Caracterización molecular de tumores asociados con virus, tumores que ocurren en el entorno del VIH u otros trastornos inmunitarios y enfermedad de Castleman

Fondo:

• La disponibilidad de muestras de pacientes clínicamente anotadas de alta calidad es crucial para el estudio de los factores biológicos que influyen en la evolución natural de las neoplasias malignas relacionadas con virus, las neoplasias malignas que ocurren en el entorno del VIH y la enfermedad de Castleman.
• La secuencia genómica completa de las neoplasias malignas asociadas a virus, las neoplasias malignas que ocurren en el entorno del VIH, los tumores hipotéticamente causados ​​por retrovirus endógenos y la enfermedad de Castleman pueden identificar las firmas diagnósticas o pronósticas de la enfermedad y las alteraciones impulsoras recurrentes que interactúan con los factores virales y pueden identificar dianas para nuevas terapias
• La comparación de transcriptomas y genomas entre cánceres o la enfermedad de Castleman de personas con VIH+ y VIH- podría identificar nuevas secuencias no humanas que podrían sugerir la presencia de transcripciones de agentes virales oncogénicos hasta ahora desconocidos.

Objetivo:

-El objetivo principal de este protocolo es apoyar la investigación molecular de las neoplasias malignas asociadas a virus, las neoplasias malignas que ocurren en el contexto del VIH u otras inmunodeficiencias y la enfermedad de Castleman, mediante la acumulación de tejido clínicamente anotado de alta calidad de dichos pacientes, así como de pacientes con tumores. que pueden servir como controles apropiados.

Elegibilidad:

• Edad >18 años
• VIH u otra inmunodeficiencia adquirida y cáncer o
• Cáncer asociado a virus o
• VIH negativo con cáncer que ocurre comúnmente en personas con VIH o
• Neoplasia maligna asociada al virus del herpes del sarcoma de Kaposi (KSHV) o enfermedades relacionadas, como la enfermedad multicéntrica de Castleman o
• Enfermedad de Castleman idiopática o
• Tumores que se supone que son causados ​​por retrovirus endógenos

Diseño:

• Las muestras se procesarán utilizando protocolos de recolección y procesamiento específicos del proyecto.
• La recolección de muestras no tumorales generalmente se realizará para obtener material genético de línea germinal. Los resultados entre el ADN tumoral y normal se analizarán para identificar los cambios somáticos presentes en los tejidos cancerosos.
• Las alteraciones a evaluar pueden incluir: detección de cambios cromosómicos, tales como, pero sin limitarse a, amplificación, deleciones, pérdida de heterocigosidad, translocaciones, etc.; así como perfiles de expresión y detección de transcritos resultantes de translocaciones y mutaciones, incluidas variantes de un solo nucleótido, inserciones, deleciones, etc.
• Se pueden realizar múltiples formas de análisis específicos del proyecto, incluida la evaluación de polimorfismos, mutaciones, expresión génica, biomarcadores circulatorios y basados ​​en tejidos, secuenciación del exoma completo y correlación clínica patológica basada en planes bioinformáticos y estadísticos específicos del proyecto.
• Las alteraciones también pueden analizarse dentro del contexto de las vías biológicas y la biología de sistemas que se evalúan en un proyecto determinado.