Platforma PAH pro hluboké fenotypování u korejských subjektů (PHOENIKS)

Cíle studie Současná studie je multicentrický registr a biobanka založená na jihokorejských populacích za účelem vytvoření databáze pro objasnění molekulárních a genetických modifikátorů PAH. Konečným cílem je využít hluboká fenotypová data pro predikci prognózy a objevování biomarkerů a cílených terapií.

Vzorek studie Současná studie zpočátku vyloučí nejčastější formu PAH v Koreji, PAH související s onemocněním pojivové tkáně (CTD), a zaměří se na diagnostiku a hlubokou fenotypizaci pacientů s idiopatickou PAH (IPAH) a dědičnou PAH (HPAH). Kritéria pro zařazení jsou následující: (1) starší 18 let, (2) průměrný plicní arteriální tlak 25 mmHg nebo vyšší potvrzený pravostrannou srdeční katetrizací (RHC), (3) plicní vaskulární rezistence ≥ 240 dynů∙s∙cm- 5, (4) diastolický tlak levé komory (LVDEP) nebo tlak v zaklínění plicnice (PCWP) ≤ 15 mmHg. Kritéria vyloučení jsou: (1) pacienti s PAH vyvolanou léky, (2) CTD, infekce virem lidské imunodeficience (HIV), portální hypertenze, vrozená srdeční choroba nebo PAH spojená se schistosomiázou, (3) dlouhodobí pacienti reagující na vápník blokátory kanálů, (4) pacienti s PAH se zjevnými rysy postižení žilních kapilár, takže pacienti s IPAH a HPAH jsou ve skupině 1 PH, kterou je třeba vyhodnotit. HPAH bude diagnostikována identifikací pacientů s heterozygotními patogenními variantami předem určených genů, jako jsou BMPR2, ACVRL1, ENG, CAV1, SMAD1, SMAD4, SMAD9, KCNK3 a EIF2AK4. Pacienti bez specifické genetické mutace budou poté zařazeni do kategorie pacientů s IPAH. Budou také analyzována genomická data rodinných příslušníků napříč 3 rodokmeny pacienta s HPAH. Všechna klinická a biologická data budou hlášena do přizpůsobeného webového formuláře pro hlášení případů nazvaného systém iCReaT spravovaný Korejským centrem pro kontrolu nemocí. Všechny odebrané biovzorky budou uloženy v hlavním úložišti Korejského národního institutu zdraví. Přestože se plánuje, že současná analýza bude omezena na pacienty s IPAH a HPAH, náš řídící výbor plánuje rozšíření na všechny typy PAH v následujících studiích. Tato studie byla schválena institucionální etickou komisí každé zúčastněné instituce a byla v souladu s Helsinskou deklarací (6. revize). Informovaný souhlas obdrží každý pacient.

Výchozí data a odběr biovzorků Základní data od registrovaných pacientů v 16 regionálních nemocnicích budou zahrnovat následující: funkční klasifikaci WHO, 6minutový test chůzí, krevní vzorek, elektrokardiogram, rentgen hrudníku, echokardiografii, volitelný pulmonální kardio zátěžový test , volitelná MRI srdce a RHC. Podrobné informace o jednotlivých vyšetřeních jsou uvedeny v tabulce 2. Registrovaný pacient bude pravidelně sledován pro další data a odběr biovzorků.

Se vzorkem krve pacienta se oddělí DNA, RNA, sérum, plazma a mononukleární buňky periferní krve (PBMC) z buffy coat a extrahují se pro další skladování a studie. Pro vzorek DNA bude 2,5 ml plné krve uloženo ve zkumavce s DNA genu PAX v místě odběru a bude přenesen do hlavního centra při teplotě 4~10 C. V hlavním centru se pak přenést do 2ml kryozkumavky, aby se skladovala při -70~80C. Pro odběr RNA pacienta bude odebráno 2,5 ml plné krve do zkumavky s RNA genu PAX a bude odeslána do hlavního centra při 4~10 C, která bude také dále přenesena do kryozkumavky ke skladování při -70° 80C.

Rovněž bude odebráno pacientovo sérum, plazma a buffy coat. Na příslušných místech odběru bude sérum odebráno do zkumavky pro separaci séra a po 30 minutách venepunkce bude odstředěno a skladováno při -20 °C. Pro plazmu pacienta bude zkumavka pro přípravu buněk použita do 2 hodin po odběru krve. Poté bude každý vzorek připraven ke skladování při -20 °C ošetřením vzorků protilátkou typu lidského séra, DMSO a mrazícím médiem. Pro separaci a extrakci PBMC se oddělí vrstva bílého buffy coat a bude uložena v 1,5ml zkumavce s mrazícím médiem při -20C. Shromážděná výchozí data pak projdou procesem čištění a bude provedeno další hodnocení jejich kvality. Kromě toho bude vybráno pět pacientů, kteří provedou celogenomové sekvenování. Všechny shromážděné biovzorky budou darovány do úložiště centra NIH a budou dále použity pro multi-omické studie za účelem hluboké fenotypizace vzorků pacienta.

Sledování pacientů Všichni pacienti budou sledováni dvakrát nebo vícekrát ročně s očekávanou 80% mírou sledování. Během druhého a třetího roku bude registr pacientů a sběr dat pokračovat podle stejného protokolu. Aby byla zachována důvěryhodnost shromážděných dat, bude řídící výbor shromažďovaná data průběžně monitorovat a auditovat. Protokol může být dále sestaven po vyhodnocení dat z předchozího roku. Kromě toho budou vyvinuty účinné strategie správy dat, včetně pokynů pro standardizaci měření těla pacienta a vzorku krve. Deset vzorků pacientů bude vybráno pro sekvenování nové generace a budeme využiti při objevování nových genetických mutací.

Analýza genetických mutací napříč třemi rodokmeny u pacientů s HPAH Aby bylo možné určit pacienty s HPAH, bude provedena familiární genetická studie. Bude hodnocen třígenerační rodokmen pro každého pacienta s PAH s nebo bez existence mutace BMPR2, ACVRL1, ENG, CAV1, SMAD1, SMAD4, SMAD9, KCNK3 a/nebo EIF2AK4. Vzorky krve od rodinných příslušníků pacientů s HPAH budou odebírány pro genetický screening.