PITCHER (niejednorodność raka otrzewnej)

Słabo wiadomo, w jaki sposób deregulacja epigenetyczna wpływa na wzorce ekspresji genów w subklonach tego samego guza. Karcinomatoza otrzewnej (PC) to stan, w którym liczne przerzuty tego samego guza jamy brzusznej rozwijają się w jamie otrzewnej i narządach wewnątrzotrzewnowych, definiując w ten sposób różne ekosystemy tego samego nowotworu. Projekt PITCHER zajmuje się różnicami w epigenetycznie regulowanej ekspresji genów między różnymi subklonami PC w powiązaniu z mechanoresjami komórkowymi, dostarczając wglądu w ewolucję krajobrazów epigenetycznych raka pod presją środowiskową oraz w strategie stosowane przez komórki nowotworowe w celu przystosowania się do przejścia z jednego ekosystemu do drugiego.

PITCHER to sieć 10 zespołów z Lyonu, Grenoble i Marsylii, oparta na danych i pobieraniu próbek od pacjentów, którzy przeszli operację raka otrzewnej pochodzenia jajnikowego lub jelita grubego. Zmiany PC i ostatecznie dopasowane próbki guzów pierwotnych zostaną pobrane od tych samych pacjentów w czasie operacji lub ostatecznie pobrane z już istniejących próbek. Krajobrazy epigenetyczne zostaną przeanalizowane za pomocą bioinformatycznego rurociągu łączącego sekwencjonowanie egzomu, transkryptom i metylom w celu zidentyfikowania „gorących punktów epigenetycznych”, a ich zróżnicowanie w obrębie uszkodzeń zostanie ocenione. Analizy te zostaną przeprowadzone na świeżych (jeśli są dostępne) lub wcześniej istniejących próbkach. Jeśli to możliwe, hodowle organoidów i modele zwierzęce będą pochodzić ze struktur wielokomórkowych w płynach otrzewnowych, a reakcje mechanoretyczne błony, cytoszkieletu i jądra zostaną scharakteryzowane za pomocą mikroskopii sił atomowych. Omówiona zostanie rola aksonogenezy guza, procesu neoformacji włókien aksonów w guzach. Przeprowadzone zostaną eksperymentalne badania odpowiedzi komórek na terapię w celu uzyskania matematycznych modeli predykcyjnych. Wszystkie komponenty zostaną zintegrowane na mapie biologii systemowej komputera PC.