Virukseen liittyvien kasvainten, HIV:n tai muiden immuunihäiriöiden ja Castlemanin taudin taustalla esiintyvien kasvainten molekyylikarakterisointi

Tausta:

• Laadukkaiden, kliinisesti selitettyjen potilasnäytteiden saatavuus on ratkaisevan tärkeää sellaisten biologisten tekijöiden tutkimiseksi, jotka vaikuttavat virukseen liittyvien pahanlaatuisten kasvainten, HIV:n taustalla esiintyvien pahanlaatuisten kasvainten ja Castlemanin taudin luonnolliseen historiaan.
• Virukseen liittyvien pahanlaatuisten kasvainten, HIV:n taustalla esiintyvien pahanlaatuisten kasvainten, endogeenisten retrovirusten aiheuttamien kasvainten ja Castlemanin taudin kattava genominen sekvenssi voi tunnistaa diagnostisia tai prognostisia taudin tunnusmerkkejä ja toistuvia ajurin muutoksia, jotka ovat vuorovaikutuksessa virustekijöiden kanssa ja voivat tunnistaa tavoitteet uusille hoitomuodoille
• Transkriptomien ja genomien vertailu HIV+- ja HIV-ihmisten syöpien tai Castlemanin taudin välillä saattaa tunnistaa uusia ei-ihmissekvenssejä, jotka voivat mahdollisesti viitata tähän mennessä löytämättömien onkogeenisten virusagenttien transkripteihin.

Tavoite:

-Tämän protokollan ensisijaisena tavoitteena on tukea virukseen liittyvien pahanlaatuisten kasvainten, HIV:n tai muiden immuunipuutosten taustalla ilmenevien pahanlaatuisten kasvainten ja Castlemanin taudin molekyylitutkimusta keräämällä korkealaatuista kliinisesti merkittyä kudosta tällaisilta potilailta sekä potilailta, joilla on kasvaimia. jotka voivat toimia asianmukaisina kontrollina.

Kelpoisuus:

• Ikä >18 vuotta
• HIV tai muu hankittu immuunipuutos ja syöpä tai
• Virukseen liittyvä syöpä tai
• HIV-negatiivinen syöpään, jota esiintyy yleisesti HIV-potilailla tai
• Kaposin sarkoomaherpesvirukseen (KSHV) liittyvä pahanlaatuinen kasvain tai siihen liittyvät sairaudet, kuten monikeskinen Castlemanin tauti tai
• Idiopaattinen Castlemanin tauti tai
• Kasvaimet, joiden oletetaan olevan endogeenisten retrovirusten aiheuttamia

Design:

• Näytteet käsitellään käyttäen projektikohtaisia ​​keräys- ja käsittelyprotokollia.
• Muiden kuin kasvainnäytteiden kerääminen suoritetaan yleensä itulinjan geneettisen materiaalin saamiseksi. Tulokset kasvaimen ja normaalin DNA:n välillä analysoidaan syöpäkudoksissa olevien somaattisten muutosten tunnistamiseksi.
• Arvioitavat muutokset voivat sisältää: kromosomaalisten muutosten havaitsemisen, kuten, mutta niihin rajoittumatta, amplifikaatio, deleetiot, heterotsygoottisuuden menetys, translokaatiot jne.; sekä translokaatioista ja mutaatioista saatujen transkriptien ilmentymisen profilointi ja havaitseminen, mukaan lukien yksittäiset nukleotidivariantit, insertiot, deleetiot jne.
• Projektikohtaisia ​​analyysejä voidaan suorittaa useita muotoja, mukaan lukien polymorfismien, mutaatioiden, geenin ilmentymisen, verenkierto- ja kudospohjaisten biomarkkerien arvioiminen, koko eksomin sekvensointi ja kliininen patologinen korrelaatio projektikohtaisten tilasto- ja bioinformatiikan suunnitelmien perusteella.
• Muutoksia voidaan analysoida myös tietyssä hankkeessa arvioitavien biologisten reittien ja systeemibiologian yhteydessä.