围产精准医学 (NSIGHT2)
Prenatal Precision Medicine (NSIGHT2):一项随机、盲法、前瞻性研究,研究婴儿快速基因组测序在急诊环境中的临床应用
研究概览
详细说明
患有未确诊疾病的急性婴儿住院患者及其家人将有资格参加该研究。 研究人员将招募多达 1,000 名婴儿。 在当地,研究人群将从 Rady 儿童医院 (RCH) 住院患者中招募,主要是新生儿重症监护病房 (NICU)、儿科重症监护病房 (PICU) 和心血管重症监护病房 (CVICU),呈现的人群较少到其他医院的住院服务。 招聘将针对 RCH 主校区,但可能包括来自 RCH 网络卫星位置的推荐(特别是整个圣地亚哥县的 RCH NICU 网络)。 所有患者将继续接受临床指示的常规护理,包括由其治疗提供者确定的州新生儿筛查和其他基因检测。 一半受影响的研究参与者将随机接受快速全基因组测序 (WGS),另一半将接受快速全外显子组测序 (WES)。 每只手臂最初将仅使用患者(先证者)的样本进行分析。 如果仅先证者分析未能得出诊断,来自生物学家庭成员(通常是父母)的基因组数据(如果可用)将用于补充分析(三重分析)。 有时,第二个受影响的兄弟姐妹可能会用于家庭分析。 父亲经常无法学习。 同样,研究人员预计需要对亲生父母以及可能的其他家庭成员进行有针对性的基因分析,以确认诊断结果和/或提供有关遗传的其他信息。
研究人员预计,在极少数情况下,新生儿可能病得很重,以至于团队缺乏平衡,孩子可以等待我们发出的外显子组检测的估计周转时间为 10 天。 在这些极少数情况下,PI 或其代表将决定孩子是否不符合随机化的条件。 这些孩子将在整个研究过程中继续参与研究,但将接受 Rady 儿童基因组医学研究所(RCIGM,也称为 RadyPGSMI)实验室的内部超快速全基因组测序,以代替快速基因组或快速外显子组(预计都需要 10 天的周转时间)。
将在入住 RCH 或 RCH 网络 ICU 后的前 96 小时内或如果婴儿之前不符合研究标准,则在满足研究标准后的 96 小时内寻求登记。 同意参与的患者及其家属将被抽血,并随机接受快速 WGS 或快速 WES。 最初的症状驱动分析将仅对患者样本进行(单例分析)。 如果通过单例分析未及时(24 小时内)发现诊断,则将使用与患者随机接受的相同技术对家庭(或父母和/或其他家庭成员的任何组合)进行分析。 部分或全部与患者当前表型相关的致病性和可能致病性变异(根据美国医学遗传学学会 (ACMG) 指南确定)将在临床上得到证实并报告到患者的病历中。 尽管研究的目的是将症状驱动的结果返回到医疗记录中,但用于确认症状驱动发现的临床报告可能包括检测的阴性结果。 如果我们的分析偶然发现致病性变异,并且存在可改善发病率和/或死亡率的治疗或干预措施,家庭可能会选择不接收此额外信息。
研究类型
注册 (实际的)
阶段
- 不适用
联系人和位置
学习地点
-
-
California
-
San Diego、California、美国、92123
- Rady Children's Institute for Genomic Medicine (RCIGM)
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-
参与标准
资格标准
适合学习的年龄
接受健康志愿者
描述
纳入标准:
符合下列条件之一的个人:
- 小于 4 个月且入院后 96 小时内的急病住院患者。
- 小于 4 个月大且在 96 小时内对潜在病症的标准治疗产生异常反应的急病住院患者。
- 小于 4 个月大且在出现提示遗传病的临床特征或实验室测试值后 96 小时内的急病住院患者。
- 参加本研究的婴儿的生物学亲属。
排除标准:
大于 4 个月大的住院患者,或不符合任何纳入标准的患者,或具有:
- 对治疗反应正常的新生儿感染或败血症
- 孤立性早产
- 孤立性非结合高胆红素血症
- 具有明确诱发事件的缺氧缺血性脑病
- 先前确认的基因诊断可以解释他们的临床状况(即基因检测呈阳性)
- 孤立的短暂性新生儿呼吸急促
- 法定监护人或法院指定的代表在符合入学资格后 96 小时内无法获得许可。
- 无法存活的新生儿 - 出生后 28 天以内且代码状态已修改的新生儿(仅可纳入完整代码患者)。
学习计划
研究是如何设计的?
设计细节
- 主要用途:诊断
- 分配:随机化
- 介入模型:并行分配
- 屏蔽:单身的
武器和干预
参与者组/臂 |
干预/治疗 |
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其他:全基因组测序
查看基因组所有编码和非编码区域的基因测试
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患者及其家属将被随机分配接受全基因组测序或全外显子组测序。
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其他:全外显子组测序
查看基因组所有编码区域的基因测试
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患者及其家属将被随机分配接受全基因组测序或全外显子组测序。
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研究衡量的是什么?
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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受试者的主要提供者对基因组测序的临床效用的看法
大体时间:结果返回后一周内
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基于患者提供者完成的“临床医生评估”调查问卷感知的测序效用/益处。
问题:该测试在临床上有用吗?
反应是在 5 点李克特量表上测量的(非常有用=5,有用=4,中性=3,不太有用=2,根本没用=1。
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结果返回后一周内
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测试结果导致患者管理发生变化
大体时间:返回结果后 1 周内
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测试结果导致临床管理发生变化(选择所有适用项):
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返回结果后 1 周内
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测试导致管理方式发生变化,从而改变了患者的治疗结果
大体时间:1年
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主治医师对结果变化的看法
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1年
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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全基因组测序 (WGS) 和全外显子组测序 (WES) 的诊断比例
大体时间:在注册后大约 30 天内
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WGS 和 WES 是两种临床诊断测试方式。
检测结果存入电子病历。
结果要么提供了解释患者病情的分子诊断,要么没有。
诊断比例是通过测试方式接受分子诊断的患者人数除以通过该方式测试的患者总数。
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在注册后大约 30 天内
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收到样品后 7 天内出结果
大体时间:收到样品后 7 天内
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结果的时间。
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收到样品后 7 天内
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父母认为测试的有用性
大体时间:结果返回后一周内和入学后大约一年
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家长认为测试有用的看法
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结果返回后一周内和入学后大约一年
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父母对其婴儿的测试益处的看法
大体时间:结果返回后一周内和入学后大约一年
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家长认为测试对他们的婴儿有益的看法
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结果返回后一周内和入学后大约一年
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父母对测序的决定后悔
大体时间:结果返回后一周内和入学后大约一年
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Brehaut 的决策后悔量表证明了基因诊断中的危害标记。
缩放 0-100。
较高的分数表示较高的遗憾。
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结果返回后一周内和入学后大约一年
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合作者和调查者
合作者
调查人员
- 首席研究员:Stephen F Kingsmore, MD, DSc、Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
出版物和有用的链接
一般刊物
- Milko LV, Chen F, Chan K, Brower AM, Agrawal PB, Beggs AH, Berg JS, Brenner SE, Holm IA, Koenig BA, Parad RB, Powell CM, Kingsmore SF. FDA oversight of NSIGHT genomic research: the need for an integrated systems approach to regulation. NPJ Genom Med. 2019 Dec 10;4:32. doi: 10.1038/s41525-019-0105-8. eCollection 2019.
- Dimmock DP, Clark MM, Gaughran M, Cakici JA, Caylor SA, Clarke C, Feddock M, Chowdhury S, Salz L, Cheung C, Bird LM, Hobbs C, Wigby K, Farnaes L, Bloss CS, Kingsmore SF; RCIGM Investigators. An RCT of Rapid Genomic Sequencing among Seriously Ill Infants Results in High Clinical Utility, Changes in Management, and Low Perceived Harm. Am J Hum Genet. 2020 Nov 5;107(5):942-952. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.10.003.
- Cakici JA, Dimmock DP, Caylor SA, Gaughran M, Clarke C, Triplett C, Clark MM, Kingsmore SF, Bloss CS. A Prospective Study of Parental Perceptions of Rapid Whole-Genome and -Exome Sequencing among Seriously Ill Infants. Am J Hum Genet. 2020 Nov 5;107(5):953-962. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.10.004.
- Kingsmore SF, Cakici JA, Clark MM, Gaughran M, Feddock M, Batalov S, Bainbridge MN, Carroll J, Caylor SA, Clarke C, Ding Y, Ellsworth K, Farnaes L, Hildreth A, Hobbs C, James K, Kint CI, Lenberg J, Nahas S, Prince L, Reyes I, Salz L, Sanford E, Schols P, Sweeney N, Tokita M, Veeraraghavan N, Watkins K, Wigby K, Wong T, Chowdhury S, Wright MS, Dimmock D; RCIGM Investigators. A Randomized, Controlled Trial of the Analytic and Diagnostic Performance of Singleton and Trio, Rapid Genome and Exome Sequencing in Ill Infants. Am J Hum Genet. 2019 Oct 3;105(4):719-733. doi: 10.1016/j.ajhg.2019.08.009. Epub 2019 Sep 26.
- Laurenzano SE, McFall C, Nguyen L, Savla D, Coufal NG, Wright MS, Tokita M, Dimmock D, Kingsmore SF, Newfield RS. Neonatal diabetes mellitus due to a novel variant in the INS gene. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2019 Aug 1;5(4):a004085. doi: 10.1101/mcs.a004085. Print 2019 Aug.
- Kingsmore SF, Cole FS. The Role of Genome Sequencing in Neonatal Intensive Care Units. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2022 Aug 31;23:427-448. doi: 10.1146/annurev-genom-120921-103442. Epub 2022 Jun 8.
- Kingsmore SF, Nofsinger R, Ellsworth K. Rapid genomic sequencing for genetic disease diagnosis and therapy in intensive care units: a review. NPJ Genom Med. 2024 Feb 27;9(1):17. doi: 10.1038/s41525-024-00404-0.
- Chan K, Hu Z, Bush LW, Cope H, Holm IA, Kingsmore SF, Wilhelm K, Scharfe C, Brower A. NBSTRN Tools to Advance Newborn Screening Research and Support Newborn Screening Stakeholders. Int J Neonatal Screen. 2023 Oct 30;9(4):63. doi: 10.3390/ijns9040063.
- Owen MJ, Lefebvre S, Hansen C, Kunard CM, Dimmock DP, Smith LD, Scharer G, Mardach R, Willis MJ, Feigenbaum A, Niemi AK, Ding Y, Van Der Kraan L, Ellsworth K, Guidugli L, Lajoie BR, McPhail TK, Mehtalia SS, Chau KK, Kwon YH, Zhu Z, Batalov S, Chowdhury S, Rego S, Perry J, Speziale M, Nespeca M, Wright MS, Reese MG, De La Vega FM, Azure J, Frise E, Rigby CS, White S, Hobbs CA, Gilmer S, Knight G, Oriol A, Lenberg J, Nahas SA, Perofsky K, Kim K, Carroll J, Coufal NG, Sanford E, Wigby K, Weir J, Thomson VS, Fraser L, Lazare SS, Shin YH, Grunenwald H, Lee R, Jones D, Tran D, Gross A, Daigle P, Case A, Lue M, Richardson JA, Reynders J, Defay T, Hall KP, Veeraraghavan N, Kingsmore SF. An automated 13.5 hour system for scalable diagnosis and acute management guidance for genetic diseases. Nat Commun. 2022 Jul 26;13(1):4057. doi: 10.1038/s41467-022-31446-6.
- Cakici JA, Dimmock D, Caylor S, Gaughran M, Clarke C, Triplett C, Clark MM, Kingsmore SF, Bloss CS. Assessing Diversity in Newborn Genomic Sequencing Research Recruitment: Race/Ethnicity and Primary Spoken Language Variation in Eligibility, Enrollment, and Reasons for Declining. Clin Ther. 2023 Aug;45(8):736-744. doi: 10.1016/j.clinthera.2023.06.014. Epub 2023 Jul 8.
- Owen MJ, Batalov S, Ellsworth KA, Wright M, Breeding S, Hugh K, Kingsmore SF, Ding Y. Rapid Whole Genome Sequencing for Diagnosis of Single Locus Genetic Diseases in Critically Ill Children. Methods Mol Biol. 2023;2621:217-239. doi: 10.1007/978-1-0716-2950-5_12.
研究记录日期
研究主要日期
学习开始 (实际的)
初级完成 (实际的)
研究完成 (估计的)
研究注册日期
首次提交
首先提交符合 QC 标准的
首次发布 (实际的)
研究记录更新
最后更新发布 (估计的)
上次提交的符合 QC 标准的更新
最后验证
更多信息
与本研究相关的术语
其他相关的 MeSH 术语
其他研究编号
- 161983
- U19HD077693 (美国 NIH 拨款/合同)
计划个人参与者数据 (IPD)
计划共享个人参与者数据 (IPD)?
IPD 计划说明
IPD 共享时间框架
IPD 共享访问标准
IPD 共享支持信息类型
- 研究方案
- 树液
- 国际碳纤维联合会
研究数据/文件
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个人参与者数据集
信息标识符:37114
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摘要水平表型数据
信息标识符:37114
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受试者样本遥测报告 (SSTR),包括受试者和样本 ID、同意书、汇总计数、处理状态以及分子和序列样本用途
信息标识符:37114
药物和器械信息、研究文件
研究美国 FDA 监管的药品
研究美国 FDA 监管的设备产品
在美国制造并从美国出口的产品
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