PITCHER (heterogenita peritoneální karcinomatózy)

Jak epigenetická deregulace ovlivňuje vzorce genové exprese v subklonech stejného nádoru, je málo známo. Peritoneální karcinomatóza (PC) je stav, při kterém se v peritoneální dutině a intraperitoneálních orgánech vyvinou mnohočetné metastázy stejného abdominálního nádoru, čímž se definují různé ekosystémy stejné rakoviny. PITCHER se zabývá variacemi v epigeneticky regulované genové expresi mezi různými subklony PC ve vztahu k buněčným mechanorespondím a poskytuje pohled na to, jak se rakovinové epigenetické krajiny vyvíjejí pod tlakem prostředí a na strategie používané rakovinnými buňkami k adaptaci na přechod z jednoho ekosystému do druhého.

PITCHER je síť 10 týmů z Lyonu, Grenoblu a Marseille, založená na sbírce dat a vzorků pacientů, kteří podstoupili operaci peritoneální karcinomatózy ovariálního nebo kolorektálního původu. PC léze a případně odpovídající vzorky primárních nádorů budou odebrány stejným pacientům v době operace nebo případně získány z již existujících vzorků. Epigenetické krajiny budou analyzovány pomocí bioinformatického potrubí kombinujícího sekvenování exomu, transkriptom a methylom za účelem identifikace „epigenetických hotspotů“ a budou hodnoceny jejich variace napříč lézemi. Tyto analýzy budou prováděny v čerstvých (pokud jsou k dispozici) nebo již existujících vzorcích. Pokud to bude možné, organoidní kultury a zvířecí modely budou odvozeny z mnohobuněčných struktur v peritoneálních tekutinách a membránové, cytoskeletální a nukleoskeletální mechanoresponze budou charakterizovány pomocí mikroskopie atomových sil. Bude řešena úloha nádorové axonogeneze, procesu neoformace axonových vláken v nádorech. Budou provedeny experimentální studie buněčných odpovědí na terapii za účelem odvození matematických prediktivních modelů. Všechny komponenty budou integrovány do mapy systémové biologie PC.