Перинатальная прецизионная медицина (NSIGHT2)

В исследовании смогут принять участие остробольные младенцы с невыявленным заболеванием и члены их семей. Исследователи зарегистрируют до 1000 младенцев. На местном уровне исследуемая популяция будет набираться из стационарного населения Детской больницы Ради (RCH), в первую очередь из отделения интенсивной терапии новорожденных (NICU), педиатрического отделения интенсивной терапии (PICU) и отделения интенсивной терапии сердечно-сосудистых заболеваний (CVICU), с меньшей популяцией, представляющей в другие стационарные службы больницы. Набор будет осуществляться в главном кампусе RCH, но он может включать в себя направления из вспомогательных мест в сети RCH (в частности, из сети отделений интенсивной терапии RCH в округе Сан-Диего). Все пациенты будут продолжать получать обычную медицинскую помощь в соответствии с клиническими показаниями, включая государственный скрининг новорожденных и другие генетические тесты, определенные их лечащими врачами. Половина затронутых участников исследования будет рандомизирована для проведения быстрого секвенирования всего генома (WGS), а другая половина — для быстрого секвенирования всего экзома (WES). Каждая рука первоначально будет проанализирована только с использованием образца пациента (пробанда). Если анализ только пробанда не позволяет поставить диагноз, геномные данные биологических членов семьи (как правило, родителей), когда они доступны, будут использоваться для дополнения анализа (трио-анализ). Иногда для семейного анализа может быть доступен второй больной брат или сестра. Нередко отец недоступен для учебы. Точно так же исследователи предвидят необходимость проведения целевого генетического анализа биологических родителей и, возможно, других членов семьи, чтобы подтвердить результаты диагностики и/или предоставить дополнительную информацию о наследовании.

Исследователи ожидают, что в редких случаях новорожденный может быть настолько болен, что команде не хватает равновесия, чтобы ребенок мог ждать предполагаемого десятидневного времени выполнения нашего тестирования экзома. В этих редких случаях PI или его представитель будут решать, подходит ли ребенок для рандомизации. Эти дети останутся в исследовательском исследовании на протяжении всего исследования, но получат внутрикорпоративное сверхбыстрое секвенирование всего генома в лаборатории Детского института геномной медицины Рэди (RCIGM, также называемое RadyPGSMI) вместо быстрого геномного или быстрый экзом (ожидается, что оба будут 10-дневными оборотами).

Заявка на включение будет подана в течение первых 96 часов после поступления в ЦРБ или отделение интенсивной терапии сети ЦРБ или в течение 96 часов после соответствия критериям участия в исследовании, если младенец ранее не соответствовал критериям. У пациентов и членов их семей, согласившихся на участие, будет взят забор крови, и они будут рандомизированы для получения либо быстрого WGS, либо быстрого WES. Первоначальный анализ, основанный на симптомах, будет проводиться только на образце пациента (одноэлементный анализ). Если диагноз не будет установлен быстро (в течение 24 часов) с помощью одноэлементного анализа, семья (или любая комбинация родителей и/или других членов семьи) будет проанализирована с использованием той же технологии, для которой пациент был рандомизирован. Патогенные и вероятно патогенные варианты (согласно рекомендациям Американского колледжа медицинской генетики (ACMG)), которые частично или полностью связаны с текущим фенотипом пациента, будут клинически подтверждены и зарегистрированы в истории болезни пациента. Хотя цель исследования состоит в том, чтобы вернуть результаты, обусловленные симптомами, в медицинскую карту, клинический отчет для подтверждения результатов, обусловленных симптомами, может включать отрицательные результаты тестирования. В случае, если наш анализ случайно обнаружит патогенный вариант, для которого существует лечение или вмешательство для снижения заболеваемости и/или смертности, семьи могут отказаться от получения этой дополнительной информации.