Caractérisation moléculaire des tumeurs associées aux virus, des tumeurs survenant dans le contexte du VIH ou d'autres troubles immunitaires et de la maladie de Castleman

Fond:

• La disponibilité d'échantillons de patients de haute qualité et cliniquement annotés est cruciale pour l'étude des facteurs biologiques qui influencent l'histoire naturelle des malignités virales, des malignités survenant dans le contexte du VIH et de la maladie de Castleman
• Une séquence génomique complète des tumeurs malignes associées aux virus, des tumeurs malignes survenant dans le contexte du VIH, des tumeurs supposées être causées par des rétrovirus endogènes et de la maladie de Castleman peut identifier les signatures diagnostiques ou pronostiques de la maladie, et les altérations récurrentes du conducteur qui interagissent avec les facteurs viraux, et peuvent identifier cibles pour de nouvelles thérapies
• La comparaison des transcriptomes et des génomes entre les cancers ou la maladie de Castleman d'individus séropositifs et séropositifs pourrait identifier de nouvelles séquences non humaines qui pourraient potentiellement suggérer la présence de transcrits d'agents viraux oncogènes jusqu'ici non découverts

Objectif:

-L'objectif principal de ce protocole est de soutenir l'investigation moléculaire des tumeurs malignes associées au virus, des tumeurs malignes survenant dans le cadre du VIH ou d'autres immunodéficiences, et de la maladie de Castleman, par l'accumulation de tissus annotés cliniquement de haute qualité provenant de ces patients ainsi que des patients atteints de tumeurs qui peuvent servir de contrôles appropriés.

Admissibilité:

• Âge >18 ans
• VIH ou autre immunodéficience acquise et cancer ou
• Cancer d'origine virale ou
• VIH-négatif avec cancer qui survient fréquemment chez les personnes vivant avec le VIH ou
• Maladies malignes associées au virus de l'herpès du sarcome de Kaposi (KSHV) ou maladies apparentées, telles que la maladie de Castleman multicentrique ou
• Maladie de Castleman idiopathique ou
• Tumeurs supposées être causées par des rétrovirus endogènes

Concevoir:

• Les échantillons seront traités à l'aide de protocoles de collecte et de traitement spécifiques au projet.
• La collecte d'échantillons non tumoraux sera généralement effectuée pour obtenir du matériel génétique de lignée germinale. Les résultats entre la tumeur et l'ADN normal seront analysés pour identifier les changements somatiques présents dans les tissus cancéreux.
• Les altérations à évaluer peuvent comprendre : la détection de modifications chromosomiques telles que, mais sans s'y limiter, l'amplification, les délétions, la perte d'hétérozygotie, les translocations, etc. ; ainsi que le profilage de l'expression et la détection des transcrits résultant de translocations et de mutations, y compris les variants mononucléotidiques, les insertions, les délétions, etc.
• Plusieurs formes d'analyses spécifiques au projet peuvent être effectuées, y compris l'évaluation des polymorphismes, des mutations, de l'expression génique, des biomarqueurs circulatoires et tissulaires, du séquençage de l'exome entier et de la corrélation pathologique clinique basée sur des plans statistiques et bioinformatiques spécifiques au projet.
• Les altérations peuvent également être analysées dans le contexte des voies biologiques et de la biologie des systèmes en cours d'évaluation dans un projet donné.