PITCHER (Peritonealkarzinomatose-Heterogenität)

Wie epigenetische Deregulierung die Genexpressionsmuster in Subklonen desselben Tumors beeinflusst, ist kaum bekannt. Peritonealkarzinomatose (PC) ist eine Erkrankung, bei der sich mehrere Metastasen desselben Bauchtumors in der Bauchhöhle und in intraperitonealen Organen entwickeln und so unterschiedliche Ökosysteme desselben Krebses definieren. PITCHER befasst sich mit den Variationen in der epigenetisch regulierten Genexpression zwischen verschiedenen PC-Subklonen im Zusammenhang mit zellmechanischen Reaktionen und liefert Erkenntnisse darüber, wie sich epigenetische Krebslandschaften unter Umweltbelastungen entwickeln und welche Strategien Krebszellen verwenden, um sich an den Übergang von einem Ökosystem zum anderen anzupassen.

PITCHER ist ein Netzwerk von 10 Teams aus Lyon, Grenoble und Marseille, das auf Daten und Probensammlungen von Patienten basiert, die sich einer Operation wegen einer Peritonealkarzinomatose ovariellen oder kolorektalen Ursprungs unterzogen haben. PC-Läsionen und eventuell passende Proben von Primärtumoren werden bei denselben Patienten zum Zeitpunkt der Operation gesammelt oder schließlich aus bereits vorhandenen Proben entnommen. Epigenetische Landschaften werden durch eine Bioinformatik-Pipeline analysiert, die Exomsequenzierung, Transkriptom und Methylom kombiniert, um „epigenetische Hotspots“ zu identifizieren, und ihre Variationen über Läsionen hinweg werden bewertet. Diese Analysen werden an frischen (sofern verfügbar) oder bereits vorhandenen Proben durchgeführt. Wenn möglich, werden organoide Kulturen und Tiermodelle aus mehrzelligen Strukturen in Peritonealflüssigkeiten abgeleitet und Membran-, Zytoskelett- und Nukleoskelett-Mechanoreaktionen werden mithilfe der Rasterkraftmikroskopie charakterisiert. Die Rolle der Tumoraxonogenese, einem Prozess der Neubildung von Axonfasern in Tumoren, wird untersucht. Es werden experimentelle Studien zu Zellreaktionen auf die Therapie durchgeführt, um mathematische Vorhersagemodelle abzuleiten. Alle Komponenten werden in eine systembiologische Karte des PCs integriert.