주산기정밀의학 (NSIGHT2)
2024년 2월 28일 업데이트: Stephen F. Kingsmore, Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
산전 정밀 의학(NSIGHT2): 급성 치료 환경에서 유아를 위한 신속한 게놈 시퀀싱의 임상적 유용성에 대한 무작위, 맹검, 전향적 연구
이 연구는 급속한 게놈 시퀀싱이 급성 질환을 앓고 있는 영아의 결과를 개선하는지 확인하려고 합니다.
연구자는 급속한 전체 게놈 시퀀싱(WGS) 또는 빠른 전체 엑솜 시퀀싱(WES, 게놈의 2%이며 약 4배 더 저렴함)에 대한 전향적, 무작위, 맹검 연구에서 최대 1,000명의 급성 질환 유아를 등록할 것입니다. .
실제로 213명의 유아가 등록되었습니다.
결과는 객관적인 임상 측정 및 가족 인식(환자/가족 중심 결과)에 의해 측정됩니다.
WGS 또는 WES의 1차 분석은 유아 단독으로 수행됩니다.
진단을 받지 못한 영아의 2차 분석은 가족이 될 것입니다.
트리오는 동일한 무작위화 부문(WGS 또는 WES) 내에서 분석됩니다.
이 연구는 어떤 급성 질환을 앓고 있는 영아가 빠른 게놈 시퀀싱으로 혜택을 받는지, 얼마나 많은 혜택을 받는지, 어떤 혜택이 있는지, 어떤 빠른 게놈 시퀀싱 방법이 더 우수한지, 그리고 이러한 테스트의 비용 효율성을 정량화하도록 설계되었습니다.
연구 개요
상세 설명
진단되지 않은 질병이 있는 급성으로 아픈 유아 입원 환자와 그 가족은 연구에 참여할 자격이 있습니다. 조사관은 최대 1,000명의 유아를 등록할 것입니다. 지역적으로 연구 모집단은 주로 신생아 집중 치료실(NICU), 소아 집중 치료실(PICU) 및 심혈관 집중 치료실(CVICU)인 Rady 어린이 병원(RCH) 입원 환자 모집단에서 모집되며, 다른 병원 입원 환자 서비스에. 모집은 RCH 메인 캠퍼스를 대상으로 하지만 RCH 네트워크(특히 샌디에고 카운티 전역의 RCH NICU 네트워크)의 위성 위치에서 추천을 포함할 수 있습니다. 모든 환자는 치료 제공자가 결정한 주 신생아 선별검사 및 기타 유전자 검사를 포함하여 임상적으로 지시된 대로 일상적인 치료를 계속 받게 됩니다. 영향을 받는 연구 참가자의 절반은 무작위로 배정되어 빠른 전체 게놈 시퀀싱(WGS)을 받고 나머지 절반은 빠른 전체 엑솜 시퀀싱(WES)을 받게 됩니다. 각 팔은 초기에 환자(프로밴드)의 샘플만을 사용하여 분석됩니다. 발단자 전용 분석이 진단을 내리지 못하는 경우, 가능한 경우 생물학적 가족 구성원(일반적으로 부모)의 게놈 데이터를 사용하여 분석을 보완합니다(트리오 분석). 때때로 영향을 받는 두 번째 형제자매가 가족 분석에 사용할 수 있습니다. 드물지 않게 아버지는 공부할 수 없습니다. 유사하게 조사자들은 진단 결과를 확인하고/하거나 유전에 관한 추가 정보를 제공하기 위해 친부모 및 가능한 다른 가족 구성원에 대한 표적 유전자 분석의 필요성을 예상합니다.
조사관은 드문 경우에 신생아가 너무 아플 수 있으므로 팀이 엑솜 테스트의 발송 예상 소요 시간인 10일을 기다릴 수 있는 균형이 부족할 수 있다고 예상합니다. 이러한 드문 경우에 PI 또는 그의 대리인은 아동이 무작위화 대상이 아닌지 여부를 결정합니다. 이 아이들은 전체 연구 기간 동안 연구에 남게 되지만 빠른 게놈 대신 Rady Children's Institute for Genomic Medicine(RCIGM, RadyPGSMI라고도 함) 실험실에서 사내 초고속 전체 게놈 시퀀싱을 받게 됩니다. 또는 빠른 엑솜(둘 다 10일 소요 예상).
등록은 RCH 또는 RCH 네트워크 ICU에 입원한 후 처음 96시간 이내에 또는 영아가 이전에 자격이 없었던 경우 연구 기준을 충족한 후 96시간 이내에 요청됩니다. 참여에 동의한 환자와 그 가족은 혈액을 채취하고 빠른 WGS 또는 빠른 WES를 받도록 무작위 배정됩니다. 초기 증상 기반 분석은 환자의 샘플에서만 수행됩니다(단일 분석). 단일 분석을 통해 진단이 즉시(24시간 이내) 발견되지 않으면 가족(또는 부모 및/또는 다른 가족 구성원의 조합)은 환자가 무작위로 받은 것과 동일한 기술을 사용하여 분석됩니다. 부분적으로 또는 전체적으로 환자의 현재 표현형과 관련된 병원성 및 병원성 변이(ACMG(American College of Medical Genetics) 지침에 의해 결정됨)는 임상적으로 확인되고 환자의 의료 기록에 보고됩니다. 연구의 의도는 증상 중심 결과를 의무 기록으로 되돌리는 것이지만, 증상 중심 소견을 확인하기 위한 임상 보고서에는 검사 결과 음성이 포함될 수 있습니다. 우리의 분석에서 이환율 및/또는 사망률을 개선하기 위한 치료 또는 개입이 존재하는 병원성 변이를 우연히 발견하는 경우 가족은 이 추가 정보를 받지 않도록 선택할 수 있습니다.
연구 유형
중재적
등록 (실제)
213
단계
- 해당 없음
연락처 및 위치
이 섹션에서는 연구를 수행하는 사람들의 연락처 정보와 이 연구가 수행되는 장소에 대한 정보를 제공합니다.
연구 장소
-
-
California
-
San Diego, California, 미국, 92123
- Rady Children's Institute for Genomic Medicine (RCIGM)
-
-
참여기준
연구원은 적격성 기준이라는 특정 설명에 맞는 사람을 찾습니다. 이러한 기준의 몇 가지 예는 개인의 일반적인 건강 상태 또는 이전 치료입니다.
자격 기준
공부할 수 있는 나이
4개월 이하 (어린이)
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
아니
설명
포함 기준:
다음 기준 중 하나를 충족하는 개인:
- 생후 4개월 미만, 입원 후 96시간 이내의 급성 입원 환자.
- 생후 4개월 미만 및 기저 질환에 대한 표준 요법에 대한 비정상 반응 발생 후 96시간 이내의 급성 질환 입원 환자.
- 생후 4개월 미만 및 유전적 상태를 암시하는 임상적 특징 또는 실험실 검사 값이 발생한 후 96시간 이내의 급성 질환 입원 환자.
- 이 연구에 등록된 영아의 생물학적 친척.
제외 기준:
생후 4개월 이상이거나 포함 기준을 충족하지 않거나 다음과 같은 입원 환자:
- 치료에 정상적인 반응을 보이는 신생아 감염 또는 패혈증
- 고립된 미숙아
- 단독 비결합 고빌리루빈혈증
- 명확한 유발 사건이 있는 저산소성 허혈성 뇌병증
- 임상 상태를 설명하는 이전에 확인된 유전적 진단(즉, 양성 유전자 검사를 받음)
- 단독 일과성 신생아 빈호흡
- 등록 자격이 된 후 96시간 이내에 법적 보호자 또는 법원이 지정한 대리인이 허가를 받을 수 없습니다.
- 생존 불가능한 신생아 - 수정된 코드 상태의 생후 28일 미만의 신생아(전체 코드 환자만 등록할 수 있음).
공부 계획
이 섹션에서는 연구 설계 방법과 연구가 측정하는 내용을 포함하여 연구 계획에 대한 세부 정보를 제공합니다.
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
- 주 목적: 특수 증상
- 할당: 무작위
- 중재 모델: 병렬 할당
- 마스킹: 하나의
무기와 개입
참가자 그룹 / 팔 |
개입 / 치료 |
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다른: 전체 게놈 시퀀싱
게놈의 모든 코딩 및 비코딩 영역을 살펴보는 유전자 검사
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환자와 그 가족은 전체 게놈 시퀀싱 또는 전체 엑솜 시퀀싱을 받도록 무작위 배정됩니다.
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다른: 전체 엑솜 시퀀싱
게놈의 모든 코딩 영역을 보는 유전자 검사
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환자와 그 가족은 전체 게놈 시퀀싱 또는 전체 엑솜 시퀀싱을 받도록 무작위 배정됩니다.
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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대상자의 주요 공급자가 인지하는 게놈 시퀀싱의 임상적 유용성
기간: 결과 통보 후 1주일 이내
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환자의 서비스 제공자가 작성한 "임상의 평가" 설문지를 기반으로 한 시퀀싱의 인지된 유용성/이점.
질문: 테스트가 임상적으로 유용했습니까?
응답은 5점 리커트 척도(매우 유용함=5, 유용함=4, 보통=3, 별로 유용하지 않음=2, 전혀 유용하지 않음=1)로 측정되었습니다.
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결과 통보 후 1주일 이내
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테스트 결과 환자 관리의 변화로 이어짐
기간: 결과 회신 후 1주일 이내
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임상 관리의 변화로 이어진 테스트 결과(해당 항목 모두 선택):
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결과 회신 후 1주일 이내
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테스트는 환자 결과를 변경한 관리의 변화로 이어졌습니다.
기간: 일년
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결과의 변화에 대한 주치의의 인식
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일년
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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전체 게놈 시퀀싱(WGS) 및 전체 엑솜 시퀀싱(WES)에 대한 진단 비율
기간: 등록 후 약 30일 이내
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WGS와 WES는 두 가지 임상 진단 테스트 양식입니다.
검사 결과는 전자 의료 기록에 보관되었습니다.
결과는 환자의 상태를 설명하는 분자 진단을 제공했거나 제공하지 않았습니다.
진단 비율은 검사 방식에 의해 분자 진단을 받은 환자 수를 해당 방식에 의해 검사를 받은 총 환자 수로 나눈 값입니다.
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등록 후 약 30일 이내
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검체 접수 후 7일 이내 결과
기간: 샘플 접수 후 7일 이내
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결과를 얻을 시간입니다.
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샘플 접수 후 7일 이내
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부모가 인지한 시험의 유용성
기간: 결과 반환 후 1주일 이내 및 등록 후 약 1년
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시험이 유용했다는 부모의 인식
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결과 반환 후 1주일 이내 및 등록 후 약 1년
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유아의 시험 혜택에 대한 부모의 인식
기간: 결과 반환 후 1주일 이내 및 등록 후 약 1년
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검사가 아기에게 도움이 된다는 부모의 인식
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결과 반환 후 1주일 이내 및 등록 후 약 1년
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시퀀싱을 통한 부모의 결정적 후회
기간: 결과 반환 후 1주일 이내 및 등록 후 약 1년
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Brehaut's Decisional Regret 척도에 의해 입증되는 유전적 진단의 유해 지표.
0-100의 척도.
높은 점수는 높은 후회를 나타냅니다.
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결과 반환 후 1주일 이내 및 등록 후 약 1년
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공동 작업자 및 조사자
여기에서 이 연구와 관련된 사람과 조직을 찾을 수 있습니다.
협력자
수사관
- 수석 연구원: Stephen F Kingsmore, MD, DSc, Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
간행물 및 유용한 링크
연구에 대한 정보 입력을 담당하는 사람이 자발적으로 이러한 간행물을 제공합니다. 이것은 연구와 관련된 모든 것에 관한 것일 수 있습니다.
일반 간행물
- Milko LV, Chen F, Chan K, Brower AM, Agrawal PB, Beggs AH, Berg JS, Brenner SE, Holm IA, Koenig BA, Parad RB, Powell CM, Kingsmore SF. FDA oversight of NSIGHT genomic research: the need for an integrated systems approach to regulation. NPJ Genom Med. 2019 Dec 10;4:32. doi: 10.1038/s41525-019-0105-8. eCollection 2019.
- Dimmock DP, Clark MM, Gaughran M, Cakici JA, Caylor SA, Clarke C, Feddock M, Chowdhury S, Salz L, Cheung C, Bird LM, Hobbs C, Wigby K, Farnaes L, Bloss CS, Kingsmore SF; RCIGM Investigators. An RCT of Rapid Genomic Sequencing among Seriously Ill Infants Results in High Clinical Utility, Changes in Management, and Low Perceived Harm. Am J Hum Genet. 2020 Nov 5;107(5):942-952. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.10.003.
- Cakici JA, Dimmock DP, Caylor SA, Gaughran M, Clarke C, Triplett C, Clark MM, Kingsmore SF, Bloss CS. A Prospective Study of Parental Perceptions of Rapid Whole-Genome and -Exome Sequencing among Seriously Ill Infants. Am J Hum Genet. 2020 Nov 5;107(5):953-962. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.10.004.
- Kingsmore SF, Cakici JA, Clark MM, Gaughran M, Feddock M, Batalov S, Bainbridge MN, Carroll J, Caylor SA, Clarke C, Ding Y, Ellsworth K, Farnaes L, Hildreth A, Hobbs C, James K, Kint CI, Lenberg J, Nahas S, Prince L, Reyes I, Salz L, Sanford E, Schols P, Sweeney N, Tokita M, Veeraraghavan N, Watkins K, Wigby K, Wong T, Chowdhury S, Wright MS, Dimmock D; RCIGM Investigators. A Randomized, Controlled Trial of the Analytic and Diagnostic Performance of Singleton and Trio, Rapid Genome and Exome Sequencing in Ill Infants. Am J Hum Genet. 2019 Oct 3;105(4):719-733. doi: 10.1016/j.ajhg.2019.08.009. Epub 2019 Sep 26.
- Laurenzano SE, McFall C, Nguyen L, Savla D, Coufal NG, Wright MS, Tokita M, Dimmock D, Kingsmore SF, Newfield RS. Neonatal diabetes mellitus due to a novel variant in the INS gene. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2019 Aug 1;5(4):a004085. doi: 10.1101/mcs.a004085. Print 2019 Aug.
- Kingsmore SF, Cole FS. The Role of Genome Sequencing in Neonatal Intensive Care Units. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2022 Aug 31;23:427-448. doi: 10.1146/annurev-genom-120921-103442. Epub 2022 Jun 8.
- Kingsmore SF, Nofsinger R, Ellsworth K. Rapid genomic sequencing for genetic disease diagnosis and therapy in intensive care units: a review. NPJ Genom Med. 2024 Feb 27;9(1):17. doi: 10.1038/s41525-024-00404-0.
- Chan K, Hu Z, Bush LW, Cope H, Holm IA, Kingsmore SF, Wilhelm K, Scharfe C, Brower A. NBSTRN Tools to Advance Newborn Screening Research and Support Newborn Screening Stakeholders. Int J Neonatal Screen. 2023 Oct 30;9(4):63. doi: 10.3390/ijns9040063.
- Owen MJ, Lefebvre S, Hansen C, Kunard CM, Dimmock DP, Smith LD, Scharer G, Mardach R, Willis MJ, Feigenbaum A, Niemi AK, Ding Y, Van Der Kraan L, Ellsworth K, Guidugli L, Lajoie BR, McPhail TK, Mehtalia SS, Chau KK, Kwon YH, Zhu Z, Batalov S, Chowdhury S, Rego S, Perry J, Speziale M, Nespeca M, Wright MS, Reese MG, De La Vega FM, Azure J, Frise E, Rigby CS, White S, Hobbs CA, Gilmer S, Knight G, Oriol A, Lenberg J, Nahas SA, Perofsky K, Kim K, Carroll J, Coufal NG, Sanford E, Wigby K, Weir J, Thomson VS, Fraser L, Lazare SS, Shin YH, Grunenwald H, Lee R, Jones D, Tran D, Gross A, Daigle P, Case A, Lue M, Richardson JA, Reynders J, Defay T, Hall KP, Veeraraghavan N, Kingsmore SF. An automated 13.5 hour system for scalable diagnosis and acute management guidance for genetic diseases. Nat Commun. 2022 Jul 26;13(1):4057. doi: 10.1038/s41467-022-31446-6.
- Cakici JA, Dimmock D, Caylor S, Gaughran M, Clarke C, Triplett C, Clark MM, Kingsmore SF, Bloss CS. Assessing Diversity in Newborn Genomic Sequencing Research Recruitment: Race/Ethnicity and Primary Spoken Language Variation in Eligibility, Enrollment, and Reasons for Declining. Clin Ther. 2023 Aug;45(8):736-744. doi: 10.1016/j.clinthera.2023.06.014. Epub 2023 Jul 8.
- Owen MJ, Batalov S, Ellsworth KA, Wright M, Breeding S, Hugh K, Kingsmore SF, Ding Y. Rapid Whole Genome Sequencing for Diagnosis of Single Locus Genetic Diseases in Critically Ill Children. Methods Mol Biol. 2023;2621:217-239. doi: 10.1007/978-1-0716-2950-5_12.
연구 기록 날짜
이 날짜는 ClinicalTrials.gov에 대한 연구 기록 및 요약 결과 제출의 진행 상황을 추적합니다. 연구 기록 및 보고된 결과는 공개 웹사이트에 게시되기 전에 특정 품질 관리 기준을 충족하는지 확인하기 위해 국립 의학 도서관(NLM)에서 검토합니다.
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
2017년 6월 29일
기본 완료 (실제)
2018년 10월 9일
연구 완료 (추정된)
2024년 7월 30일
연구 등록 날짜
최초 제출
2017년 5월 24일
QC 기준을 충족하는 최초 제출
2017년 7월 5일
처음 게시됨 (실제)
2017년 7월 7일
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (추정된)
2024년 3월 1일
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
2024년 2월 28일
마지막으로 확인됨
2024년 2월 1일
추가 정보
이 연구와 관련된 용어
추가 관련 MeSH 약관
기타 연구 ID 번호
- 161983
- U19HD077693 (미국 NIH 보조금/계약)
개별 참가자 데이터(IPD) 계획
개별 참가자 데이터(IPD)를 공유할 계획입니까?
예
IPD 계획 설명
샘플 및 데이터는 상업 실험실 또는 기술 회사와 같은 공동 작업자와 기밀로 공유될 수 있습니다.
모든 데이터 및 샘플 공유는 엄격하게 기밀로 유지됩니다.
식별 정보는 공유되지 않습니다.
IPD 공유 기간
결과 발표 후; 무기한
IPD 공유 액세스 기준
연구원은 NBSTRN에 등록하고 LPDR을 통해 이 데이터 세트에 대한 액세스를 요청해야 합니다.
IPD 공유 지원 정보 유형
- 연구_프로토콜
- 수액
- ICF
연구 데이터/문서
-
개별 참가자 데이터 세트
정보 식별자: 37114
-
요약 수준 표현형 데이터
정보 식별자: 37114
-
피험자 및 샘플 ID, 동의, 요약 개수, 처리 상태, 분자 및 서열 샘플 사용에 대한 SSTR(피험자 샘플 원격 측정 보고서)
정보 식별자: 37114
약물 및 장치 정보, 연구 문서
미국 FDA 규제 의약품 연구
아니
미국 FDA 규제 기기 제품 연구
예
미국에서 제조되어 미국에서 수출되는 제품
아니
이 정보는 변경 없이 clinicaltrials.gov 웹사이트에서 직접 가져온 것입니다. 귀하의 연구 세부 정보를 변경, 제거 또는 업데이트하도록 요청하는 경우 register@clinicaltrials.gov. 문의하십시오. 변경 사항이 clinicaltrials.gov에 구현되는 즉시 저희 웹사이트에도 자동으로 업데이트됩니다. .
유전병에 대한 임상 시험
-
University of Pennsylvania완전한Intrntl Classification of Diseases, 9th Revision, (ICD-9-CM) 410의 주진단 또는 이차진단 코드가 있는 환자(5번째 숫자가 2인 경우 제외)미국
-
University Hospital, Grenoble완전한관절만곡증 Amyoplasia 또는 원위 관절만곡증의 진단 | National Reference Center의 AMC Clinic에서 5일 다학제 평가 | Grenoble Alpes 병원의 Physical Medecin, Medical Genetic and Imaging 부서와 함께프랑스