Découverte de biomarqueurs solubles pour le cancer du pancréas à l'aide d'une méthodologie innovante inclusive pour tous les patients (PanEXPEL2)

Les données cliniques et pathologiques seront collectées de manière prospective pour obtenir 2 sous-groupes : PDAC et non-PDAC selon le diagnostic biopsique final. Une analyse quantitative combinée des protéines et de leurs peptides contenus dans CytoLyt® sera effectuée. Les courbes ROC, AUC, sensibilité, spécificité, valeur prédictive positive et valeur prédictive négative associées aux biomarqueurs seront calculées pour isoler des combinaisons de biomarqueurs diagnostiques. Les biomarqueurs candidats seront validés par immunohistochimie et suivi de réactions multiples. Les biomarqueurs pronostiques seront évalués en générant des courbes de survie globale à 1 an et une régression de Cox.

La présente recherche, calquée sur la pratique actuelle, utilise une approche nouvelle et holistique - la méthodologie PANEXPEL - pour établir un nouveau répertoire de biomarqueurs du cancer du pancréas. Nous avons l'intention de fournir une signature biomarqueur protéomique et métabolomique complète qui sera mesurable dans le sang du patient à l'aide de méthodes cliniques courantes. Le potentiel de traduction "du laboratoire au chevet" est particulièrement élevé en raison de l'implication des équipes cliniques. Nous prévoyons de proposer une signature de biomarqueur protéine/métabolite combinée et robuste qui peut être rapidement testée en clinique.

Ressources biologiques nécessaires : les ressources biologiques comprendront Cytolyt® et des échantillons de sang, accompagnés d'un consentement libre et éclairé signé pour chaque patient inclus.

1. Le liquide CytoLyt® sera d'abord traité par le service de pathologie du CHU pour le diagnostic PDAC de routine. Essentiellement, les échantillons sont filtrés, les fragments de tissus et les cellules sont conservés pour analyse tandis que le flux continu est conservé jusqu'à ce que le diagnostic soit confirmé. Une fois cette opération terminée, les échantillons seront transférés au laboratoire où les protéines trouvées dans le liquide CytoLytR seront précipitées puis solubilisées. Les extraits protéiques sont conservés à -80°C en attendant l'analyse protéomique. Le liquide surnageant CytoLytR restant est également stocké à - 80°C pour être utilisé pour la métabolomique.
2. Un échantillon de sang sera prélevé sur chaque patient ayant subi une biopsie diagnostique. Tube sec pour analyse sérique 5 ml seront prélevés au moment de l'inclusion lors de la prise de sang de routine (bilan obligatoire pré-opératoire ou pré-chimiothérapie). L'échantillon de sang est centrifugé à 1500xg pendant 15 minutes tandis que les sérums résultants sont aliquotés (500μl/aliquot; 4-5 aliquots par patient) et conservés à -80°C. Ces échantillons seront conservés au Centre de Ressources Biologiques (CRB Montpellier) labellisé NF-S-96900 (AFNOR). Les échantillons de sérum sont destinés à la phase de validation (WP4) et seront exclusivement dédiés à cette étude.