairas, että ryhmällä ei ole tasapainoa, jotta lapsi voisi odottaa arvioitua kymmenen päivän läpimenoaikaa lähetettävän exome-testin aikana. Näissä harvoissa tapauksissa PI tai hänen edustajansa päättää, eikö lapsi ole oikeutettu satunnaistukseen. Nämä lapset pysyvät tutkimustutkimuksessa koko tutkimuksen ajan, mutta he saavat Rady Children's Institute for Genomic Medicine (RCIGM, myös RadyPGSMI) laboratorion sisäisen ultranopean koko genomin sekvensoinnin joko nopean genomin sijasta. tai nopea exome (molempien odotetaan olevan 10 päivää).
Ilmoittautuminen haetaan ensimmäisten 96 tunnin kuluessa RCH:lle tai RCH-verkon teho-osastolle ottamisesta tai 96 tunnin kuluessa tutkimuksen kriteerien täyttymisestä, jos vauva ei aiemmin ollut kelvollinen. Potilailta ja heidän perheenjäseniltään, jotka suostuvat osallistumaan, otetaan veri, ja heidät satunnaistetaan saamaan joko nopean WGS:n tai nopean WES:n. Ensimmäinen oirelähtöinen analyysi tehdään vain potilaan näytteestä (singleton-analyysi). Jos diagnoosia ei löydy viipymättä (24 tunnin sisällä) yksittäisen analyysin avulla, perhe (tai mikä tahansa vanhempien ja/tai muiden perheenjäsenten yhdistelmä) analysoidaan käyttämällä samaa tekniikkaa, jota potilas satunnaistettiin saamaan. Patogeeniset ja todennäköiset patogeeniset variantit (määritetty American College of Medical Geneticsin (ACMG) ohjeiden mukaan), jotka liittyvät osittain tai kokonaan potilaan nykyiseen fenotyyppiin, vahvistetaan kliinisesti ja raportoidaan potilaan sairauskertomukseen. Vaikka tutkimuksen tarkoituksena on palauttaa oirepohjaiset tulokset potilastietoihin, kliininen raportti oirevetoisten löydösten vahvistamiseksi voi sisältää negatiivisia testituloksia. Jos analyysimme löytää sattumalta patogeenisen muunnelman, jolle on olemassa hoitoa tai interventiota sairastuvuuden ja/tai kuolleisuuden parantamiseksi, perheet voivat päättää olla vastaanottamatta näitä lisätietoja.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Todellinen)
Vaihe
- Ei sovellettavissa
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
California
-
San Diego, California, Yhdysvallat, 92123
- Rady Children's Institute for Genomic Medicine (RCIGM)
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
Henkilö, joka täyttää yhden seuraavista kriteereistä:
- Akuutisti sairas sairaalahoito, alle 4 kuukauden ikäinen ja 96 tunnin sisällä vastaanotosta.
- Akuutisti sairas alle 4 kuukauden ikäinen laitospotilas ja 96 tunnin sisällä epänormaalin vasteen kehittymisestä perussairauden tavanomaiseen hoitoon.
- Akuutisti sairas, alle 4 kuukauden ikäinen laitospotilas ja 96 tunnin sisällä geneettiseen sairauteen viittaavan kliinisen piirteen tai laboratoriotestin arvon kehittymisestä.
- Tähän tutkimukseen osallistuneen lapsen biologinen sukulainen.
Poissulkemiskriteerit:
Yli 4 kuukauden ikäiset sairaalapotilaat, jotka eivät täytä mitään sisällyttämiskriteereistä tai joilla on:
- Vastasyntyneen infektio tai sepsis normaalilla hoitovasteella
- Eristetty ennenaikaisuus
- Eristetty konjugoitumaton hyperbilirubinemia
- Hypoksinen iskeeminen enkefalopatia, johon liittyy selkeä tapahtuma
- Aikaisemmin vahvistettu geneettinen diagnoosi, joka selittää heidän kliinisen tilansa (eli positiivinen geneettinen testi)
- Eristetty ohimenevä vastasyntyneen takypnea
- Laillinen huoltaja tai tuomioistuimen määräämä edustaja ei voi saada lupaa 96 tunnin kuluessa ilmoittautumisesta.
- Elinkelvottomat vastasyntyneet – alle 28 päivää eläneet vastasyntyneet, joiden koodin tila on muutettu (ainoastaan täyden koodin potilaita voidaan ottaa mukaan).
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Ensisijainen käyttötarkoitus: Diagnostiikka
- Jako: Satunnaistettu
- Inventiomalli: Rinnakkaistehtävä
- Naamiointi: Yksittäinen
Aseet ja interventiot
Osallistujaryhmä / Arm |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Muut: Koko genomin sekvensointi
Geneettinen testi, jossa tarkastellaan kaikkia genomin koodaavia ja ei-koodaavia alueita
|
Potilaat ja heidän perheensä satunnaistetaan joko saamaan koko genomin sekvensoinnin tai kokonaisen eksomin sekvensoinnin.
|
|
Muut: Koko Exome-sekvensointi
Geneettinen testi, joka tarkastelee kaikkia genomin koodaavia alueita
|
Potilaat ja heidän perheensä satunnaistetaan joko saamaan koko genomin sekvensoinnin tai kokonaisen eksomin sekvensoinnin.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Kohteen päätoimittajan genomisen sekvensoinnin kliininen hyöty
Aikaikkuna: Viikon sisällä tulosten palauttamisesta
|
Sekvensoinnin koettu hyöty/hyöty potilaan palveluntarjoajien täyttämän "Clinician Assessment" -kyselylomakkeen perusteella.
Kysymys: Oliko testistä kliinisesti hyötyä?
Vastaus mitattiin 5-pisteen Likert-asteikolla (erittäin hyödyllinen=5, hyödyllinen=4, neutraali=3, ei kovin hyödyllinen=2, ei ollenkaan hyödyllinen=1).
|
Viikon sisällä tulosten palauttamisesta
|
|
Testitulokset johtivat muutokseen potilaiden hoidossa
Aikaikkuna: 1 viikon sisällä tulosten palauttamisesta
|
Testitulokset johtivat muutokseen kliinisessä hallinnassa (valitse kaikki sopivat):
|
1 viikon sisällä tulosten palauttamisesta
|
|
Testi johti hallinnon muutoksiin, jotka muuttivat potilaan tuloksia
Aikaikkuna: 1 vuosi
|
Ensisijainen lääkärin käsitys tuloksen muutoksesta
|
1 vuosi
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Koko genomin sekvensoinnin (WGS) ja koko eksomin sekvensoinnin (WES) diagnostinen osuus
Aikaikkuna: Noin 30 päivän sisällä ilmoittautumisesta
|
WGS ja WES ovat kaksi kliinistä diagnostista testimenetelmää.
Testien tulokset kirjattiin sähköiseen sairauskertomukseen.
Tulokset joko antoivat molekyylidiagnoosin, joka selitti potilaan tilan, tai ei.
Diagnostinen osuus on niiden potilaiden lukumäärä, jotka saivat molekyylidiagnoosin testimenetelmällä, jaettuna tällä menetelmällä testattujen potilaiden kokonaismäärällä.
|
Noin 30 päivän sisällä ilmoittautumisesta
|
|
Tulos 7 päivän sisällä näytteen vastaanottamisesta
Aikaikkuna: 7 päivän kuluessa näytteen vastaanottamisesta
|
Tuloksen aika.
|
7 päivän kuluessa näytteen vastaanottamisesta
|
|
Vanhempien kokema testin hyödyllisyys
Aikaikkuna: Viikon sisällä tulosten palauttamisesta ja noin vuoden kuluttua ilmoittautumisesta
|
Vanhempien mielestä testi oli hyödyllinen
|
Viikon sisällä tulosten palauttamisesta ja noin vuoden kuluttua ilmoittautumisesta
|
|
Vanhempien käsitys lapsensa testieduista
Aikaikkuna: Viikon sisällä tulosten palauttamisesta ja noin vuoden kuluttua ilmoittautumisesta
|
Vanhempien käsitys, että testistä oli hyötyä heidän lapselleen
|
Viikon sisällä tulosten palauttamisesta ja noin vuoden kuluttua ilmoittautumisesta
|
|
Vanhempien päätösten katuminen järjestyksessä
Aikaikkuna: Viikon sisällä tulosten palauttamisesta ja noin vuoden kuluttua ilmoittautumisesta
|
Geneettisen diagnoosin haittojen merkit, kuten Brehaut's Decisional Regret -asteikko osoittaa.
Asteikko 0-100.
Korkeammat pisteet osoittavat suurempaa katumusta.
|
Viikon sisällä tulosten palauttamisesta ja noin vuoden kuluttua ilmoittautumisesta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Stephen F Kingsmore, MD, DSc, Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Yleiset julkaisut
- Milko LV, Chen F, Chan K, Brower AM, Agrawal PB, Beggs AH, Berg JS, Brenner SE, Holm IA, Koenig BA, Parad RB, Powell CM, Kingsmore SF. FDA oversight of NSIGHT genomic research: the need for an integrated systems approach to regulation. NPJ Genom Med. 2019 Dec 10;4:32. doi: 10.1038/s41525-019-0105-8. eCollection 2019.
- Dimmock DP, Clark MM, Gaughran M, Cakici JA, Caylor SA, Clarke C, Feddock M, Chowdhury S, Salz L, Cheung C, Bird LM, Hobbs C, Wigby K, Farnaes L, Bloss CS, Kingsmore SF; RCIGM Investigators. An RCT of Rapid Genomic Sequencing among Seriously Ill Infants Results in High Clinical Utility, Changes in Management, and Low Perceived Harm. Am J Hum Genet. 2020 Nov 5;107(5):942-952. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.10.003.
- Cakici JA, Dimmock DP, Caylor SA, Gaughran M, Clarke C, Triplett C, Clark MM, Kingsmore SF, Bloss CS. A Prospective Study of Parental Perceptions of Rapid Whole-Genome and -Exome Sequencing among Seriously Ill Infants. Am J Hum Genet. 2020 Nov 5;107(5):953-962. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.10.004.
- Kingsmore SF, Cakici JA, Clark MM, Gaughran M, Feddock M, Batalov S, Bainbridge MN, Carroll J, Caylor SA, Clarke C, Ding Y, Ellsworth K, Farnaes L, Hildreth A, Hobbs C, James K, Kint CI, Lenberg J, Nahas S, Prince L, Reyes I, Salz L, Sanford E, Schols P, Sweeney N, Tokita M, Veeraraghavan N, Watkins K, Wigby K, Wong T, Chowdhury S, Wright MS, Dimmock D; RCIGM Investigators. A Randomized, Controlled Trial of the Analytic and Diagnostic Performance of Singleton and Trio, Rapid Genome and Exome Sequencing in Ill Infants. Am J Hum Genet. 2019 Oct 3;105(4):719-733. doi: 10.1016/j.ajhg.2019.08.009. Epub 2019 Sep 26.
- Laurenzano SE, McFall C, Nguyen L, Savla D, Coufal NG, Wright MS, Tokita M, Dimmock D, Kingsmore SF, Newfield RS. Neonatal diabetes mellitus due to a novel variant in the INS gene. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2019 Aug 1;5(4):a004085. doi: 10.1101/mcs.a004085. Print 2019 Aug.
- Kingsmore SF, Cole FS. The Role of Genome Sequencing in Neonatal Intensive Care Units. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2022 Aug 31;23:427-448. doi: 10.1146/annurev-genom-120921-103442. Epub 2022 Jun 8.
- Kingsmore SF, Nofsinger R, Ellsworth K. Rapid genomic sequencing for genetic disease diagnosis and therapy in intensive care units: a review. NPJ Genom Med. 2024 Feb 27;9(1):17. doi: 10.1038/s41525-024-00404-0.
- Chan K, Hu Z, Bush LW, Cope H, Holm IA, Kingsmore SF, Wilhelm K, Scharfe C, Brower A. NBSTRN Tools to Advance Newborn Screening Research and Support Newborn Screening Stakeholders. Int J Neonatal Screen. 2023 Oct 30;9(4):63. doi: 10.3390/ijns9040063.
- Owen MJ, Lefebvre S, Hansen C, Kunard CM, Dimmock DP, Smith LD, Scharer G, Mardach R, Willis MJ, Feigenbaum A, Niemi AK, Ding Y, Van Der Kraan L, Ellsworth K, Guidugli L, Lajoie BR, McPhail TK, Mehtalia SS, Chau KK, Kwon YH, Zhu Z, Batalov S, Chowdhury S, Rego S, Perry J, Speziale M, Nespeca M, Wright MS, Reese MG, De La Vega FM, Azure J, Frise E, Rigby CS, White S, Hobbs CA, Gilmer S, Knight G, Oriol A, Lenberg J, Nahas SA, Perofsky K, Kim K, Carroll J, Coufal NG, Sanford E, Wigby K, Weir J, Thomson VS, Fraser L, Lazare SS, Shin YH, Grunenwald H, Lee R, Jones D, Tran D, Gross A, Daigle P, Case A, Lue M, Richardson JA, Reynders J, Defay T, Hall KP, Veeraraghavan N, Kingsmore SF. An automated 13.5 hour system for scalable diagnosis and acute management guidance for genetic diseases. Nat Commun. 2022 Jul 26;13(1):4057. doi: 10.1038/s41467-022-31446-6.
- Cakici JA, Dimmock D, Caylor S, Gaughran M, Clarke C, Triplett C, Clark MM, Kingsmore SF, Bloss CS. Assessing Diversity in Newborn Genomic Sequencing Research Recruitment: Race/Ethnicity and Primary Spoken Language Variation in Eligibility, Enrollment, and Reasons for Declining. Clin Ther. 2023 Aug;45(8):736-744. doi: 10.1016/j.clinthera.2023.06.014. Epub 2023 Jul 8.
- Owen MJ, Batalov S, Ellsworth KA, Wright M, Breeding S, Hugh K, Kingsmore SF, Ding Y. Rapid Whole Genome Sequencing for Diagnosis of Single Locus Genetic Diseases in Critically Ill Children. Methods Mol Biol. 2023;2621:217-239. doi: 10.1007/978-1-0716-2950-5_12.
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Arvioitu)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 161983
- U19HD077693 (Yhdysvaltain NIH-apuraha/sopimus)
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
IPD-suunnitelman kuvaus
IPD-jaon aikakehys
IPD-jaon käyttöoikeuskriteerit
IPD-jakamista tukeva tietotyyppi
- STUDY_PROTOCOL
- MAHLA
- ICF
Tutkimustiedot/asiakirjat
-
Yksittäisen osallistujan tietojoukko
Tiedon tunniste: 37114
-
Yhteenvetotason fenotyyppitiedot
Tiedon tunniste: 37114
-
Subject Sample Telemetry Report (SSTR) koehenkilö- ja näytetunnuksille, suostumuksille, yhteenvetolaskuille, käsittelyn tilalle sekä molekyyli- ja sekvenssinäytekäytölle
Tiedon tunniste: 37114
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Yhdysvalloissa valmistettu ja sieltä viety tuote
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .
Kliiniset tutkimukset Geneettiset sairaudet
-
Memorial Sloan Kettering Cancer CenterTakedaAktiivinen, ei rekrytointiB-solulymfooma | Suuri B-soluinen lymfooma | DLBCL, Nos Genetic Subtypes | Mediastinaalinen suuri B-solulymfooma | Korkea-asteen B-solulymfoomaYhdysvallat
-
Shanghai Exuma Biotechnology Ltd.Institute of Hematology & Blood Diseases Hospital, ChinaRekrytointiDLBCL, Nos Genetic Subtypes | Diffuusi suuri B-solulymfooma | HGBL, nro | Follikulaarinen lymfooma, aste 3B | HGBL MYC- ja BCL2- ja/tai BCL6-järjestelyillä | PMBLKiina
-
Australasian Leukaemia and Lymphoma GroupRekrytointiKorkealaatuinen B-solulymfooma | DLBCL - diffuusi suuri B-soluinen lymfooma | Korkea-asteen B-solulymfooma MYC:n ja BCL2:n tai BCL6:n uudelleenjärjestelyillä | DLBCL, Nos Genetic Subtypes | Korkea-asteen B-solulymfooma, ei muutoin määritelty | Follikulaarinen suurisoluinen lymfooma, uusiutunut | Follikulaarinen...Australia
-
Memorial Sloan Kettering Cancer CenterActinium PharmaceuticalsRekrytointiDiffuusi suuri B-soluinen lymfooma | B-ALL | DLBCL | DLBCL, Nos Genetic Subtypes | B KAIKKI | Dlbcl-Ci | DLBCL Luokittelematon | DLBCL-aktivoitu B-solutyyppi | DLBCL Germinaal Centerin B-solutyyppi | HGBL | HGBL, nroYhdysvallat
-
Patrick C. Johnson, MDAstraZenecaAktiivinen, ei rekrytointiTulenkestävä B-soluinen non-Hodgkin-lymfooma | Diffuusi suuri B-solulymfooma (DLBCL) | Asteen 3b follikulaarinen lymfooma | Tulenkestävät aggressiiviset B-solulymfoomat | Aggressiivinen B-solu NHL | De Novo tai muuntunut indolentti B-solulymfooma | DLBCL, Nos Genetic Subtypes | T-solu/histiosyyttirikas... ja muut ehdotYhdysvallat