Молекулярная характеристика вирус-ассоциированных опухолей, опухолей, возникающих на фоне ВИЧ или других иммунных нарушений, и болезни Кастлемана

Задний план:

• Доступность высококачественных клинически аннотированных образцов пациентов имеет решающее значение для изучения биологических факторов, влияющих на естественное течение вирусных злокачественных новообразований, злокачественных новообразований, возникающих на фоне ВИЧ, и болезни Кастлемана.
• Полная геномная последовательность вирус-ассоциированных злокачественных новообразований, злокачественных новообразований, возникающих на фоне ВИЧ, опухолей, предположительно вызванных эндогенными ретровирусами, и болезни Кастлемана может идентифицировать диагностические или прогностические признаки заболевания, а также повторяющиеся драйверные изменения, которые взаимодействуют с вирусными факторами, и могут идентифицировать мишени для новых методов лечения
• Сравнение транскриптомов и геномов рака или болезни Кастлемана у ВИЧ-положительных и ВИЧ-инфицированных может выявить новые нечеловеческие последовательности, которые потенциально могут свидетельствовать о наличии транскриптов от до сих пор не обнаруженных онкогенных вирусных агентов.

Задача:

- Основной целью этого протокола является поддержка молекулярного исследования злокачественных новообразований, связанных с вирусом, злокачественных новообразований, возникающих на фоне ВИЧ или других иммунодефицитов, а также болезни Кастлемана путем сбора высококачественной клинически аннотированной ткани от таких пациентов, а также пациентов с опухолями. которые могут служить соответствующими средствами контроля.

Право на участие:

• Возраст >18 лет
• ВИЧ или другой приобретенный иммунодефицит и рак или
• Вирус-ассоциированный рак или
• ВИЧ-отрицательный с раком, который обычно возникает у людей с ВИЧ или
• Злокачественное новообразование, связанное с вирусом герпеса саркомы Капоши (KSHV), или родственные заболевания, такие как мультицентрическая болезнь Кастлемана или
• Идиопатическая болезнь Кастлемана или
• Опухоли, предположительно вызванные эндогенными ретровирусами

Дизайн:

• Образцы будут обрабатываться с использованием конкретных протоколов сбора и обработки проекта.
• Сбор неопухолевых образцов обычно проводится для получения генетического материала зародышевой линии. Результаты между опухолевой и нормальной ДНК будут проанализированы для выявления соматических изменений, присутствующих в раковых тканях.
• Оцениваемые изменения могут включать: обнаружение хромосомных изменений, таких как, но не ограничиваясь ими, амплификация, делеции, потеря гетерозиготности, транслокации и т.д.; а также профилирование экспрессии и обнаружение транскриптов, возникающих в результате транслокаций и мутаций, включая однонуклеотидные варианты, вставки, делеции и т. д.
• Могут быть выполнены различные виды анализов, специфичных для проекта, включая оценку полиморфизмов, мутаций, экспрессии генов, циркуляторных и тканевых биомаркеров, секвенирование всего экзома и клиническую патологическую корреляцию на основе конкретных статистических и биоинформатических планов проекта.
• Изменения также можно анализировать в контексте биологических путей и системной биологии, оцениваемых в данном проекте.