PITCHER (Hétérogénéité Carcinose Péritonéale)

Comment la dérégulation épigénétique affecte les modèles d'expression génique dans les sous-clones de la même tumeur est mal connue. La carcinose péritonéale (PC) est une affection dans laquelle de multiples métastases d'une même tumeur abdominale se développent dans la cavité péritonéale et les organes intra-péritonéaux, définissant ainsi différents écosystèmes du même cancer. PITCHER aborde les variations de l'expression des gènes épigénétiquement régulées entre différents sous-clones de PC en relation avec les mécanoréponses cellulaires, fournissant des informations sur la façon dont les paysages épigénétiques du cancer évoluent sous les pressions environnementales et sur les stratégies utilisées par les cellules cancéreuses pour s'adapter à la transition d'un écosystème à l'autre.

PITCHER est un réseau de 10 équipes lyonnaises, grenobloises et marseillaises, basé sur le recueil de données et d'échantillons de patients ayant subi une intervention chirurgicale pour une carcinose péritonéale d'origine ovarienne ou colorectale. Les lésions PC et éventuellement des spécimens appariés de tumeurs primaires seront prélevés chez les mêmes patients au moment de la chirurgie ou éventuellement récupérés à partir d'échantillons déjà existants. Les paysages épigénétiques seront analysés par un pipeline bioinformatique combinant séquençage de l'exome, transcriptome et méthylome pour identifier les "points chauds épigénétiques", et leurs variations à travers les lésions seront évaluées. Ces analyses seront réalisées sur des échantillons frais (si disponibles) ou préexistants. Lorsque cela est possible, les cultures d'organoïdes et les modèles animaux seront dérivés de structures multicellulaires dans les fluides péritonéaux et les mécanoréponses membranaires, cytosquelettiques et nucléosquelettiques seront caractérisées à l'aide de la microscopie à force atomique. Le rôle de l'axonogenèse tumorale, un processus de néo-formation de fibres axonales dans les tumeurs, sera abordé. Des études expérimentales des réponses cellulaires à la thérapie seront réalisées pour dériver des modèles prédictifs mathématiques. Tous les composants seront intégrés dans une carte de biologie des systèmes de PC.