Moleculaire karakterisering van met virussen geassocieerde tumoren, tumoren die voorkomen in de context van HIV of andere immuunstoornissen en de ziekte van Castleman

Achtergrond:

• De beschikbaarheid van hoogwaardige, klinisch geannoteerde patiëntmonsters is cruciaal voor de studie van biologische factoren die de natuurlijke geschiedenis van virusgerelateerde maligniteiten, maligniteiten die voorkomen in de setting van HIV en de ziekte van Castleman beïnvloeden
• Uitgebreide genomische sequentie van viraal-geassocieerde maligniteiten, maligniteiten die voorkomen in de setting van HIV, tumoren waarvan verondersteld wordt dat ze worden veroorzaakt door endogene retrovirussen, en de ziekte van Castleman kunnen diagnostische of prognostische ziektesignaturen en terugkerende driver-veranderingen identificeren die interageren met virale factoren, en kunnen identificeren doelen voor nieuwe therapieën
• Vergelijking van transcriptomen en genomen tussen kankers of de ziekte van Castleman van HIV+ en HIV-individuen zou nieuwe niet-menselijke sequenties kunnen identificeren die mogelijk de aanwezigheid van transcripten van tot nu toe onontdekte oncogene virale agentia zouden kunnen suggereren

Objectief:

-Het primaire doel van dit protocol is het ondersteunen van moleculair onderzoek van virale geassocieerde maligniteiten, maligniteiten die voorkomen in de setting van HIV of andere immunodeficiënties, en de ziekte van Castleman, door het verzamelen van hoogwaardig, klinisch geannoteerd weefsel van dergelijke patiënten en patiënten met tumoren die kunnen dienen als passende controles.

Geschiktheid:

• Leeftijd >18 jaar
• HIV of andere verworven immunodeficiëntie en kanker of
• Viraal-geassocieerde kanker of
• Hiv-negatief met kanker die vaak voorkomt bij mensen met hiv of
• Kaposi sarcoom herpes virus (KSHV)-geassocieerde maligniteit of verwante ziekten, zoals multicentrische ziekte van Castleman of
• Idiopathische ziekte van Castleman of
• Tumoren waarvan wordt verondersteld dat ze worden veroorzaakt door endogene retrovirussen

Ontwerp:

• Monsters worden verwerkt volgens projectspecifieke verzamel- en verwerkingsprotocollen.
• Het verzamelen van niet-tumorspecimens zal over het algemeen worden uitgevoerd om genetisch materiaal van de kiemlijn te verkrijgen. De resultaten tussen tumor en normaal DNA zullen worden geanalyseerd om de somatische veranderingen in de kankerweefsels te identificeren.
• Wijzigingen die moeten worden geëvalueerd, kunnen zijn: detectie van chromosomale veranderingen, zoals, maar niet beperkt tot, amplificatie, deleties, verlies van heterozygositeit, translocaties, enz.; evenals expressieprofilering en detectie van transcripten die het resultaat zijn van translocaties en mutaties, inclusief enkele nucleotidevarianten, inserties, deleties, enz.
• Er kunnen meerdere vormen van projectspecifieke analyses worden uitgevoerd, waaronder evaluatie van polymorfismen, mutaties, genexpressie, bloedsomloop en op weefsel gebaseerde biomarkers, volledige exome-sequencing en klinische pathologische correlatie op basis van projectspecifieke statistische en bioinformaticaplannen.
• Veranderingen kunnen ook worden geanalyseerd binnen de context van biologische routes en systeembiologie die in een bepaald project worden geëvalueerd.