Objev rozpustných biomarkerů pro rakovinu slinivky břišní pomocí inovativní metodologie zahrnující všechny pacienty (PanEXPEL2)

Klinická a patologická data budou prospektivně sbírána za účelem získání 2 podskupin: PDAC a non-PDAC podle konečné bioptické diagnózy. Bude provedena kombinovaná kvantitativní analýza proteinů a jejich peptidů obsažených v CytoLyt®. K izolaci kombinací diagnostických biomarkerů budou vypočítány ROC křivky, AUC, senzitivita, specificita, pozitivní prediktivní hodnota a negativní prediktivní hodnota spojená s biomarkery. Kandidátské biomarkery budou validovány imunohistochemicky a monitorováním vícenásobných reakcí. Prognostické biomarkery budou hodnoceny vytvořením křivek celkového přežití po dobu 1 roku a Coxovou regresí.

Současný výzkum, modelovaný podle současné praxe, využívá nový a holistický přístup – metodologii PANEXPEL – k vytvoření nového repertoáru biomarkerů pro rakovinu pankreatu. Máme v úmyslu poskytnout komplexní proteomický a metabolomický biomarker podpis, který bude měřitelný v krvi pacienta pomocí běžných klinických metod. Potenciál pro překlad „od lavice k lůžku“ je obzvláště vysoký díky zapojení klinických týmů. Očekáváme, že navrhneme kombinovaný, robustní biomarker protein/metabolit, který lze rychle testovat na klinikách.

Nezbytné biologické zdroje: Biologické zdroje budou zahrnovat Cytolyt® a vzorky krve spolu s podepsaným svobodným a informovaným souhlasem pro každého zahrnutého pacienta.

1. Tekutina CytoLyt® bude nejprve zpracována patologickým oddělením CHU pro rutinní diagnostiku PDAC. V podstatě jsou vzorky filtrovány, tkáňové fragmenty a buňky jsou uchovávány pro analýzu, zatímco průtok je udržován, dokud není potvrzena diagnóza. Jakmile je toto dokončeno, vzorky budou přeneseny do laboratoře, kde budou proteiny nalezené v tekutině CytoLytR vysráženy a poté solubilizovány. Proteinové extrakty jsou skladovány při -80 °C až do proteomické analýzy. Zbývající kapalina nad usazeninou CytoLytR se také skladuje při -80 °C, aby mohla být použita pro metabolomiku.
2. Od každého pacienta, který podstoupil diagnostickou biopsii, bude odebrán vzorek krve. Suchá zkumavka pro analýzu séra 5 ml bude odebráno v době zařazení během rutinního krevního testu (povinné posouzení před operací nebo před chemoterapií). Vzorek krve se odstřeďuje při 1500 xg po dobu 15 minut, přičemž se výsledná séra rozdělí na alikvoty (500 ul/alikvot; 4-5 alikvotů na pacienta) a skladují při -80 °C. Tyto vzorky budou uloženy v Biologic Resources Center (CRB Montpellier), které je označeno NF-S-96900 (AFNOR). Vzorky séra jsou určeny pro fázi validace (WP4) a budou určeny výhradně pro tuto studii.