PITCHER (Peritoneal Carcinomatosis Heterogeneity)

Hur epigenetisk avreglering påverkar genuttrycksmönster i subkloner av samma tumör är dåligt känt. Peritoneal Carcinomatosis (PC) är ett tillstånd där flera metastaser av samma buktumör utvecklas i bukhålan och intraperitoneala organ, vilket definierar olika ekosystem av samma cancer. PITCHER tar upp variationerna i epigenetiskt reglerat genuttryck mellan olika subkloner av PC i relation med cellmekanosvar, vilket ger insikter om hur cancerepogenetiska landskap utvecklas under miljötryck och om strategier som används av cancerceller för att anpassa sig till övergången från ett ekosystem till det andra.

PITCHER är ett nätverk av 10 team från Lyon, Grenoble och Marseille, baserat på data och provinsamling av patienter som har genomgått en operation för peritoneal karcinomatos av äggstocks- eller kolorektalt ursprung. PC-lesioner och så småningom matchade prover av primära tumörer kommer att samlas in på samma patienter vid tidpunkten för operationen eller så småningom hämtas från redan befintliga prover. Epigenetiska landskap kommer att analyseras av en bioinformatikpipeline som kombinerar exomsekvensering, transkriptom och metylom för att identifiera "epigenetiska hotspots", och deras variationer mellan lesioner kommer att utvärderas. Dessa analyser kommer att genomföras i färska (när sådana finns) eller redan existerande prover. När det är möjligt kommer organoida kulturer och djurmodeller att härledas från flercelliga strukturer i peritoneala vätskor och membran, cytoskelett- och nukleoskeletala mekanosvar kommer att karakteriseras med hjälp av Atomic Force Microscopy. Rollen av tumöraxonogenes, en process för nybildning av axonfibrer i tumörer, kommer att behandlas. Experimentella studier av cellsvar på terapi kommer att utföras för att härleda matematiska prediktiva modeller. Alla komponenter kommer att integreras i en systembiologiska karta över PC.