Molekulární charakterizace nádorů souvisejících s virem, nádorů vyskytujících se na pozadí HIV nebo jiných poruch imunity a Castlemanovy choroby

Pozadí:

• Dostupnost vysoce kvalitních, klinicky anotovaných vzorků pacientů je klíčová pro studium biologických faktorů, které ovlivňují přirozenou historii virově souvisejících malignit, malignit vyskytujících se na pozadí HIV a Castlemanovy choroby.
• Komplexní genomová sekvence virově asociovaných malignit, malignit vyskytujících se na pozadí HIV, nádorů, u nichž se předpokládá, že jsou způsobeny endogenními retroviry, a Castlemanovy choroby mohou identifikovat diagnostické nebo prognostické příznaky onemocnění a opakující se změny řidiče, které interagují s virovými faktory a mohou identifikovat cíle pro nové terapie
• Srovnání transkriptomů a genomů mezi rakovinami nebo Castlemanovou chorobou u HIV+ a HIV- jedinců by mohlo identifikovat nové nehumánní sekvence, které by mohly potenciálně naznačovat přítomnost transkriptů z dosud neobjevených onkogenních virových agens

Objektivní:

-Primárním cílem tohoto protokolu je podporovat molekulární vyšetřování virově asociovaných malignit, malignit vyskytujících se na pozadí HIV nebo jiných imunodeficiencí a Castlemanovy choroby, a to získáváním vysoce kvalitní, klinicky anotované tkáně od těchto pacientů i pacientů s nádory které mohou sloužit jako vhodné kontroly.

Způsobilost:

• Věk >18 let
• HIV nebo jiná získaná imunodeficience a rakovina popř
• Rakovina spojená s virem popř
• HIV-negativní s rakovinou, která se běžně vyskytuje u lidí s HIV resp
• Malignita spojená s Kaposiho sarkomem herpes virus (KSHV) nebo související onemocnění, jako je multicentrická Castlemanova choroba nebo
• Idiopatická Castlemanova nemoc popř
• Nádory, u kterých se předpokládá, že jsou způsobeny endogenními retroviry

Design:

• Vzorky budou zpracovány pomocí protokolů sběru a zpracování specifických pro daný projekt.
• Sběr nenádorových vzorků bude obecně prováděn za účelem získání zárodečného genetického materiálu. Výsledky mezi nádorovou a normální DNA budou analyzovány k identifikaci somatických změn přítomných v rakovinných tkáních.
• Změny, které mají být vyhodnoceny, mohou zahrnovat: detekci chromozomálních změn, jako je, aniž by byl výčet omezující, amplifikace, delece, ztráta heterozygotnosti, translokace atd.; stejně jako profilování exprese a detekce transkriptů vyplývajících z translokací a mutací, včetně jednonukleotidových variant, inzercí, delecí atd.
• Lze provádět různé formy projektových specifických analýz, včetně hodnocení polymorfismů, mutací, genové exprese, oběhových a tkáňových biomarkerů, sekvenování celého exomu a klinicko-patologické korelace na základě statistických a bioinformatických plánů specifických pro daný projekt.
• Změny mohou být také analyzovány v kontextu biologie biologických cest a systémů hodnocených v daném projektu.