Molekylær karakterisering av virusassosierte svulster, svulster som oppstår i sammenheng med HIV eller andre immunforstyrrelser og Castlemans sykdom

Bakgrunn:

• Tilgjengeligheten av klinisk kommenterte pasientprøver av høy kvalitet er avgjørende for studiet av biologiske faktorer som påvirker den naturlige historien til virusrelaterte maligniteter, maligniteter som forekommer i sammenheng med HIV og Castleman sykdom
• Omfattende genomisk sekvens av virusassosierte maligniteter, maligniteter som forekommer i sammenheng med HIV, svulster som antas å være forårsaket av endogene retrovirus, og Castleman sykdom kan identifisere diagnostiske eller prognostiske sykdomssignaturer, og tilbakevendende driverendringer som interagerer med virale faktorer, og kan identifisere mål for nye terapier
• Sammenligning av transkriptomer og genomer mellom kreft eller Castleman sykdom fra HIV+ og HIV-individer kan identifisere nye ikke-menneskelige sekvenser som potensielt kan antyde tilstedeværelsen av transkripsjoner fra hittil uoppdagede onkogene virale midler

Objektiv:

- Hovedmålet med denne protokollen er å støtte molekylær undersøkelse av virusassosierte maligniteter, maligniteter som forekommer i sammenheng med HIV eller andre immunsvikt, og Castleman sykdom, ved å samle høykvalitets, klinisk annotert vev fra slike pasienter så vel som pasienter med svulster som kan tjene som passende kontroller.

Kvalifisering:

• Alder >18 år
• HIV eller annen ervervet immunsvikt og kreft eller
• Virusassosiert kreft eller
• HIV-negative med kreft som ofte forekommer hos personer med HIV eller
• Kaposi sarkom herpesvirus (KSHV)-assosiert malignitet eller relaterte sykdommer, som multisentrisk Castleman-sykdom eller
• Idiopatisk Castleman sykdom eller
• Tumorer som antas å være forårsaket av endogene retrovirus

Design:

• Prøver vil bli behandlet ved hjelp av prosjektspesifikke innsamlings- og behandlingsprotokoller.
• Innsamling av ikke-tumorprøver vil generelt bli utført for å oppnå kimlinje genetisk materiale. Resultatene mellom tumor og normalt DNA vil bli analysert for å identifisere de somatiske endringene i kreftvevet.
• Endringer som skal evalueres kan omfatte: påvisning av kromosomale endringer, slik som, men ikke begrenset til, amplifikasjon, delesjoner, tap av heterozygositet, translokasjoner, etc.; så vel som ekspresjonsprofilering og deteksjon av transkripsjoner som følge av translokasjoner og mutasjoner, inkludert enkeltnukleotidvarianter, innsettinger, delesjoner, etc.
• Flere former for prosjektspesifikke analyser kan utføres, inkludert evaluering av polymorfismer, mutasjoner, genuttrykk, sirkulasjons- og vevsbaserte biomarkører, heleksomsekvensering og klinisk patologisk korrelasjon basert på prosjektspesifikke statistiske og bioinformatikkplaner.
• Endringer kan også analyseres i sammenheng med at biologiske veier og systembiologi blir evaluert i et gitt prosjekt.