PITCHER (peritoneale carcinomatose heterogeniteit)

Hoe epigenetische deregulering genexpressiepatronen in subklonen van dezelfde tumor beïnvloedt, is slecht bekend. Peritoneale carcinomatose (PC) is een aandoening waarbij zich meerdere metastasen van dezelfde buiktumor ontwikkelen in de peritoneale holte en intraperitoneale organen, waardoor verschillende ecosystemen van dezelfde kanker worden gedefinieerd. PITCHER behandelt de variaties in epigenetisch gereguleerde genexpressie tussen verschillende subklonen van pc in relatie tot celmechanoresponsen, en biedt inzicht in hoe epigenetische landschappen van kanker evolueren onder omgevingsdruk en in strategieën die door kankercellen worden gebruikt om zich aan te passen aan de overgang van het ene ecosysteem naar het andere.

PITCHER is een netwerk van 10 teams uit Lyon, Grenoble en Marseille, gebaseerd op gegevens en het verzamelen van monsters van patiënten die een operatie hebben ondergaan voor een peritoneale carcinomatose van ovarium- of colorectale oorsprong. PC-laesies en uiteindelijk gematchte exemplaren van primaire tumoren zullen worden verzameld bij dezelfde patiënten op het moment van de operatie of uiteindelijk worden opgehaald uit reeds bestaande monsters. Epigenetische landschappen zullen worden geanalyseerd door een bio-informatica-pijplijn die exome-sequencing, transcriptoom en methylome combineert om "epigenetische hotspots" te identificeren, en hun variaties tussen laesies zullen worden geëvalueerd. Deze analyses zullen worden uitgevoerd in verse (indien beschikbaar) of reeds bestaande monsters. Waar mogelijk zullen organoïde culturen en diermodellen worden afgeleid van meercellige structuren in peritoneale vloeistoffen en membraan-, cytoskelet- en nucleoskeletale mechanoresponsen zullen worden gekarakteriseerd met behulp van Atomic Force Microscopy. De rol van tumoraxonogenese, een proces van neovorming van axonvezels in tumoren, zal worden behandeld. Experimentele studies van celresponsen op therapie zullen worden uitgevoerd om wiskundige voorspellende modellen af ​​te leiden. Alle componenten worden geïntegreerd in een systeembiologische kaart van pc.