A hasnyálmirigyrák oldható biomarkereinek felfedezése innovatív, minden beteget átfogó módszertan segítségével (PanEXPEL2)

A klinikai és patológiai adatokat prospektíven gyűjtik, hogy 2 alcsoportot kapjanak: PDAC és nem PDAC a végső biopsziás diagnózisnak megfelelően. Elvégzik a CytoLyt®-ben található fehérjék és peptidjeik kombinált kvantitatív elemzését. A biomarkerekhez kapcsolódó ROC-görbék, AUC, érzékenység, specificitás, pozitív prediktív érték és negatív prediktív érték kiszámításra kerül a diagnosztikai biomarkerek kombinációinak izolálásához. A jelölt biomarkereket immunhisztokémiával és többszörös reakció monitorozásával validálják. A prognosztikus biomarkereket 1 éves teljes túlélési görbék és Cox-regresszió generálásával értékelik.

Jelen kutatás a jelenlegi gyakorlat mintájára újszerű és holisztikus megközelítést – PANEXPEL módszertant – alkalmaz a hasnyálmirigyrák biomarkereinek új repertoárjának kialakítására. Átfogó proteomikai és metabolomikai biomarker aláírást kívánunk nyújtani, amely általános klinikai módszerekkel mérhető lesz a páciens vérében. A klinikai csoportok bevonásának köszönhetően különösen magas a „padról az ágyra” fordítás lehetősége. Arra számítunk, hogy javaslatot teszünk egy kombinált, robusztus fehérje/metabolit biomarker aláírásra, amely gyorsan tesztelhető a klinikákon.

Szükséges biológiai források: A biológiai források magukban foglalják a Cytolyt®-t és a vérmintákat, amelyekhez aláírt szabad és tájékoztatáson alapuló beleegyezés tartozik minden egyes beteg esetében.

1. A CytoLyt® folyadékot először a CHU Patológiai Osztálya dolgozza fel rutin PDAC diagnózis céljából. Lényegében a mintákat szűrik, a szövetfragmenseket és sejteket elemzésre tartják, míg az átfolyást a diagnózis megerősítéséig. Amint ez megtörtént, a mintákat a laboratóriumba szállítják, ahol a CytoLytR folyadékban található fehérjéket kicsapják, majd szolubilizálják. A fehérjekivonatokat -80 °C-on tároljuk a proteomikai elemzésig. A fennmaradó CytoLytR folyadék felülúszót szintén -80 °C-on tárolják, hogy a metabolomikához felhasználják.
2. Minden olyan betegtől vérmintát vesznek, akinél diagnosztikai biopsziát végeztek. Száraz cső a szérumelemzéshez 5 ml-t gyűjtenek a felvétel időpontjában a rutin vérvizsgálat során (kötelező értékelés a műtét előtt vagy a kemoterápia előtt). A vérmintát 1500xg-vel centrifugáljuk 15 percig, miközben a kapott szérumot aliquot részekre osztjuk (500 µl/aliquot; 4-5 alikvot rész betegenként), és -80 °C-on tároljuk. Ezeket a mintákat az NF-S-96900 (AFNOR) címkével ellátott Biologic Resources Centerben (CRB Montpellier) tárolják. A szérumminták a validálási szakaszra (WP4) készültek, és kizárólag erre a vizsgálatra kerülnek.