PITCHER (Peritoneal Carcinomatosis Heterogenity)

Hvordan epigenetisk deregulering påvirker genuttrykksmønstre i subkloner av samme svulst er dårlig kjent. Peritoneal karsinomatose (PC) er en tilstand der flere metastaser av samme buksvulst utvikles i bukhulen og intraperitoneale organer, og dermed definerer forskjellige økosystemer av samme kreft. PITCHER tar for seg variasjonene i epigenetisk regulert genuttrykk mellom forskjellige subkloner av PC i forhold til cellemekanoresponser, og gir innsikt i hvordan epigenetiske kreftlandskap utvikler seg under miljøpress og om strategier som brukes av kreftceller for å tilpasse seg overgangen fra ett økosystem til det andre.

PITCHER er et nettverk av 10 team fra Lyon, Grenoble og Marseille, basert på data og prøveinnsamling av pasienter som har gjennomgått en operasjon for en peritoneal karsinomatose av ovarie- eller kolorektal opprinnelse. PC-lesjoner og til slutt matchede prøver av primærtumorer vil bli samlet inn hos de samme pasientene på tidspunktet for operasjonen eller til slutt hentet fra allerede eksisterende prøver. Epigenetiske landskap vil bli analysert av en bioinformatikk-pipeline som kombinerer eksomsekvensering, transkriptom og metylom for å identifisere "epigenetiske hotspots", og deres variasjoner på tvers av lesjoner vil bli evaluert. Disse analysene vil bli realisert i ferske (når tilgjengelig) eller allerede eksisterende prøver. Når det er mulig, vil organoide kulturer og dyremodeller bli avledet fra flercellede strukturer i peritonealvæsker og membran, cytoskelett- og nukleoskeletale mekanoresponser vil bli karakterisert ved hjelp av Atomic Force Microscopy. Rollen til tumoraksonogenese, en prosess med nydannelse av aksonfibre i svulster, vil bli tatt opp. Eksperimentelle studier av celleresponser på terapi vil bli utført for å utlede matematiske prediktive modeller. Alle komponenter vil bli integrert i et systembiologikart over PC.