Medicina di precisione perinatale (NSIGHT2)

Saranno ammessi a partecipare allo studio i neonati ricoverati con malattie acute che hanno una malattia non diagnosticata e le loro famiglie. Gli investigatori registreranno fino a 1.000 neonati. A livello locale, la popolazione dello studio sarà reclutata dalla popolazione ospedaliera del Rady Children's Hospital (RCH), principalmente l'unità di terapia intensiva neonatale (NICU), l'unità di terapia intensiva pediatrica (PICU) e l'unità di terapia intensiva cardiovascolare (CVICU), con una popolazione più piccola che presenta ad altri servizi di ricovero ospedaliero. Il reclutamento sarà mirato al campus principale di RCH, ma potrebbe includere rinvii da località satellite nella rete RCH (in particolare la rete RCH NICU in tutta la contea di San Diego). Tutti i pazienti continueranno a ricevere cure di routine come clinicamente indicato, incluso lo screening neonatale statale e altri test genetici come determinato dai loro fornitori di cure. La metà dei partecipanti allo studio interessati sarà randomizzata per ricevere il sequenziamento rapido dell'intero genoma (WGS) e l'altra metà riceverà il sequenziamento rapido dell'intero esoma (WES). Ogni braccio verrà inizialmente analizzato utilizzando solo il campione del paziente (probando). Se un'analisi del solo probando non riesce a fornire una diagnosi, i dati genomici dei membri biologici della famiglia (tipicamente i genitori), quando disponibili, verranno utilizzati per integrare l'analisi (analisi del trio). Occasionalmente, un secondo fratello affetto può essere disponibile per l'analisi familiare. Non di rado, il padre non è disponibile per lo studio. Allo stesso modo, gli investigatori anticipano la necessità di un'analisi genetica mirata dei genitori biologici, e possibilmente di altri membri della famiglia, per confermare i risultati diagnostici e/o fornire ulteriori informazioni sull'ereditarietà.

Gli investigatori prevedono che in rari casi un neonato possa essere così malato che il team manca di equilibrio che il bambino possa attendere il tempo di consegna stimato di dieci giorni del nostro test dell'esoma di invio. In questi rari casi, il PI, o un suo delegato, deciderà se il bambino non è idoneo per la randomizzazione. Questi bambini rimarranno nello studio di ricerca per l'intero studio, ma riceveranno internamente un sequenziamento ultrarapido dell'intero genoma dal laboratorio del Rady Children's Institute for Genomic Medicine (RCIGM, chiamato anche RadyPGSMI) al posto di un genoma rapido o rapido esoma (entrambi previsti per 10 giorni di turn-around).

L'arruolamento verrà richiesto entro le prime 96 ore successive al ricovero in RCH o in un'unità di terapia intensiva della rete RCH o entro 96 ore dal raggiungimento dei criteri per lo studio se il bambino non era precedentemente idoneo. Ai pazienti e ai loro familiari che acconsentono a partecipare verrà prelevato il sangue e saranno randomizzati per ricevere WGS rapido o WES rapido. L'analisi iniziale basata sui sintomi sarà condotta solo sul campione del paziente (analisi singleton). Se una diagnosi non viene trovata tempestivamente (entro 24 ore) tramite un'analisi singleton, la famiglia (o qualsiasi combinazione di genitori e/o altri membri della famiglia) verrà analizzata utilizzando la stessa tecnologia che il paziente è stato randomizzato a ricevere. Le varianti patogene e probabilmente patogene (come determinato dalle linee guida dell'American College of Medical Genetics (ACMG)) che si riferiscono in parte o interamente al fenotipo attuale del paziente saranno confermate clinicamente e riportate nella cartella clinica del paziente. Sebbene l'intenzione dello studio sia quella di restituire i risultati guidati dai sintomi alla cartella clinica, il referto clinico per la conferma dei risultati guidati dai sintomi può includere risultati negativi dei test. Nel caso in cui la nostra analisi trovi incidentalmente una variante patogena per la quale esiste un trattamento o un intervento per migliorare la morbilità e/o la mortalità, le famiglie possono scegliere di non ricevere queste informazioni aggiuntive.