PAH-plattformen för djup fenotypning i koreanska ämnen (PHOENIKS)

Studiens mål Den aktuella studien är ett multicenterregister och en biobank baserad på sydkoreanska populationer för att konstruera en databas för att klargöra PAHs molekylära och genetiska modifierare. Det slutliga målet är att använda djupa fenotypiska data för prognosförutsägelse och upptäckt av biomarkörer och riktade terapier.

Studieprov Den aktuella studien kommer initialt att utesluta den vanligaste formen av PAH i Korea, den bindvävssjukdomsrelaterade PAH (CTD) och fokusera på diagnos och djup fenotypning av patienter med idiopatisk PAH (IPAH) och ärftlig PAH (HPAH). Inklusionskriterierna är följande: (1) över 18 år, (2) medelartärtryck i lungan på 25 mmHg eller högre bekräftat genom kateterisering av höger hjärta (RHC), (3) pulmonellt vaskulärt motstånd ≥ 240 dyn∙s∙cm- 5, (4) vänster ventrikeldiastoliskt tryck (LVDEP) eller pulmonärt kapillärkiltryck (PCWP) ≤ 15 mmHg. Uteslutningskriterier är: (1) patienter med läkemedelsinducerad PAH, (2) CTD, infektion med humant immunbristvirus (HIV), portal hypertoni, medfödd hjärtsjukdom eller Schistosomiasisassocierad PAH, (3) långtidssvarare på kalcium kanalblockerare, (4) PAH-patienter med tydliga drag av venösa kapillärer, vilket lämnar IPAH- och HPAH-patienter i grupp 1 av PH som ska utvärderas. HPAH kommer att diagnostiseras genom att identifiera patienter med heterozygota patogena varianter av förutbestämda gener som BMPR2, ACVRL1, ENG, CAV1, SMAD1, SMAD4, SMAD9, KCNK3 och EIF2AK4. Patienter utan en specifik genetisk mutation kommer då att kategoriseras som IPAH-patienter. Genomiska data från familjemedlemmar över tre stamtavlor för en HPAH-patient kommer också att analyseras. Alla kliniska och biologiska data kommer att rapporteras till ett anpassat webbaserat fallrapportformulär som kallas iCReaT-systemet som hanteras av Korean Center for Disease Control. Alla insamlade bioprov kommer att förvaras på Korean National Institute of Healths huvudlager. Även om den nuvarande analysen är planerad att begränsas till IPAH- och HPAH-patienter, planerar vår styrgrupp att expandera till alla typer av PAH i efterföljande studier. Denna studie godkändes av den institutionella etiska kommittén för varje deltagande institution och överensstämde med Helsingforsdeklarationen (6:e revideringen). Ett informerat samtycke kommer att erhållas av varje patient.

Baslinjedata och insamling av bioprov Baslinjedata från de registrerade patienterna på de 16 regionala sjukhusen kommer att inkludera följande: WHO-funktionsklassificering, 6-minuters gångtest, blodprov, elektrokardiogram, lungröntgen, ekokardiografi, valfritt pulmonellt kardioträningstest , valfri Cardiac MRI och RHC. Detaljerad information om varje prov anges i tabell 2. Den registrerade patienten kommer att följas upp regelbundet för ytterligare data och bioprovinsamling.

Med patientens blodprov kommer DNA, RNA, serum, plasma och mononukleära celler från perifert blod (PBMC) från buffy coat att separeras och extraheras för vidare lagring och studier. För DNA-provet kommer 2,5 ml av helblodet att lagras i ett PAX-gen-DNA-rör vid uppsamlingsplatsen, och det kommer att transporteras till huvudcentret vid 4~10 C. Vid huvudcentret kommer det sedan, överföras till ett 2 ml kryorör för att förvaras vid -70~80C. För patientens RNA-insamling kommer 2,5 ml helblod att samlas upp vid PAX-gen-RNA-röret, och det kommer att skickas till huvudcentret vid 4~10 C, som också kommer att överföras ytterligare till ett kryorör för att lagras vid -70~ 80C.

Patientens serum, plasma och buffy coat kommer också att samlas in. På respektive uppsamlingsställe kommer serum att samlas upp i ett serumseparationsrör och efter 30 minuters venpunktion kommer det att centrifugeras och förvaras vid -20C. För patientens plasma kommer cellberedningsröret att användas inom 2 timmar efter bloduppsamling. Sedan kommer varje prov att vara redo att lagras vid -20C genom att behandla proverna med antikroppar av humant serumtyp, DMSO och frysmedium. För att separera och extrahera PBMC kommer det vita buffy coat-skiktet att separeras och förvaras i ett 1,5 ml rör med ett frysmedium vid -20C. Den insamlade basdatan kommer sedan att gå igenom en saneringsprocess och ytterligare utvärdering av dess kvalitet kommer att göras. Dessutom kommer fem patienter att väljas ut för att göra en helgenomsekvensering. Alla de insamlade bioproverna kommer att doneras till NIH-centrets lagring och kommer att användas vidare för multiomics-studier för att fördjupa fenotyperna av patientens prover.

Patientuppföljning Alla patienter kommer att följas upp två gånger eller mer per år, med en förväntad uppföljningsfrekvens på 80 %. Under andra och tredje året kommer patientregistrering och datainsamling att fortsätta med samma protokoll. För att upprätthålla trovärdigheten för insamlad data kommer styrgruppen kontinuerligt att övervaka och granska den insamlade informationen. Protokollet kan skapas ytterligare efter utvärdering av föregående års data. Dessutom kommer effektiva datahanteringsstrategier att utvecklas, inklusive en riktlinje för att standardisera patientens kroppsmätning och blodprov. Tio patientprover kommer att väljas ut för nästa generations sekvensering, och vi kommer att användas för att upptäcka nya genetiska mutationer.

Genetisk mutationsanalys över tre stamtavlor för HPAH-patienter För att fastställa patienter med HPAH kommer en familjär genetisk studie att utföras. En stamtavla i tre generationer för varje PAH-patient med eller utan förekomsten av en BMPR2-, ACVRL1-, ENG-, CAV1-, SMAD1-, SMAD4-, SMAD9-, KCNK3- och/eller EIF2AK4-mutation kommer att utvärderas. Blodprover från familjemedlemmar till patienter med HPAH kommer att samlas in för genetisk screening.