Perinatal presisjonsmedisin (NSIGHT2)

Akutt syke spedbarnspasienter som har en udiagnostisert sykdom, og deres familier, vil være kvalifisert til å delta i studien. Etterforskerne vil registrere opptil 1000 spedbarn. Lokalt vil studiepopulasjonen rekrutteres fra Rady Children's Hospital (RCH) stasjonær populasjon, primært neonatal intensivavdeling (NICU), pediatrisk intensivavdeling (PICU) og kardiovaskulær intensivavdeling (CVICU), med en mindre populasjon som presenterer til andre sykehustjenester. Rekruttering vil være målrettet mot RCH hovedcampus, men det kan inkludere henvisninger fra satellittsteder i RCH-nettverket (spesielt RCH NICU-nettverket i hele San Diego County). Alle pasienter vil fortsette å motta rutinemessig behandling som klinisk indisert, inkludert statens nyfødtscreening og annen genetisk testing som bestemt av deres behandlende leverandør. Halvparten av de berørte studiedeltakerne vil bli randomisert til å motta rask helgenomsekvensering (WGS) og den andre halvparten vil motta rask heleksomsekvensering (WES). Hver arm vil først bli analysert med kun pasientens (probands) prøve. Hvis en analyse med kun proband ikke gir en diagnose, vil genomiske data fra de biologiske familiemedlemmene (typisk foreldre), når de er tilgjengelige, bli brukt som supplement til analyse (trioanalyse). Noen ganger kan et annet berørt søsken være tilgjengelig for familieanalyse. Ikke sjelden er far ikke tilgjengelig for studier. Tilsvarende forventer etterforskerne behovet for målrettet genetisk analyse av biologiske foreldre, og muligens andre familiemedlemmer, for å bekrefte diagnostiske resultater og/eller gi tilleggsinformasjon angående arv.

Etterforskerne forventer at en nyfødt i sjeldne tilfeller kan være så syk at teamet mangler likevekt at barnet kan vente på den estimerte ti-dagers behandlingstiden for vår utsendte eksomtesting. I disse sjeldne tilfellene vil PI, eller hans delegat, avgjøre om barnet ikke er kvalifisert for randomisering. Disse barna vil forbli i forskningsstudien gjennom hele studien, men vil motta intern ultrarask helgenomsekvensering av Rady Children's Institute for Genomic Medicine (RCIGM, også kalt RadyPGSMI) i stedet for enten et raskt genom eller rask exome (begge antatt å være 10 dagers omstilling).

Påmelding vil bli søkt innen de første 96 timene etter opptak til RCH eller en RCH-nettverk ICU eller innen 96 timer etter oppfyllelse av kriteriene for studien hvis spedbarnet ikke tidligere var kvalifisert. Pasienter og deres familiemedlemmer som samtykker til å delta vil få blodtappet og vil bli randomisert til å motta enten rask WGS eller rask WES. Den første symptomdrevne analysen vil kun bli utført på pasientens prøve (singleton-analyse). Hvis en diagnose ikke blir funnet umiddelbart (innen 24 timer) via en singleton-analyse, vil familien (eller en hvilken som helst kombinasjon av foreldre og/eller andre familiemedlemmer) bli analysert ved hjelp av samme teknologi som pasienten ble randomisert til å motta. Patogene og sannsynlige patogene varianter (som bestemt av American College of Medical Genetics (ACMG) retningslinjer) som er helt eller delvis relatert til pasientens gjeldende fenotype vil bli klinisk bekreftet og rapportert inn i pasientens journal. Selv om intensjonen med studien er å returnere symptomdrevne resultater til journalen, kan den kliniske rapporten for bekreftelse av symptomdrevne funn inkludere negative funn av testing. I tilfelle analysen vår tilfeldigvis finner en patogen variant som det finnes en behandling eller intervensjon for for å forbedre sykelighet og/eller dødelighet, kan familier velge å ikke motta denne tilleggsinformasjonen.