Molekylär karakterisering av virusassocierade tumörer, tumörer som förekommer i samband med HIV eller andra immunsjukdomar och Castlemans sjukdom

Bakgrund:

• Tillgången på kliniskt kommenterade patientprover av hög kvalitet är avgörande för studiet av biologiska faktorer som påverkar den naturliga historien för virusrelaterade maligniteter, maligniteter som förekommer vid hiv och Castlemans sjukdom
• Omfattande genomisk sekvens av virusassocierade maligniteter, maligniteter som förekommer i samband med HIV, tumörer som antas vara orsakade av endogena retrovirus och Castlemans sjukdom kan identifiera diagnostiska eller prognostiska sjukdomssignaturer, och återkommande förändringar i drivrutinen som interagerar med virala faktorer, och kan identifiera mål för nya terapier
• Jämförelse av transkriptom och genom mellan cancer eller Castlemans sjukdom från HIV+ och HIV-individer kan identifiera nya icke-humana sekvenser som potentiellt skulle kunna antyda närvaron av transkript från hittills oupptäckta onkogena virala agens

Mål:

-Det primära syftet med detta protokoll är att stödja molekylär undersökning av virusassocierade maligniteter, maligniteter som förekommer i samband med HIV eller andra immunbrister, och Castlemans sjukdom, genom att samla in högkvalitativ, kliniskt annoterad vävnad från sådana patienter såväl som patienter med tumörer. som kan fungera som lämpliga kontroller.

Behörighet:

• Ålder >18 år
• HIV eller annan förvärvad immunbrist och cancer eller
• Virusassocierad cancer eller
• HIV-negativ med cancer som ofta förekommer hos personer med HIV eller
• Kaposi sarkom herpesvirus (KSHV)-associerad malignitet eller relaterade sjukdomar, såsom Multicentric Castleman Disease eller
• Idiopatisk Castleman sjukdom eller
• Tumörer som antas vara orsakade av endogena retrovirus

Design:

• Prover kommer att bearbetas med hjälp av projektspecifika insamlings- och bearbetningsprotokoll.
• Insamling av icke-tumörprover kommer i allmänhet att utföras för att erhålla genetiskt material i könslinjen. Resultaten mellan tumör och normalt DNA kommer att analyseras för att identifiera de somatiska förändringarna som finns i cancervävnaderna.
• Förändringar som ska utvärderas kan innefatta: detektion av kromosomförändringar, såsom, men inte begränsat till, amplifiering, deletioner, förlust av heterozygositet, translokationer, etc; samt uttrycksprofilering och detektion av transkript som är ett resultat av translokationer och mutationer, inklusive enstaka nukleotidvarianter, insertioner, deletioner, etc.
• Flera former av projektspecifika analyser kan utföras, inklusive utvärdering av polymorfismer, mutationer, genuttryck, cirkulations- och vävnadsbaserade biomarkörer, hel exomsekvensering och klinisk patologisk korrelation baserat på projektspecifika statistiska och bioinformatiska planer.
• Förändringar kan också analyseras inom ramen för biologiska vägar och systembiologi som utvärderas i ett givet projekt.