Haimasyövän liukoisten biomarkkerien löytäminen innovatiivisella, potilaan kattavalla menetelmällä (PanEXPEL2)

Kliiniset ja patologiset tiedot kerätään prospektiivisesti kahden alaryhmän saamiseksi: PDAC ja ei-PDAC lopullisen biopsiadiagnoosin mukaan. CytoLyt®:n sisältämien proteiinien ja niiden peptidien yhdistetty kvantitatiivinen analyysi suoritetaan. Biomarkkereihin liittyvät ROC-käyrät, AUC, herkkyys, spesifisyys, positiivinen ennustearvo ja negatiivinen ennustearvo lasketaan diagnostisten biomarkkerien yhdistelmien eristämiseksi. Ehdokkaat biomarkkerit validoidaan immunohistokemialla ja useiden reaktioiden seurannalla. Prognostiset biomarkkerit arvioidaan luomalla yhden vuoden kokonaiseloonjäämiskäyrät ja Cox-regressio.

Tämä nykyisen käytännön mallin mukainen tutkimus hyödyntää uutta ja kokonaisvaltaista lähestymistapaa - PANEXPEL-metodologiaa - luodakseen uutta haimasyövän biomarkkereiden valikoimaa. Aiomme tarjota kattavan proteomisen ja metabolomiikan biomarkkerin allekirjoituksen, joka on mitattavissa potilaan verestä yleisillä kliinisillä menetelmillä. Käännösten mahdollisuus "penkiltä sängyn viereen" on erityisen suuri kliinisten ryhmien osallistumisen vuoksi. Odotamme ehdottavamme yhdistettyä, vahvaa proteiini/metaboliittibiomarkkerin allekirjoitusta, joka voidaan testata nopeasti klinikoilla.

Tarvittavat biologiset resurssit: Biologiset resurssit sisältävät Cytolyt®- ja verinäytteet, joiden mukana on allekirjoitettu vapaa ja tietoinen suostumus jokaiselle mukana olevalle potilaalle.

1. CytoLyt®-nestettä käsittelee ensin CHU:n patologinen osasto rutiini-PDAC-diagnoosia varten. Pohjimmiltaan näytteet suodatetaan, kudosfragmentit ja solut säilytetään analysointia varten ja läpivirtaus säilytetään, kunnes diagnoosi varmistetaan. Kun tämä on valmis, näytteet siirretään laboratorioon, jossa CytoLytR-nesteessä olevat proteiinit saostetaan ja sitten liuotetaan. Proteiiniuutteita säilytetään -80 °C:ssa proteomisen analyysin ajaksi. Jäljelle jäänyt CytoLytR-nestesupernatantti säilytetään myös -80 °C:ssa käytettäväksi metabolomiikassa.
2. Verinäyte otetaan jokaiselta potilaalta, jolle on tehty diagnostinen biopsia. Kuivaputki seerumianalyysiä varten 5 ml kerätään sisällyttämisen yhteydessä rutiiniverikokeen aikana (pakollinen arviointi ennen leikkausta tai kemoterapiaa). Verinäyte sentrifugoidaan 1500 x g:ssä 15 minuuttia, samalla kun saadut seerumit jaetaan eriin (500 µl/alikvootti; 4-5 alikvoottia potilasta kohti) ja säilytetään -80 °C:ssa. Nämä näytteet säilytetään Biologic Resources Centerissä (CRB Montpellier), joka on merkitty NF-S-96900 (AFNOR). Seeruminäytteet on tarkoitettu validointivaiheeseen (WP4) ja ne on tarkoitettu yksinomaan tähän tutkimukseen.